More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_8311 on replicon NC_011982
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011982  Avi_8311  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  100 
 
 
285 aa  549  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0076  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, ATPase subunit  47.55 
 
 
646 aa  235  5.0000000000000005e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000330872  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.28 
 
 
287 aa  210  2e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.44 
 
 
294 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
279 aa  205  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.62 
 
 
291 aa  204  1e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.79 
 
 
299 aa  202  5e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.97 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  38.97 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  38.97 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  38.97 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  38.97 
 
 
299 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
298 aa  201  9.999999999999999e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.71 
 
 
284 aa  199  5e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.68 
 
 
288 aa  198  7e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  39.35 
 
 
282 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2422  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
311 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.29 
 
 
299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.79 
 
 
280 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
280 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  42.68 
 
 
305 aa  195  8.000000000000001e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.9 
 
 
299 aa  193  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
277 aa  193  2e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
304 aa  194  2e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.73 
 
 
312 aa  193  3e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
300 aa  192  4e-48  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5089  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.41 
 
 
293 aa  192  6e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
285 aa  192  8e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.3 
 
 
307 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.15 
 
 
274 aa  190  2e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5761  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
289 aa  190  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.133944  normal  0.758242 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.09 
 
 
280 aa  189  2.9999999999999997e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
307 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
289 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00661065  normal  0.0160024 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  42.26 
 
 
289 aa  189  4e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.89 
 
 
294 aa  189  4e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
279 aa  189  4e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.862949  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4454  opine ABC transporter, permease protein, putative  43.63 
 
 
290 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000504442 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
296 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
301 aa  189  7e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2472  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
292 aa  188  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  36.76 
 
 
288 aa  188  7e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.78 
 
 
291 aa  188  7e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.62 
 
 
285 aa  187  1e-46  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0932  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
279 aa  187  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.927066  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2589  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 
280 aa  187  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.26 
 
 
297 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.02 
 
 
300 aa  186  3e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.01 
 
 
303 aa  186  4e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  38.55 
 
 
300 aa  186  4e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.53 
 
 
321 aa  186  4e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4368  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
324 aa  186  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  41.42 
 
 
276 aa  186  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
310 aa  186  5e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.52 
 
 
301 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
300 aa  185  6e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3233  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  38.18 
 
 
300 aa  185  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
296 aa  185  7e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.271529  normal  0.0400541 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.08 
 
 
304 aa  185  8e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
291 aa  185  9e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  37.22 
 
 
867 aa  185  9e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9142  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  47.34 
 
 
547 aa  184  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.269566  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0613  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.96 
 
 
280 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  38.4 
 
 
301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.53 
 
 
299 aa  183  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4339  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.08 
 
 
293 aa  183  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.523425  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
284 aa  183  3e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
309 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.67 
 
 
290 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0927  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
284 aa  182  5.0000000000000004e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0968091  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.52 
 
 
307 aa  182  6e-45  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2624  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
290 aa  182  6e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.118139  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.26 
 
 
289 aa  182  6e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1215  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
278 aa  181  9.000000000000001e-45  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  36.53 
 
 
299 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  36.52 
 
 
307 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
308 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.848897  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
299 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
296 aa  181  1e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2030  ABC transporter, permease protein  37.13 
 
 
300 aa  180  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0884139  normal  0.749678 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.57 
 
 
303 aa  180  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.11217  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.92 
 
 
285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
295 aa  179  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1584  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.7 
 
 
302 aa  179  4e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0658  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
279 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.369751  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.83 
 
 
300 aa  179  4.999999999999999e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 
306 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.45 
 
 
307 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  35.94 
 
 
306 aa  179  5.999999999999999e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  37.36 
 
 
307 aa  178  8e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
296 aa  178  8e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0788732  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1030  nickel transporter permease NikC  39.53 
 
 
270 aa  177  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.503674  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
359 aa  178  1e-43  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.59 
 
 
297 aa  178  1e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.41 
 
 
309 aa  178  1e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0367  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  37.17 
 
 
323 aa  177  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.963173  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 
258 aa  177  1e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  34.59 
 
 
302 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  34.59 
 
 
302 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>