More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_3730 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.86 
 
 
497 aa  692    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0807275  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4438  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  81.82 
 
 
518 aa  844    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.68099  normal  0.139719 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0098  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.54 
 
 
498 aa  713    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.48 
 
 
498 aa  716    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4060  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.88 
 
 
496 aa  698    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0775  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.26 
 
 
497 aa  694    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00425927  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3456  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  80.99 
 
 
505 aa  843    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.146595  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0157  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  90.89 
 
 
552 aa  942    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918228  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0206  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.99 
 
 
497 aa  684    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.515725  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0493  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  90.89 
 
 
560 aa  941    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0676107  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4593  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.21 
 
 
498 aa  691    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4104  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  81.19 
 
 
505 aa  840    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4044  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.01 
 
 
498 aa  735    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  99.21 
 
 
505 aa  1031    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.174243 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1379  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  90.89 
 
 
552 aa  942    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13890  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.48 
 
 
498 aa  677    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0371215  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0679  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  67.07 
 
 
497 aa  702    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000513111  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4746  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  82.77 
 
 
505 aa  872    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0637  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.86 
 
 
497 aa  692    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000000149078  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2319  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  90.89 
 
 
560 aa  950    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0686  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.06 
 
 
497 aa  691    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000335425  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0642  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.86 
 
 
497 aa  694    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000457228  decreased coverage  0.0000167809 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1697  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  98.02 
 
 
505 aa  1020    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3203  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  97.82 
 
 
505 aa  999    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.525066  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1542  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  67.87 
 
 
499 aa  677    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0780531  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1657  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  92.87 
 
 
505 aa  953    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.908997  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4566  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  65.86 
 
 
497 aa  692    Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000243063  hitchhiker  0.00796429 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0372  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  80.4 
 
 
501 aa  847    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4293  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  96.63 
 
 
505 aa  989    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.74921  normal  0.50186 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00766  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  69.37 
 
 
496 aa  718    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1126  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  69.49 
 
 
496 aa  697    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2380  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  62.22 
 
 
495 aa  639    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4052  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  97.82 
 
 
523 aa  991    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0606  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  72.95 
 
 
502 aa  776    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3694  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  65.32 
 
 
498 aa  693    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3662  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  68.76 
 
 
496 aa  714    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1010  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  90.89 
 
 
560 aa  941    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.291559  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3730  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  100 
 
 
505 aa  1038    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1453  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  90.89 
 
 
531 aa  939    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.454102  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01600  putative aldehyde dehydrogenase  66.19 
 
 
497 aa  688    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.510904  normal  0.728588 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0414  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  67 
 
 
498 aa  696    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3349  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  66.73 
 
 
498 aa  666    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.894288 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1097  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  91.09 
 
 
531 aa  941    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.856592  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4314  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  97.82 
 
 
505 aa  990    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.389944  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3204  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.2 
 
 
496 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.887195  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1083  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.4 
 
 
496 aa  629  1e-179  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000148294  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1185  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.2 
 
 
496 aa  630  1e-179  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.773308  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1091  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60 
 
 
496 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00014498  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1151  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.2 
 
 
496 aa  628  1e-179  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.11811  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2928  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  61.09 
 
 
496 aa  624  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0250419  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1597  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.01 
 
 
506 aa  624  1e-178  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3023  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.43 
 
 
499 aa  625  1e-178  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0588426  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2650  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.56 
 
 
496 aa  624  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000962307  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3010  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.89 
 
 
496 aa  623  1e-177  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.10059  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3107  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  60.89 
 
 
496 aa  624  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.281488  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0935  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.58 
 
 
501 aa  620  1e-176  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0357372  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0965  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.33 
 
 
496 aa  615  1e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0738299  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2399  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.8 
 
 
502 aa  616  1e-175  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.169024  normal  0.676059 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1113  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.67 
 
 
496 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000656277  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2977  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.33 
 
 
508 aa  608  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1877  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.33 
 
 
508 aa  608  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00719864 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3049  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.13 
 
 
508 aa  606  9.999999999999999e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1043  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.08 
 
 
496 aa  607  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0205992  normal  0.342071 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4215  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.64 
 
 
499 aa  600  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1791  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.48 
 
 
508 aa  598  1e-170  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1444  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  61.13 
 
 
499 aa  596  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0424754  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1282  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  60.93 
 
 
499 aa  593  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.24316  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1446  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.76 
 
 
507 aa  588  1e-167  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.494247  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2521  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.04 
 
 
499 aa  587  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1138  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.64 
 
 
499 aa  585  1e-166  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3822  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  58.72 
 
 
506 aa  585  1e-166  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.466972  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0175  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.74 
 
 
509 aa  581  1.0000000000000001e-165  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262954  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3343  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.18 
 
 
503 aa  580  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3332  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.84 
 
 
505 aa  578  1e-164  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2416  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.65 
 
 
497 aa  578  1.0000000000000001e-163  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5681  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.92 
 
 
503 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2117  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.67 
 
 
498 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.591091 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1410  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.03 
 
 
506 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3248  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.7 
 
 
509 aa  577  1.0000000000000001e-163  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1351  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.83 
 
 
506 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.241244  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0836  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.44 
 
 
498 aa  572  1.0000000000000001e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3302  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  54.86 
 
 
537 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.959449 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0950  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.63 
 
 
506 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0419  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.04 
 
 
498 aa  574  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.214339  hitchhiker  0.00208567 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0386  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.04 
 
 
498 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.433719  normal  0.0679471 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3003  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.99 
 
 
503 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1432  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.63 
 
 
506 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4703  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.42 
 
 
501 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000699732  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2475  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.98 
 
 
498 aa  568  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.55823  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3940  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  55.26 
 
 
498 aa  570  1e-161  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.90589  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1334  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.59 
 
 
503 aa  570  1e-161  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2368  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.1 
 
 
504 aa  570  1e-161  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3524  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.12 
 
 
506 aa  571  1e-161  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.132108  normal  0.367269 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3801  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  57.09 
 
 
511 aa  568  1e-161  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.228893  normal  0.75946 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3021  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  59.96 
 
 
497 aa  570  1e-161  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.13552  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1312  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.43 
 
 
506 aa  570  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.648779  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4384  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.43 
 
 
507 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.640119 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0249  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating]  59.2 
 
 
505 aa  567  1e-160  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4274  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  58.43 
 
 
507 aa  566  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.463031  normal  0.914985 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2559  methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase  56.45 
 
 
497 aa  567  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>