More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0417 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1198  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.04 
 
 
542 aa  675    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0190635  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0417  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  100 
 
 
534 aa  1081    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.458098  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2378  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  60.42 
 
 
541 aa  684    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0367603  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2087  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  58.88 
 
 
535 aa  664    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0521319  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2256  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.4 
 
 
532 aa  691    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3860  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.06 
 
 
539 aa  645    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000678395  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1737  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.36 
 
 
541 aa  674    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1961  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.4 
 
 
532 aa  689    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.829673  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1699  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  59.09 
 
 
539 aa  664    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000359421  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3115  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  53.03 
 
 
535 aa  601  1e-170  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00187643  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.7 
 
 
524 aa  403  1e-111  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.42 
 
 
525 aa  401  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.2 
 
 
527 aa  397  1e-109  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.89 
 
 
526 aa  395  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.57 
 
 
526 aa  389  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.25 
 
 
527 aa  389  1e-107  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3620  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.01 
 
 
525 aa  389  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.737909  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1501  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.69 
 
 
546 aa  386  1e-106  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.64 
 
 
534 aa  387  1e-106  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0271  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.47 
 
 
524 aa  387  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.353808  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.04 
 
 
652 aa  388  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.11 
 
 
523 aa  383  1e-105  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2377  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.66 
 
 
525 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2428  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.66 
 
 
525 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1288  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.7 
 
 
531 aa  381  1e-104  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.605181  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2125  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.77 
 
 
531 aa  380  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000018587  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.15 
 
 
526 aa  379  1e-104  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.07 
 
 
526 aa  382  1e-104  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0263  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.79 
 
 
524 aa  375  1e-103  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.542041  normal  0.03617 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.07 
 
 
523 aa  377  1e-103  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0574  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.56 
 
 
526 aa  376  1e-103  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0599  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.28 
 
 
526 aa  375  1e-102  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0013465  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.22 
 
 
524 aa  374  1e-102  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.61 
 
 
529 aa  374  1e-102  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_539  phosphoglycerate dehydrogenase  39.88 
 
 
526 aa  373  1e-102  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.366241  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2150  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.54 
 
 
528 aa  369  1e-101  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.204731  normal  0.434509 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2156  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.07 
 
 
526 aa  372  1e-101  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.83 
 
 
528 aa  370  1e-101  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.07 
 
 
525 aa  370  1e-101  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0786  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.92 
 
 
527 aa  367  1e-100  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4106  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.72 
 
 
529 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.885327  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.86 
 
 
527 aa  367  1e-100  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1084  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.73 
 
 
524 aa  366  1e-100  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00214537  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_15151  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.22 
 
 
528 aa  367  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_05241  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.42 
 
 
528 aa  367  1e-100  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3759  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.1 
 
 
526 aa  364  2e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000435115  normal  0.110256 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4778  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.14 
 
 
527 aa  364  2e-99  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.801669 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1826  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.4 
 
 
529 aa  363  3e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.22 
 
 
534 aa  364  3e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.375906  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1779  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.22 
 
 
534 aa  364  3e-99  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.742834  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0527  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.96 
 
 
528 aa  363  4e-99  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.209223  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2601  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.45 
 
 
528 aa  363  4e-99  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159181  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2694  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.45 
 
 
528 aa  362  7.0000000000000005e-99  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.22 
 
 
523 aa  362  8e-99  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1452  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.83 
 
 
528 aa  362  1e-98  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0793  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.35 
 
 
529 aa  361  2e-98  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.38 
 
 
523 aa  360  3e-98  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.33 
 
 
523 aa  360  3e-98  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11540  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.36 
 
 
527 aa  360  5e-98  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00507142  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0926  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.83 
 
 
528 aa  360  5e-98  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_15551  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.25 
 
 
528 aa  359  6e-98  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.98 
 
 
531 aa  359  7e-98  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1262  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.88 
 
 
528 aa  359  8e-98  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.18 
 
 
523 aa  358  9e-98  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.05 
 
 
529 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.23 
 
 
532 aa  358  9.999999999999999e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1423  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.19 
 
 
527 aa  358  9.999999999999999e-98  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.18 
 
 
533 aa  358  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447631  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.05 
 
 
529 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.94 
 
 
527 aa  358  1.9999999999999998e-97  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1629  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.18 
 
 
533 aa  358  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_17821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.8 
 
 
528 aa  358  1.9999999999999998e-97  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.877269 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_15401  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.25 
 
 
528 aa  357  2.9999999999999997e-97  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0931759  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.43 
 
 
531 aa  357  2.9999999999999997e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3318  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.67 
 
 
531 aa  356  5e-97  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1376  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.21 
 
 
528 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.21 
 
 
531 aa  355  7.999999999999999e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.07 
 
 
523 aa  355  8.999999999999999e-97  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0439  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.76 
 
 
532 aa  354  2e-96  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0587451  normal  0.906143 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1229  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.18 
 
 
533 aa  354  2e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270378  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.36 
 
 
523 aa  355  2e-96  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1543  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.85 
 
 
527 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00623773  hitchhiker  0.0000362163 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14091  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.35 
 
 
528 aa  353  5.9999999999999994e-96  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.187324  normal  0.0498894 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1119  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.28 
 
 
529 aa  352  1e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480596  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.66 
 
 
529 aa  350  3e-95  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4467  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.09 
 
 
526 aa  350  3e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0468875  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2680  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.98 
 
 
540 aa  349  6e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4789  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  34.53 
 
 
529 aa  349  8e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.05 
 
 
531 aa  348  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.85 
 
 
531 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1269  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.78 
 
 
529 aa  348  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0254425 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1093  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.32 
 
 
529 aa  347  2e-94  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0837  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.79 
 
 
527 aa  347  3e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.746889  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3021  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.04 
 
 
531 aa  346  5e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1018  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.14 
 
 
527 aa  346  7e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000612711 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0896  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.14 
 
 
527 aa  346  7e-94  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.643854  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.64 
 
 
535 aa  345  1e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2699  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.1 
 
 
528 aa  344  2.9999999999999997e-93  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000966677  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.5 
 
 
529 aa  344  2.9999999999999997e-93  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.98 
 
 
528 aa  343  4e-93  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>