56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1856 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1856  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  100 
 
 		 292 aa  593  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0615  xylose isomerase domain-containing protein  77.7 
 
 		 296 aa  464  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3334  xylose isomerase domain-containing protein  57.65 
 
 		 277 aa  321  8e-87  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4340  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  58.72 
 
 		 276 aa  317  2e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.2281  hitchhiker  0.0000101278 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4011  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.65 
 
 		 276 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04037  hypothetical protein  51.22 
 
 		 280 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0687839  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04075  conserved hypothetical protein  51.22 
 
 		 280 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0808004  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4771  AP endonuclease  51.22 
 
 		 280 aa  281  7.000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000229139  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4176  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  51.04 
 
 		 394 aa  281  9e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.346853  hitchhiker  0.000695283 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4680  AP endonuclease  51.57 
 
 		 280 aa  281  9e-75  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.110375  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3803  xylose isomerase domain-containing protein  51.22 
 
 		 280 aa  281  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.465718  normal  0.675861 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4453  AP endonuclease  51.22 
 
 		 280 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000121679  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0653  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  48.01 
 
 		 296 aa  260  2e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.56 
 
 		 274 aa  231  8.000000000000001e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.362033  normal  0.0199285 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2423  xylose isomerase domain-containing protein  48.21 
 
 		 285 aa  222  6e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0964314  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2882  xylose isomerase domain-containing protein  49.39 
 
 		 276 aa  221  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1719  hypothetical protein  46.29 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4583  xylose isomerase domain-containing protein  39.45 
 
 		 278 aa  207  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6726  putative endonuclease protein  43.36 
 
 		 285 aa  207  2e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.416579  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3593  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  44.68 
 
 		 265 aa  205  6e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244317  normal  0.215314 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1107  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  42.76 
 
 		 273 aa  205  8e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2177  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.26 
 
 		 279 aa  202  5e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000702324 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0137  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.57 
 
 		 276 aa  202  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2853  xylose isomerase domain-containing protein  45.32 
 
 		 274 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2459  xylose isomerase domain-containing protein  45.04 
 
 		 292 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0140499  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29070  sugar phosphate isomerase/epimerase  43.31 
 
 		 288 aa  195  7e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.92681  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3367  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  41.44 
 
 		 298 aa  195  9e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0558916 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06440  sugar phosphate isomerase/epimerase  42.47 
 
 		 300 aa  192  8e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6262  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.55 
 
 		 278 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0689378  normal  0.603305 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.85 
 
 		 286 aa  190  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2019  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.66 
 
 		 290 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.834913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4007  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40.28 
 
 		 269 aa  182  8.000000000000001e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1079  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  40.84 
 
 		 266 aa  179  2.9999999999999997e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0895  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  43.51 
 
 		 298 aa  170  3e-41  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0606369  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2394  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.1 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.515446  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12330  sugar phosphate isomerase/epimerase  28.64 
 
 		 288 aa  54.7  0.000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.205248  normal  0.361397 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4228  xylose isomerase domain-containing protein  30.13 
 
 		 268 aa  52.8  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3760  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.04 
 
 		 288 aa  53.1  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4709  myo-inositol catabolism protein  28.38 
 
 		 277 aa  51.6  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0492702  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0781  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.46 
 
 		 282 aa  52  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3371  Hydroxypyruvate isomerase  26.62 
 
 		 256 aa  50.4  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55933  normal  0.171039 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3702  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  22.15 
 
 		 313 aa  50.4  0.00003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.909161  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3113  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  25 
 
 		 256 aa  49.3  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.787534  normal  0.440249 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4045  xylose isomerase domain-containing protein  24.44 
 
 		 283 aa  48.9  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0820  xylose isomerase domain-containing protein  26.06 
 
 		 278 aa  48.1  0.0002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4578  xylose isomerase domain-containing protein  32.76 
 
 		 137 aa  47.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.615471  normal  0.641383 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4652  Xylose isomerase domain-containing protein TIM barrel  27.61 
 
 		 290 aa  46.2  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00059422 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3671  putative D-tagatose 3-epimerase  25.89 
 
 		 295 aa  45.1  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.325979  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4059  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.5 
 
 		 290 aa  45.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2495  xylose isomerase domain-containing protein  25.9 
 
 		 261 aa  44.3  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  25.6 
 
 		 272 aa  44.7  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3406  xylose isomerase domain-containing protein  25.14 
 
 		 295 aa  43.9  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.784337 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0504  xylose isomerase domain-containing protein  22.93 
 
 		 270 aa  43.5  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000275929  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  25.98 
 
 		 270 aa  42.7  0.006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0533  xylose isomerase domain protein TIM barrel  25.54 
 
 		 282 aa  42.7  0.007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.605213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1876  xylose isomerase domain-containing protein  25 
 
 		 264 aa  42.4  0.01  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0739188 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>