More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3366 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3366  Glycine/serine hydroxymethyltransferase  100 
 
 		 391 aa  810    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532531  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1611  Glycine hydroxymethyltransferase  32.85 
 
 		 433 aa  204  2e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0061  Glycine hydroxymethyltransferase  33.58 
 
 		 433 aa  202  7e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1650  serine hydroxymethyltransferase  32.69 
 
 		 431 aa  201  1.9999999999999998e-50  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.278355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1046  serine hydroxymethyltransferase  32.3 
 
 		 429 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0346  serine hydroxymethyltransferase  34.29 
 
 		 431 aa  191  2e-47  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0635  Glycine hydroxymethyltransferase  34.92 
 
 		 394 aa  188  1e-46  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0045  serine hydroxymethyltransferase  33.1 
 
 		 430 aa  186  6e-46  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.0231458 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0014  serine hydroxymethyltransferase  32.04 
 
 		 430 aa  171  2e-41  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1090  serine hydroxymethyltransferase  32.22 
 
 		 430 aa  169  6e-41  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0048  serine hydroxymethyltransferase  30.94 
 
 		 429 aa  167  2e-40  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1793  serine hydroxymethyltransferase  30.21 
 
 		 440 aa  161  2e-38  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3351  Glycine hydroxymethyltransferase  27.88 
 
 		 445 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0411175  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0729  serine hydroxymethyltransferase  28.12 
 
 		 415 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0271  Glycine hydroxymethyltransferase  29.79 
 
 		 358 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0678  serine hydroxymethyltransferase  28.61 
 
 		 415 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.478588 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2242  glycine hydroxymethyltransferase  27.45 
 
 		 420 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0554627 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2184  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 410 aa  134  3e-30  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4508  serine hydroxymethyltransferase  27.64 
 
 		 412 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.732205 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0573  serine hydroxymethyltransferase  29.41 
 
 		 417 aa  134  3.9999999999999996e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0451  serine hydroxymethyltransferase  25.98 
 
 		 414 aa  133  5e-30  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.178848  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3895  serine hydroxymethyltransferase  28.12 
 
 		 415 aa  133  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2733  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0790  serine hydroxymethyltransferase  28.4 
 
 		 415 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3410  serine hydroxymethyltransferase  29.52 
 
 		 424 aa  132  1.0000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.751124  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2327  Glycine hydroxymethyltransferase  27.65 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000566706  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0256  serine hydroxymethyltransferase  29.03 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.666958 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0425  serine hydroxymethyltransferase  25.74 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0460217  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2581  serine hydroxymethyltransferase  27.23 
 
 		 415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.848716  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0722  serine hydroxymethyltransferase  27.87 
 
 		 436 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.59476  normal  0.142236 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3914  serine hydroxymethyltransferase  28.23 
 
 		 415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.355744  normal  0.102127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0323  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0806  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0775  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0739852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1895  serine hydroxymethyltransferase  27.23 
 
 		 410 aa  130  3e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0683  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 431 aa  131  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0686  serine hydroxymethyltransferase  27.21 
 
 		 424 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.138461  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1555  serine hydroxymethyltransferase  25.49 
 
 		 414 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0700  serine hydroxymethyltransferase  27.23 
 
 		 431 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0504784  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2680  serine hydroxymethyltransferase  27.87 
 
 		 508 aa  130  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1917  serine hydroxymethyltransferase  28.39 
 
 		 430 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.584505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0929  Glycine hydroxymethyltransferase  27.93 
 
 		 440 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.802509  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2316  serine hydroxymethyltransferase  30.49 
 
 		 412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1965  serine hydroxymethyltransferase  26.29 
 
 		 441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.128494  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0765  serine hydroxymethyltransferase  27.68 
 
 		 415 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.186767  normal  0.156833 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2928  serine hydroxymethyltransferase  26.75 
 
 		 417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0902  serine hydroxymethyltransferase  27.6 
 
 		 416 aa  128  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3363  serine hydroxymethyltransferase  27.23 
 
 		 415 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1025  serine hydroxymethyltransferase  28.71 
 
 		 422 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2927  serine hydroxymethyltransferase  29.01 
 
 		 415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1468  serine hydroxymethyltransferase  25.3 
 
 		 423 aa  128  2.0000000000000002e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2992  serine hydroxymethyltransferase  29.6 
 
 		 414 aa  127  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.802435  normal  0.346056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2312  serine hydroxymethyltransferase  26.52 
 
 		 412 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.297378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1617  serine hydroxymethyltransferase  28.74 
 
 		 424 aa  127  3e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5200  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3234  serine hydroxymethyltransferase  27.23 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0959  Glycine hydroxymethyltransferase  28.02 
 
 		 410 aa  127  4.0000000000000003e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.587194  normal  0.162631 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1942  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2075  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0085  serine hydroxymethyltransferase  25.67 
 
 		 422 aa  127  4.0000000000000003e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3196  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3250  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0834  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2668  serine hydroxymethyltransferase  27.47 
 
 		 415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2836  serine hydroxymethyltransferase  26.51 
 
 		 417 aa  127  4.0000000000000003e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.359128  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0373  serine hydroxymethyltransferase  28.79 
 
 		 419 aa  127  4.0000000000000003e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.238829  normal  0.155765 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0615  Glycine hydroxymethyltransferase  28.17 
 
 		 415 aa  127  5e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2754  serine hydroxymethyltransferase  26.99 
 
 		 415 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1060  serine hydroxymethyltransferase  26.7 
 
 		 415 aa  127  5e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.328734  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0226  serine hydroxymethyltransferase  25.26 
 
 		 414 aa  126  6e-28  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.667379  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1851  serine hydroxymethyltransferase  28.26 
 
 		 417 aa  126  7e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0004  serine hydroxymethyltransferase  27.34 
 
 		 416 aa  126  7e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2744  serine hydroxymethyltransferase  26.27 
 
 		 417 aa  126  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1241  glycine hydroxymethyltransferase  26.78 
 
 		 414 aa  126  7e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0601  serine hydroxymethyltransferase  26.51 
 
 		 440 aa  126  7e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1912  serine hydroxymethyltransferase  28.02 
 
 		 430 aa  126  8.000000000000001e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.637321  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1551  serine hydroxymethyltransferase  29.29 
 
 		 416 aa  125  9e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0727  serine hydroxymethyltransferase  26.23 
 
 		 438 aa  125  1e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4955  glycine hydroxymethyltransferase  27.58 
 
 		 415 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1887  Glycine hydroxymethyltransferase  27.51 
 
 		 419 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.409267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0221  serine hydroxymethyltransferase  28.09 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0307  serine hydroxymethyltransferase  27.14 
 
 		 414 aa  125  1e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.209874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1660  serine hydroxymethyltransferase  30.61 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.445565  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1350  serine hydroxymethyltransferase  24.63 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00178736  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3717  serine hydroxymethyltransferase  29.4 
 
 		 418 aa  125  2e-27  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.982412  normal  0.848378 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3274  serine hydroxymethyltransferase  29.8 
 
 		 412 aa  124  2e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000462006  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2044  serine hydroxymethyltransferase  30.61 
 
 		 414 aa  124  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.110649  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3859  serine hydroxymethyltransferase  28.74 
 
 		 423 aa  125  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1789  serine hydroxymethyltransferase  26.35 
 
 		 438 aa  124  3e-27  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3305  Glycine hydroxymethyltransferase  25.86 
 
 		 417 aa  124  3e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1134  serine hydroxymethyltransferase  28.91 
 
 		 437 aa  124  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2165  serine hydroxymethyltransferase  27.85 
 
 		 414 aa  124  4e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.675395  normal  0.0470902 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3769  Glycine hydroxymethyltransferase  27.25 
 
 		 417 aa  124  4e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.452166  normal  0.168004 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2449  serine hydroxymethyltransferase  26.75 
 
 		 415 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2083  serine hydroxymethyltransferase  28.86 
 
 		 418 aa  123  4e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.112354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1379  serine hydroxymethyltransferase  26.75 
 
 		 415 aa  123  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1805  Glycine hydroxymethyltransferase  27.51 
 
 		 424 aa  123  5e-27  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.632012  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1557  serine hydroxymethyltransferase  27.68 
 
 		 417 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2938  serine hydroxymethyltransferase  27.37 
 
 		 421 aa  123  7e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.684623 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1160  serine hydroxymethyltransferase  28.05 
 
 		 415 aa  123  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.215239 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>