More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5340 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_5340  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
209 aa  416  9.999999999999999e-116  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1031  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.3 
 
 
233 aa  206  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1610  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.27 
 
 
232 aa  189  2e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.89 
 
 
233 aa  188  4e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1636  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.8 
 
 
233 aa  182  3e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1508  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.62 
 
 
233 aa  181  9.000000000000001e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1309  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.28 
 
 
236 aa  179  4e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0924  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  44.88 
 
 
232 aa  171  9e-42  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2667  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.52 
 
 
230 aa  167  9e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224966  normal  0.349225 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2505  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
231 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2555  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.1 
 
 
231 aa  137  1e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.459049  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.5 
 
 
232 aa  131  7.999999999999999e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.798057  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.9 
 
 
228 aa  130  1.0000000000000001e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0979  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
254 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.495407 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 
226 aa  112  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00421455  normal  0.304991 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35 
 
 
245 aa  111  9e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.553727  normal  0.0273902 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.25 
 
 
257 aa  109  2.0000000000000002e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05318  hypothetical protein similar to nonribosomal peptide synthetase 10 (Broad)  37.16 
 
 
1270 aa  108  5e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.556036  normal  0.849429 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1432  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.41 
 
 
226 aa  108  5e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.411004  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
234 aa  108  5e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
254 aa  108  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8710  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity-like protein  34.15 
 
 
258 aa  107  9.000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.86 
 
 
256 aa  107  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  30.63 
 
 
257 aa  105  4e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  30.63 
 
 
257 aa  105  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
257 aa  105  5e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.61 
 
 
230 aa  104  8e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33490  short-chain alcohol dehydrogenase  33.93 
 
 
247 aa  103  2e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.343117  normal  0.392445 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.75 
 
 
252 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
244 aa  102  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0125509  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0112  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.18 
 
 
244 aa  102  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.94 
 
 
246 aa  101  7e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  33.64 
 
 
252 aa  100  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00919  Short-chain alcohol dehydrogenase of unknown specificity  31.68 
 
 
230 aa  101  1e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3795  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.62 
 
 
252 aa  100  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.586754  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3335  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.1 
 
 
246 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
254 aa  99.4  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.95 
 
 
252 aa  99.4  4e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
247 aa  98.6  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.57 
 
 
184 aa  98.2  8e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000317715  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.92 
 
 
261 aa  97.4  1e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2186  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.51 
 
 
248 aa  97.4  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0361624 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_47104  non ribosomal peptide synthase  33.93 
 
 
1367 aa  96.7  2e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  30.53 
 
 
258 aa  96.3  3e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.18 
 
 
257 aa  96.3  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.197802 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4845  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.73 
 
 
252 aa  96.3  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1233  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.99 
 
 
269 aa  95.1  6e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4558  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.48 
 
 
240 aa  95.1  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00293136  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0501  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
244 aa  94.7  8e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00365065 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.67 
 
 
244 aa  94.7  8e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4578  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.96 
 
 
264 aa  94.7  9e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  35.87 
 
 
246 aa  94  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4853  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
248 aa  94  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.154391  normal  0.241568 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.09 
 
 
258 aa  93.6  2e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.73 
 
 
250 aa  93.2  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
247 aa  93.2  2e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
267 aa  94  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.110488 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1405  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 
256 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.565969  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
244 aa  92.8  3e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3907  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.95 
 
 
246 aa  92.8  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.267776 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
251 aa  92.8  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
244 aa  92.8  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.73 
 
 
247 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.340445  normal  0.365193 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3131  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.02 
 
 
245 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1629  3-hydroxy acid dehydrogenase  28.18 
 
 
248 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.5514199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2119  3-hydroxy acid dehydrogenase  28.18 
 
 
248 aa  92.4  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0951  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.82 
 
 
261 aa  92  5e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5731  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
246 aa  92  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.836966 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  28.51 
 
 
252 aa  92  6e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.88 
 
 
249 aa  92  6e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2952  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.73 
 
 
253 aa  92  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2050  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.19 
 
 
249 aa  91.7  7e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1198  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.69 
 
 
254 aa  91.7  7e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2185  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.45 
 
 
237 aa  91.7  8e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.756927  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0542  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.14 
 
 
253 aa  91.3  9e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.16 
 
 
254 aa  90.5  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.402664  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.91 
 
 
252 aa  90.9  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0691773  normal  0.0221679 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1091  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  31.75 
 
 
216 aa  89.7  2e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.000796504  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.69 
 
 
254 aa  89.7  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3217  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.07 
 
 
253 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0833  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
256 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.824921  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2896  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
240 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.148916  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2130  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.59 
 
 
249 aa  90.5  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01498  L-allo-threonine dehydrogenase, NAD(P)-binding  27.73 
 
 
248 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000675994  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.73 
 
 
248 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000149507  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01509  hypothetical protein  27.73 
 
 
248 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000865743  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1682  3-hydroxy acid dehydrogenase  29.55 
 
 
248 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.97667  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2290  3-hydroxy acid dehydrogenase  28.64 
 
 
249 aa  89.7  3e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.997293 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1660  3-hydroxy acid dehydrogenase  29.55 
 
 
248 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00687336  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1701  3-hydroxy acid dehydrogenase  27.73 
 
 
248 aa  89.7  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000649919  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1614  3-hydroxy acid dehydrogenase  29.55 
 
 
248 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.594866  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1826  3-hydroxy acid dehydrogenase  29.55 
 
 
248 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0315451  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1623  3-hydroxy acid dehydrogenase  29.55 
 
 
248 aa  89.4  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1748  3-hydroxy acid dehydrogenase  27.73 
 
 
248 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000124318  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2155  3-hydroxy acid dehydrogenase  27.73 
 
 
248 aa  89.7  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000180953  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
246 aa  89.7  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.809389  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0850  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.06 
 
 
249 aa  89  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1181  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.52 
 
 
249 aa  89.4  4e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.7 
 
 
254 aa  89.4  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2351  3-hydroxy acid dehydrogenase  30.28 
 
 
249 aa  88.6  5e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.11526  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>