207 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_4166 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_4166  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 127 aa  261  3e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  48.18 
 
 		 127 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  41.67 
 
 		 133 aa  104  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0393  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 		 124 aa  96.7  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.147401 
 
 
-
 
NC_002950  PG0923  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 111 aa  95.5  2e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.816784 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0781  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 		 130 aa  84  7e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 		 130 aa  80.5  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03290  ribosome-binding factor A  34.91 
 
 		 132 aa  73.2  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.441975  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 123 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 116 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1778  ribosome-binding factor A  32.17 
 
 		 119 aa  67  0.00000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00495715  normal  0.155999 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0368  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 		 122 aa  64.7  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159363  normal  0.435945 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0301  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 119 aa  62.4  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000015742  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  37.31 
 
 		 137 aa  62  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 133 aa  62.4  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 127 aa  62  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  42.06 
 
 		 131 aa  62  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0370  ribosome-binding factor A  29.06 
 
 		 116 aa  62  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000258707  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 		 133 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 		 136 aa  61.6  0.000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 135 aa  60.8  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0243  hypothetical protein  31.48 
 
 		 125 aa  60.5  0.000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 		 132 aa  59.3  0.00000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  28.1 
 
 		 119 aa  58.9  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 		 132 aa  58.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  31.01 
 
 		 145 aa  58.2  0.00000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  31.01 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  41.28 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  33.03 
 
 		 126 aa  57.8  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  31.01 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  36.5 
 
 		 136 aa  57  0.00000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  33.91 
 
 		 139 aa  55.5  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  39.45 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  39.18 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 		 141 aa  54.7  0.0000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  39.18 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  30.47 
 
 		 137 aa  54.7  0.0000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  39.18 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  31.9 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  27.91 
 
 		 142 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  31.15 
 
 		 148 aa  53.5  0.000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  28.91 
 
 		 165 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  32.18 
 
 		 134 aa  52.4  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 		 122 aa  52.4  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 136 aa  51.6  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  28.91 
 
 		 140 aa  52  0.000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  32.33 
 
 		 132 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 136 aa  51.6  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  37.86 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  34.19 
 
 		 143 aa  51.6  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 		 136 aa  51.6  0.000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  37.11 
 
 		 118 aa  51.2  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  37.11 
 
 		 118 aa  51.2  0.000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0964  ribosome-binding factor A  32.52 
 
 		 122 aa  51.6  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.404033  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  32.46 
 
 		 142 aa  50.8  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0327  ribosome-binding factor A  37.35 
 
 		 116 aa  50.8  0.000007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  27.73 
 
 		 134 aa  50.4  0.000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 		 123 aa  50.4  0.000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 		 123 aa  50.4  0.000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  32.28 
 
 		 126 aa  50.4  0.000009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  34.48 
 
 		 129 aa  50.1  0.00001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  31.03 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  36.08 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  27.03 
 
 		 136 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 119 aa  50.1  0.00001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  30.61 
 
 		 137 aa  49.7  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 119 aa  50.1  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  26.77 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  28.91 
 
 		 128 aa  48.9  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  39.08 
 
 		 127 aa  48.9  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  28.18 
 
 		 137 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  36.08 
 
 		 118 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  27.12 
 
 		 134 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  30.23 
 
 		 129 aa  49.3  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 		 118 aa  48.9  0.00003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  36.08 
 
 		 118 aa  48.9  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  36.08 
 
 		 118 aa  48.9  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  29.77 
 
 		 131 aa  48.5  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  35.35 
 
 		 129 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  32.84 
 
 		 147 aa  48.1  0.00004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  30.95 
 
 		 128 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0860  ribosome-binding factor A  35.11 
 
 		 102 aa  47.8  0.00005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>