66 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0188 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0188  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  100 
 
 		 138 aa  277  4e-74  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3952  Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit  36.29 
 
 		 139 aa  102  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.013264 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1311  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  39.13 
 
 		 143 aa  100  6e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.454603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04850  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  37.9 
 
 		 134 aa  99.4  2e-20  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6462  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  39.29 
 
 		 140 aa  98.2  3e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1778  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  39.84 
 
 		 139 aa  98.2  4e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0772  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  41.67 
 
 		 132 aa  95.9  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200445 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1589  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  37.5 
 
 		 142 aa  95.1  3e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.603867  normal  0.335137 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1256  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  35.77 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1230  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  35.77 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.490436  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1247  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  35.77 
 
 		 142 aa  94  6e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.59332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4844  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  35.2 
 
 		 142 aa  93.6  7e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21310  succinate dehydrogenase subunit C  38.61 
 
 		 125 aa  90.9  5e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0787  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  38.79 
 
 		 119 aa  90.9  5e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05380  succinate dehydrogenase subunit C  39.42 
 
 		 116 aa  90.9  6e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.833154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0681  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  36.67 
 
 		 131 aa  90.5  6e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.414891  normal  0.0350115 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2950  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  38.46 
 
 		 142 aa  89  2e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313262 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1204  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  34.86 
 
 		 126 aa  87.8  4e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000580451 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0821  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  36.13 
 
 		 126 aa  87  8e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0967  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  38.3 
 
 		 134 aa  86.7  9e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.226571  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25800  succinate dehydrogenase subunit C  36.84 
 
 		 126 aa  85.9  2e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.180508  normal  0.930468 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1017  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  35.78 
 
 		 132 aa  85.5  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13347  succinate dehydrogenase cytochrome B-556 subunit sdhC  35.25 
 
 		 144 aa  84.7  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.262183 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0990  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  36.54 
 
 		 126 aa  84.7  4e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.051901  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1131  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  33.03 
 
 		 126 aa  83.6  9e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0889  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  37.84 
 
 		 118 aa  80.9  0.000000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.891271  normal  0.65854 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2516  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  36.84 
 
 		 154 aa  78.6  0.00000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2257  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  37.07 
 
 		 144 aa  72  0.000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0160285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0208  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  35.43 
 
 		 136 aa  68.6  0.00000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1435  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  37.61 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0933  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  34.65 
 
 		 131 aa  58.2  0.00000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2835  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  30.11 
 
 		 129 aa  53.9  0.0000008  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.178148  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2076  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  30.11 
 
 		 131 aa  51.2  0.000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3125  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  28.35 
 
 		 143 aa  50.1  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00681  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  34.34 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00670  hypothetical protein  34.34 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0640  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  34.34 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.978603  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2914  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  34.34 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0623319  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0769  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  34.34 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0748  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  34.34 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2934  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  34.34 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.107095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0813  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  34.34 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.280294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0734  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  34.34 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.934433 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5987  succinate dehydrogenase cytochrome b subunit  34.62 
 
 		 125 aa  47.4  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340501  normal  0.95264 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0228  succinate dehydrogenase subunit C  35.35 
 
 		 111 aa  43.9  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0494425  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1063  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  27.96 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.478298  normal  0.0346438 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1967  succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit  35.79 
 
 		 133 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.124029 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1150  fumarate reductase, D subunit  26.73 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1987  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  32.53 
 
 		 142 aa  42.7  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.241729  normal  0.34288 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0072  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  33.33 
 
 		 132 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0786  Succinate dehydrogenase hydrophobic anchor subunit-like protein  28.32 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0046  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  31.82 
 
 		 129 aa  42.4  0.002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.200427  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2803  succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor  26.21 
 
 		 115 aa  42.7  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1124  putative succinate dehydrogenase cytochrome b subunit  30.93 
 
 		 114 aa  41.6  0.003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.454287  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2550  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  28.87 
 
 		 129 aa  42  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.411749  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0759  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  30.26 
 
 		 121 aa  41.6  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44060  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  28.71 
 
 		 128 aa  41.6  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3693  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  28.71 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3885  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  27.85 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3148  putative succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit  27.85 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.80265  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2473  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  28 
 
 		 140 aa  40.4  0.008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0855  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  30.3 
 
 		 134 aa  40  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000446892 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0888  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  30.3 
 
 		 134 aa  40  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.171127  normal  0.76264 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0791  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  30.3 
 
 		 134 aa  40  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.51944  normal  0.101074 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0765  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  30.3 
 
 		 134 aa  40  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.463239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0826  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  30.3 
 
 		 134 aa  40  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>