More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5034 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_5034  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  613  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3875  putative transcriptional regulator  63.07 
 
 		 307 aa  394  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.656109  normal  0.908987 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3487  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  62.75 
 
 		 307 aa  384  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5381  LysR family transcriptional regulator  60.46 
 
 		 307 aa  379  1e-104  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  0.5816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1510  LysR family transcriptional regulator  60.98 
 
 		 312 aa  359  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.451093  normal  0.28121 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0261  putative transcriptional regulator  58.36 
 
 		 310 aa  359  4e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.403227  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02290  LysR family transcriptional regulator  58.31 
 
 		 311 aa  355  5e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.107615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30990  Transcriptional regulator LysR family protein  59.34 
 
 		 309 aa  354  1e-96  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2072  LysR family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 308 aa  352  5.9999999999999994e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2930  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 		 309 aa  347  1e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1754  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 		 328 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1853  LysR family transcriptional regulator  55.74 
 
 		 312 aa  328  8e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0383468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3859  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 312 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0499644 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1429  LysR family transcriptional regulator  54.43 
 
 		 312 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1464  LysR family transcriptional regulator  55.41 
 
 		 325 aa  316  4e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.944849  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4436  LysR family transcriptional regulator  55.3 
 
 		 305 aa  312  3.9999999999999997e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0526  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 302 aa  198  9e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.12 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  36.12 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2204  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.587301  normal  0.0241601 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 296 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 298 aa  189  4e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 299 aa  187  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 305 aa  186  4e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0720  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2289  transcriptional regulator, LysR family  39.26 
 
 		 353 aa  183  3e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 294 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.7 
 
 		 335 aa  182  6e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 294 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 294 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04020  Transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.010464  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0225  transcriptional regulator, LysR family  38.26 
 
 		 309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 294 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 304 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0634  transcription regulator protein  39.39 
 
 		 318 aa  179  5.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 293 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  39.46 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 294 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 307 aa  178  1e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001040  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1997  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 294 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2270  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.520231  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0138  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.3 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 316 aa  176  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0342  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0153  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2811  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 299 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0145  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2347  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 351 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.890874  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 296 aa  176  4e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2748  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 318 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2856  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.560087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3304  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 313 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0884385 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1971  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 355 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0397721 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2663  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 328 aa  176  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 294 aa  176  7e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0305  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 367 aa  175  9e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4420  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 367 aa  175  9e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0287989 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0031  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 362 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0124  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 351 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  35.08 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3751  transcriptional regulator, LysR family  38.85 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.587681  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3565  transcriptional regulator, LysR family  38.31 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1347  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 312 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.336134 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  36.39 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2780  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 312 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.916486  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 307 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 315 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  37.66 
 
 		 313 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3147  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 349 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315246 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4908  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 299 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0600  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 310 aa  172  5.999999999999999e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 305 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3131  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 349 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.154836  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2518  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 349 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1059  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 324 aa  172  6.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0887  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888177 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  37.46 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1361  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.260614  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2043  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 310 aa  171  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.448688  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  33.55 
 
 		 298 aa  171  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>