159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2078 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2078  hypothetical protein  100 
 
 		 614 aa  1261    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.142171  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2015  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  58.78 
 
 		 636 aa  695    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2235  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  57.44 
 
 		 637 aa  697    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.328672 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1575  hypothetical protein  51.67 
 
 		 631 aa  613  9.999999999999999e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00305451  normal  0.645388 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2224  peptidoglycan binding domain-containing protein  44.05 
 
 		 668 aa  505  9.999999999999999e-143  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0962  hypothetical protein  46.65 
 
 		 572 aa  490  1e-137  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.918601  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0952  cell wall degradation protein  42.88 
 
 		 656 aa  486  1e-136  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1556  hypothetical protein  41.6 
 
 		 661 aa  478  1e-133  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3150  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.43 
 
 		 654 aa  238  4e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0340585 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0215  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  33.47 
 
 		 670 aa  235  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.173397  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2068  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.23 
 
 		 672 aa  231  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.494147  normal  0.689634 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2752  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.38 
 
 		 646 aa  225  2e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2893  hypothetical protein  29.26 
 
 		 563 aa  223  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.724025  normal  0.0200907 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2875  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  34.23 
 
 		 662 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.929395  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2979  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  34.56 
 
 		 648 aa  221  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.32051  normal  0.705599 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0941  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.65 
 
 		 549 aa  219  8.999999999999998e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3942  hypothetical protein  31.8 
 
 		 557 aa  218  2e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0096  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.52 
 
 		 559 aa  217  5.9999999999999996e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2774  hypothetical protein  31.04 
 
 		 546 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.299675  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1416  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.04 
 
 		 546 aa  213  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.648865 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3815  hypothetical protein  33.1 
 
 		 540 aa  213  9e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1003  hypothetical protein  29.34 
 
 		 554 aa  212  2e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2095  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  27.88 
 
 		 566 aa  211  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.683622 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0141  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.01 
 
 		 624 aa  211  3e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.764176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1407  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.75 
 
 		 716 aa  211  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.281728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1936  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  28.89 
 
 		 599 aa  210  6e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3586  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.35 
 
 		 525 aa  209  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2580  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.18 
 
 		 629 aa  208  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.294872 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2894  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.77 
 
 		 560 aa  207  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0428751  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1895  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  28.13 
 
 		 565 aa  206  1e-51  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0937127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1428  hypothetical protein  30.68 
 
 		 718 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1035  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.39 
 
 		 544 aa  205  2e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1790  hypothetical protein  28.17 
 
 		 563 aa  204  4e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1218  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.65 
 
 		 540 aa  202  9.999999999999999e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.135115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0008  peptidoglycan binding domain-containing protein  31.55 
 
 		 516 aa  202  1.9999999999999998e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000297379 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1619  hypothetical protein  30.9 
 
 		 536 aa  200  5e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.193231 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2171  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.19 
 
 		 540 aa  199  9e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.388384  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0991  hypothetical protein  29.46 
 
 		 811 aa  199  1.0000000000000001e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.95434 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2320  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.28 
 
 		 560 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2392  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.02 
 
 		 560 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.937016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4668  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  30.96 
 
 		 724 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.257633  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2592  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  30.83 
 
 		 543 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.0000115115  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4967  hypothetical protein  34.15 
 
 		 523 aa  197  3e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06430  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  26.86 
 
 		 547 aa  197  5.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1899  hypothetical protein  28.48 
 
 		 571 aa  196  1e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2805  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.26 
 
 		 674 aa  196  1e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.75853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1240  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.92 
 
 		 535 aa  195  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.770213 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0148  peptidoglycan binding domain-containing protein  32.19 
 
 		 533 aa  195  2e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.246711  normal  0.747742 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0166  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  31.79 
 
 		 533 aa  193  7e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.211257  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1417  hypothetical protein  28.02 
 
 		 568 aa  193  1e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.118077  normal  0.109273 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2142  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.35 
 
 		 563 aa  192  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.79447  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6864  hypothetical protein  31.44 
 
 		 702 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.337654  normal  0.0440449 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1223  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.37 
 
 		 775 aa  189  1e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.213789  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0206  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.3 
 
 		 625 aa  189  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.350389 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1931  peptidoglycan binding domain-containing protein  26.81 
 
 		 556 aa  189  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2145  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.77 
 
 		 531 aa  188  2e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.535243  normal  0.625753 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1674  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.87 
 
 		 560 aa  188  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.68179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2069  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  34.83 
 
 		 560 aa  187  3e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.118953  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1418  hypothetical protein  26.56 
 
 		 558 aa  188  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0511098  normal  0.206079 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0313  hypothetical protein  31.28 
 
 		 546 aa  187  4e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000890514 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3977  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.56 
 
 		 730 aa  187  4e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.618754 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1899  hypothetical protein  28.03 
 
 		 561 aa  187  7e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.131383  hitchhiker  0.000892254 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2470  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  28.24 
 
 		 549 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.238543  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1767  peptidoglycan binding domain-containing protein  24.81 
 
 		 526 aa  184  5.0000000000000004e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1780  hypothetical protein  30.3 
 
 		 576 aa  182  1e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0104141  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1828  peptidoglycan binding domain-containing protein  30.03 
 
 		 458 aa  179  1e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0125895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1444  hypothetical protein  29.67 
 
 		 607 aa  178  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.354174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0815  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.78 
 
 		 443 aa  177  4e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.418141  normal  0.712241 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3935  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.02 
 
 		 534 aa  177  6e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0444109  normal  0.199374 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1001  hypothetical protein  34.59 
 
 		 615 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.040014  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1060  hypothetical protein  34.47 
 
 		 616 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.2478  hitchhiker  0.00110354 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1028  hypothetical protein  34.59 
 
 		 615 aa  174  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0304813 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1110  hypothetical protein  34.59 
 
 		 615 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.360324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1093  hypothetical protein  34.59 
 
 		 606 aa  174  3.9999999999999995e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.565365  normal  0.428912 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1075  hypothetical protein  26.88 
 
 		 598 aa  172  1e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.023264  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2563  hypothetical protein  32.46 
 
 		 618 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0593956  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1973  hypothetical protein  32.46 
 
 		 596 aa  172  1e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.221768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2654  hypothetical protein  32.46 
 
 		 618 aa  172  1e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.334629  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0041  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  26.57 
 
 		 506 aa  172  2e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0945132  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00929  predicted carboxypeptidase  29.71 
 
 		 615 aa  171  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.627631  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2718  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.71 
 
 		 615 aa  171  3e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.51298  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1328  hypothetical protein  28.67 
 
 		 539 aa  171  3e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1032  hypothetical protein  29.71 
 
 		 615 aa  171  3e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1024  hypothetical protein  29.71 
 
 		 615 aa  171  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0600131  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2671  hypothetical protein  29.71 
 
 		 615 aa  171  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.370742  normal  0.102738 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2195  hypothetical protein  29.71 
 
 		 615 aa  171  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.555237  normal  0.324858 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00936  hypothetical protein  29.71 
 
 		 615 aa  171  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.653767  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1086  hypothetical protein  34.35 
 
 		 611 aa  170  6e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0169645  normal  0.732672 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2393  hypothetical protein  34.35 
 
 		 615 aa  170  7e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.840289  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2903  peptidoglycan binding domain-containing protein  35.09 
 
 		 399 aa  170  8e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000818135 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2052  hypothetical protein  28.64 
 
 		 575 aa  169  1e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.183791  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1789  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  28.21 
 
 		 571 aa  168  2e-40  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.385253  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1660  hypothetical protein  29.5 
 
 		 563 aa  168  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5311  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  32.12 
 
 		 602 aa  167  4e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1609  hypothetical protein  33.46 
 
 		 410 aa  166  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.831254  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2331  hypothetical protein  31.18 
 
 		 519 aa  166  1.0000000000000001e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1176  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  33.69 
 
 		 433 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0293552  normal  0.0832546 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1726  hypothetical protein  30.87 
 
 		 613 aa  165  2.0000000000000002e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.131487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41210  petidoglycan binding protein  29.86 
 
 		 530 aa  164  5.0000000000000005e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.052034  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1800  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  29.12 
 
 		 549 aa  164  6e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.081998  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>