59 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1311 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_1311  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  100 
 
 		 143 aa  291  2e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.454603  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6462  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  79.51 
 
 		 140 aa  202  9e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05380  succinate dehydrogenase subunit C  76.52 
 
 		 116 aa  191  3e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.833154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0681  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  65.12 
 
 		 131 aa  181  3e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.414891  normal  0.0350115 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1230  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  65.35 
 
 		 142 aa  177  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.490436  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1247  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  65.35 
 
 		 142 aa  177  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.59332  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1256  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  65.35 
 
 		 142 aa  177  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0772  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  64.23 
 
 		 132 aa  173  7e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.200445 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4844  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  62.31 
 
 		 142 aa  170  5e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1589  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  68.18 
 
 		 142 aa  170  6.999999999999999e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.603867  normal  0.335137 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13347  succinate dehydrogenase cytochrome B-556 subunit sdhC  60.48 
 
 		 144 aa  160  7e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.262183 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1778  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  52.11 
 
 		 139 aa  159  1e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1131  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  59.69 
 
 		 126 aa  159  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25800  succinate dehydrogenase subunit C  61.24 
 
 		 126 aa  159  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.180508  normal  0.930468 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1204  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  58.59 
 
 		 126 aa  157  5e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000580451 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3952  Succinate dehydrogenase cytochrome b556 subunit  59.06 
 
 		 139 aa  156  8e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.013264 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0821  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  58.14 
 
 		 126 aa  154  5.0000000000000005e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0967  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  57.14 
 
 		 134 aa  153  7e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.226571  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0990  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  57.36 
 
 		 126 aa  152  2e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.051901  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2950  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  59.68 
 
 		 142 aa  150  7e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000313262 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1017  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  69.61 
 
 		 132 aa  149  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04850  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  50.71 
 
 		 134 aa  144  5e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21310  succinate dehydrogenase subunit C  63.37 
 
 		 125 aa  141  3e-33  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0188  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  39.13 
 
 		 138 aa  100  6e-21  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0787  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  39.62 
 
 		 119 aa  99.4  2e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0889  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  36.73 
 
 		 118 aa  74.3  0.0000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.891271  normal  0.65854 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2516  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  33.33 
 
 		 154 aa  70.1  0.000000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0208  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  39.36 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2257  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  35.87 
 
 		 144 aa  66.6  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0160285  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1435  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  28.21 
 
 		 123 aa  63.9  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.362976  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0933  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  36.36 
 
 		 131 aa  60.1  0.000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2835  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  35.06 
 
 		 129 aa  58.2  0.00000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.178148  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2076  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  40.51 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3125  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  32.58 
 
 		 143 aa  52.8  0.000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3693  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  38.67 
 
 		 128 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44060  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  37.33 
 
 		 128 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0730  succinate dehydrogenase, cytochrome b558 subunit  29.13 
 
 		 204 aa  44.3  0.0005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.545164  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2507  succinate dehydrogenase subunit C  36 
 
 		 128 aa  43.9  0.0007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.305741 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1124  putative succinate dehydrogenase cytochrome b subunit  31.73 
 
 		 114 aa  43.5  0.001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.454287  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2195  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  32.88 
 
 		 124 aa  43.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.151249  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1987  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  32.53 
 
 		 142 aa  42.4  0.002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.241729  normal  0.34288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2005  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  32.88 
 
 		 124 aa  41.6  0.003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0924289  normal  0.135174 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0791  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  35.21 
 
 		 134 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.51944  normal  0.101074 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0855  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  35.21 
 
 		 134 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000446892 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0888  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  35.21 
 
 		 134 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.171127  normal  0.76264 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0765  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  35.21 
 
 		 134 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.463239  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0826  succinate dehydrogenase cytochrome b556 large membrane subunit  35.21 
 
 		 134 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1203  putative succinate dehydrogenase, membrane subunit (SdhD)  23.64 
 
 		 153 aa  42  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000167837 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3148  putative succinate dehydrogenase cytochrome b-556 subunit  29.27 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.80265  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3885  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  29.27 
 
 		 114 aa  41.6  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0786  Succinate dehydrogenase hydrophobic anchor subunit-like protein  31.76 
 
 		 126 aa  41.2  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1130  succinate dehydrogenase subunit D  24.58 
 
 		 164 aa  40.8  0.006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1113  succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit  31.82 
 
 		 133 aa  40.8  0.006  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.405795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1206  succinate dehydrogenase/fumarate reductase cytochrome b subunit  27.43 
 
 		 204 aa  40.8  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1228  succinate dehydrogenase/fumarate reductase cytochrome b subunit  27.43 
 
 		 204 aa  40.8  0.007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3516  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  29.17 
 
 		 128 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.517036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1661  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  29.17 
 
 		 128 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3764  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  29.17 
 
 		 128 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.415406  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4193  succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit  29.17 
 
 		 128 aa  40.4  0.008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.530712  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>