191 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Coch_0781 on replicon NC_013162
Organism: Capnocytophaga ochracea DSM 7271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013162  Coch_0781  ribosome-binding factor A  100 
 
 
130 aa  264  4e-70  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  60.16 
 
 
130 aa  159  9e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03290  ribosome-binding factor A  57.81 
 
 
132 aa  150  7e-36  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.441975  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0923  ribosome-binding factor A  40.35 
 
 
111 aa  97.1  7e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.816784 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4166  ribosome-binding factor A  40.37 
 
 
127 aa  84  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 
127 aa  78.2  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0393  ribosome-binding factor A  34.13 
 
 
124 aa  73.2  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.147401 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  30.71 
 
 
126 aa  69.3  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0370  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 
116 aa  68.6  0.00000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000258707  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  33.06 
 
 
123 aa  68.2  0.00000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1778  ribosome-binding factor A  35.09 
 
 
119 aa  65.9  0.0000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00495715  normal  0.155999 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 
133 aa  65.9  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  36.28 
 
 
118 aa  65.1  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1480  ribosome-binding factor A  37.86 
 
 
123 aa  64.7  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.243092  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0368  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 
122 aa  64.7  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159363  normal  0.435945 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  32.79 
 
 
132 aa  64.7  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 
126 aa  63.5  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  31.37 
 
 
140 aa  62.8  0.000000002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  35.29 
 
 
137 aa  62.8  0.000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  29.7 
 
 
142 aa  62  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  37.37 
 
 
123 aa  62  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01851  ribosome-binding factor A  34.95 
 
 
123 aa  61.2  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.30308  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0301  ribosome-binding factor A  30.25 
 
 
119 aa  61.2  0.000000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000015742  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 
116 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  30.36 
 
 
127 aa  60.8  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 
119 aa  60.5  0.000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  28.8 
 
 
131 aa  60.1  0.000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0204  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 
125 aa  59.7  0.00000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  31.73 
 
 
128 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  31.73 
 
 
128 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  32.73 
 
 
119 aa  59.3  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 
133 aa  58.9  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0180  ribosome-binding factor A  31.19 
 
 
125 aa  58.9  0.00000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 
126 aa  59.3  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  30.39 
 
 
134 aa  58.2  0.00000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  26.45 
 
 
130 aa  58.5  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01304  ribosome-binding factor A  29.7 
 
 
115 aa  58.5  0.00000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.435847  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  28.46 
 
 
119 aa  57.8  0.00000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  32.67 
 
 
132 aa  58.2  0.00000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  30.69 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  33.9 
 
 
116 aa  57.8  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  33.9 
 
 
116 aa  57.8  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 
127 aa  57.8  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  36.04 
 
 
146 aa  57.4  0.00000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_002620  TC0370  ribosome-binding factor A  30.63 
 
 
133 aa  57.4  0.00000007  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2814  ribosome-binding factor A  26.36 
 
 
127 aa  56.6  0.0000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 
143 aa  56.6  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 
147 aa  55.8  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 
119 aa  56.2  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 
119 aa  56.2  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 
146 aa  55.8  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 
146 aa  56.2  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 
118 aa  55.1  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1670  ribosome-binding factor A  29.82 
 
 
123 aa  55.1  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.014786  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0815  ribosome-binding factor A  32.26 
 
 
123 aa  54.3  0.0000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0116201  normal  0.0354189 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 
142 aa  53.5  0.0000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  32 
 
 
160 aa  53.1  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  30 
 
 
118 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  30 
 
 
118 aa  52.8  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  30 
 
 
118 aa  52.8  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  30 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  30.08 
 
 
132 aa  52.8  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  29.31 
 
 
117 aa  53.1  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  30 
 
 
118 aa  53.1  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  31.07 
 
 
132 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  31.43 
 
 
128 aa  52.8  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  29.82 
 
 
116 aa  52.4  0.000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  30 
 
 
118 aa  52  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  30 
 
 
118 aa  52  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  32.79 
 
 
123 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  32.79 
 
 
123 aa  52.8  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  31.07 
 
 
132 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  26.85 
 
 
122 aa  52.4  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000570949  hitchhiker  0.000000154001 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  31.31 
 
 
137 aa  52.8  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2773  ribosome-binding factor A  33.7 
 
 
136 aa  52.8  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 
137 aa  52.4  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  30 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  31.07 
 
 
132 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 
150 aa  52.8  0.000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  29.13 
 
 
138 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  29.82 
 
 
118 aa  51.6  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 
150 aa  51.2  0.000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  30 
 
 
124 aa  51.2  0.000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  26.19 
 
 
141 aa  51.2  0.000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 
197 aa  51.2  0.000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  30.58 
 
 
125 aa  51.2  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01261  ribosome-binding factor A  29.84 
 
 
132 aa  51.2  0.000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0310075  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 
120 aa  51.2  0.000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  28.95 
 
 
133 aa  50.4  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  29.7 
 
 
117 aa  50.1  0.00001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  28.16 
 
 
138 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  29.82 
 
 
130 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  29.82 
 
 
116 aa  50.1  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 
133 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  28.83 
 
 
137 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 
133 aa  48.9  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 
119 aa  49.3  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  29.46 
 
 
133 aa  48.9  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0265365 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>