More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4617 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4617  formate dehydrogenase  100 
 
 
386 aa  791    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7007  formate dehydrogenase  75.65 
 
 
386 aa  597  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.146408  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6021  formate dehydrogenase  74.09 
 
 
386 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0478753 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1398  formate dehydrogenase  74.61 
 
 
386 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6431  formate dehydrogenase  74.61 
 
 
386 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5420  formate dehydrogenase  73.83 
 
 
386 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.179096 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2451  formate dehydrogenase  69.45 
 
 
401 aa  560  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.454632 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1161  formate dehydrogenase  69.71 
 
 
401 aa  554  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3701  formate dehydrogenase  66.32 
 
 
388 aa  536  1e-151  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4915  formate dehydrogenase  66.32 
 
 
399 aa  535  1e-151  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.400234  normal  0.440295 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0359  formate dehydrogenase  65.62 
 
 
403 aa  530  1e-149  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0335  formate dehydrogenase  65.62 
 
 
403 aa  530  1e-149  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3198  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding protein  67.1 
 
 
392 aa  493  9.999999999999999e-139  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006691  CNF03470  formate dehydrogenase, putative  50 
 
 
373 aa  342  5e-93  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06525  Probable formate dehydrogenase (EC 1.2.1.2)(NAD-dependent formate dehydrogenase)(FDH) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q03134]  51.78 
 
 
365 aa  337  1.9999999999999998e-91  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0943631  normal 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_33765  formate dehydrogenase-like protein  49.42 
 
 
378 aa  336  5e-91  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.108543 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_91526  dehydrogenase-like protein  49.28 
 
 
379 aa  333  3e-90  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.901315  normal  0.121325 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0167  formate dehydrogenase  46.54 
 
 
374 aa  293  4e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0162  formate dehydrogenase  46.54 
 
 
343 aa  293  4e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2266  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  35.54 
 
 
334 aa  162  8.000000000000001e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.098436  normal  0.0903762 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  33.55 
 
 
525 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  31.8 
 
 
524 aa  153  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.19 
 
 
524 aa  151  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0778  glycolate reductase  33.78 
 
 
332 aa  150  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0450  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  32.4 
 
 
334 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  32.32 
 
 
339 aa  145  8.000000000000001e-34  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  31.93 
 
 
529 aa  143  6e-33  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6458  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  33.55 
 
 
327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00230301  hitchhiker  0.0000000716743 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3620  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.04 
 
 
525 aa  139  7e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.737909  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3073  Glyoxylate reductase  32.94 
 
 
322 aa  139  7e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0551614  normal  0.953247 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0412  glyoxylate reductase  30.24 
 
 
322 aa  139  7.999999999999999e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.281575 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2150  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  34.19 
 
 
328 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3943  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  35.75 
 
 
333 aa  136  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3049  Glyoxylate reductase  32.55 
 
 
322 aa  136  8e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3643  glyoxylate reductase  31.1 
 
 
330 aa  135  9e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000307425 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5864  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  32.18 
 
 
324 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.344419  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  30.82 
 
 
523 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  33.7 
 
 
531 aa  135  9.999999999999999e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0511  glyoxylate reductase  30.66 
 
 
331 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.503847  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0731  Glyoxylate reductase  31.23 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4089  Glyoxylate reductase  30.47 
 
 
333 aa  134  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3643  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  32.33 
 
 
312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0350329  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1288  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  31.6 
 
 
531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.605181  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4409  Glyoxylate reductase  30.08 
 
 
333 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0025  lactate dehydrogenase related enzyme  29.19 
 
 
319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1084  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  32.53 
 
 
524 aa  132  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00214537  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  30.04 
 
 
525 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1147  glyoxylate reductase  31.91 
 
 
317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1779  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  31.52 
 
 
534 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.742834  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1058  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  32.92 
 
 
342 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.160451  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  31.52 
 
 
534 aa  131  2.0000000000000002e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.375906  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  30.94 
 
 
523 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2177  2-hydroxyacid dehydrogenase  35.58 
 
 
334 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4983  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  31.73 
 
 
324 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2089  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  35.58 
 
 
360 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2819  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.69 
 
 
409 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.548635  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3561  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  31.8 
 
 
541 aa  129  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0818825  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0734  glyoxylate reductase  34.13 
 
 
334 aa  129  7.000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.995552  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3380  glyoxylate reductase  28.06 
 
 
357 aa  129  7.000000000000001e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1558  Phosphoglycerate dehydrogenase  34.59 
 
 
324 aa  129  8.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0174  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  31.91 
 
 
529 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.996447  normal  0.371451 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  30.43 
 
 
531 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2822  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  32.71 
 
 
359 aa  129  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242974  normal  0.104606 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2807  glyoxylate reductase  32.8 
 
 
321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.949498 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4126  glyoxylate reductase  30.86 
 
 
333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal  0.483261 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3460  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  29.24 
 
 
310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.51 
 
 
531 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0915  glycolate reductase  31.27 
 
 
328 aa  128  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2827  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  29.75 
 
 
546 aa  128  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  30.98 
 
 
527 aa  127  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6779  Glyoxylate reductase  29.65 
 
 
327 aa  127  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3884  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  33 
 
 
312 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0350  Glyoxylate reductase  32.04 
 
 
319 aa  127  4.0000000000000003e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  31.42 
 
 
529 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2485  Glyoxylate reductase  30.71 
 
 
331 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0314  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  33.17 
 
 
334 aa  127  4.0000000000000003e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907206  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2856  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  30.87 
 
 
528 aa  127  4.0000000000000003e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  32.18 
 
 
527 aa  127  4.0000000000000003e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0259  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  29.68 
 
 
529 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  32.95 
 
 
523 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0417  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  32.92 
 
 
534 aa  127  5e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.458098  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3417  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  30.17 
 
 
344 aa  127  5e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA08130  2-hydroxyacid dehydrogenase, putative  34.17 
 
 
339 aa  126  6e-28  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.141601  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1421  Phosphoglycerate dehydrogenase  32.45 
 
 
304 aa  126  7e-28  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0128  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  31.27 
 
 
320 aa  126  8.000000000000001e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0232098  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  31.85 
 
 
334 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0895  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding protein  31.21 
 
 
326 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.602769 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3136  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  34.09 
 
 
317 aa  125  1e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  32.58 
 
 
523 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  32.58 
 
 
523 aa  124  2e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8047  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  31.1 
 
 
529 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0328727  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2232  glyoxylate reductase  31.71 
 
 
334 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770624  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2506  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  32.18 
 
 
528 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000305441 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2308  glycolate reductase  31.4 
 
 
339 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2970  glyoxylate reductase  30.5 
 
 
328 aa  124  2e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2256  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  29.29 
 
 
532 aa  124  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21840  glycerate dehydrogenase  31.01 
 
 
274 aa  123  4e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0628061  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0045  glycolate reductase  34.3 
 
 
333 aa  124  4e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  33.46 
 
 
531 aa  123  5e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2086  2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  30.95 
 
 
325 aa  123  5e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000608304  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>