More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_04812 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_04812  hypothetical protein  100 
 
 		 335 aa  696    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0612  LacI family transcription regulator  83.18 
 
 		 343 aa  585  1e-166  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2465  HTH-type transcriptional regulator, LacI-family  78.68 
 
 		 336 aa  564  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  36.31 
 
 		 338 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02556  hypothetical protein  37.3 
 
 		 318 aa  232  8.000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2238  transcriptional regulator  36.14 
 
 		 344 aa  220  3e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1107  LacI family transcription regulator  34.53 
 
 		 345 aa  216  4e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.151967 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.04 
 
 		 342 aa  216  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 347 aa  213  4.9999999999999996e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2612  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 		 339 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  decreased coverage  0.00297504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0812  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 342 aa  191  1e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.171283  normal  0.194495 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0942  LacI family transcription regulator  31.25 
 
 		 340 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.302538 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3595  LacI family transcription regulator  32.18 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4772  LacI family transcription regulator  32.18 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.819593 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5511  LacI family transcription regulator  31.47 
 
 		 344 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0732614  normal  0.759968 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5997  transcriptional regulator, LacI family  33.01 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.361062  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4679  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.705598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4155  LacI family transcription regulator  30.95 
 
 		 340 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1273  transcriptional regulator  33.43 
 
 		 332 aa  172  5.999999999999999e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.690479  normal  0.464458 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3344  LacI family transcription regulator  32.13 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0000247508  normal  0.28725 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7655  LacI family transcription regulator  29.73 
 
 		 332 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5109  LacI family transcription regulator  29.39 
 
 		 330 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  32.53 
 
 		 332 aa  169  4e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4515  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.93 
 
 		 351 aa  169  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  31.12 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3706  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.09 
 
 		 359 aa  166  4e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.261904  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3964  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.63 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0348412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.22 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.22 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.22 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2497  Alanine racemase  30.93 
 
 		 338 aa  162  8.000000000000001e-39  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6065  transcriptional regulator, LacI family  33.55 
 
 		 335 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.247104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.4 
 
 		 329 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1602  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.26 
 
 		 340 aa  159  6e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.637906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6135  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 334 aa  159  7e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.212508 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3140  transcriptional regulator  30.79 
 
 		 350 aa  159  8e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  32.43 
 
 		 336 aa  159  9e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0294  transcriptional regulator, LacI family  30.59 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.91 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3751  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.55 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.73 
 
 		 333 aa  156  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0559  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.03 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000011059  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  29.52 
 
 		 337 aa  155  7e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  32.63 
 
 		 324 aa  155  9e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3114  LacI family transcription regulator  32.49 
 
 		 350 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0116195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.12 
 
 		 341 aa  154  1e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0129  transcriptional regulator, LacI family  29.13 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.08592 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6547  transcriptional regulator, LacI family  31.82 
 
 		 334 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.758912 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  30.89 
 
 		 335 aa  154  2e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 		 325 aa  153  2.9999999999999998e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.31 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.82 
 
 		 341 aa  153  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.22 
 
 		 341 aa  152  8e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  31 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  31 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  31 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31 
 
 		 341 aa  152  8.999999999999999e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  31.12 
 
 		 336 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0185  alanine racemase  30.86 
 
 		 349 aa  151  1e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.64 
 
 		 337 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.31 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2407  LacI family transcription regulator  29.88 
 
 		 341 aa  150  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.63 
 
 		 341 aa  149  5e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  32.11 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  29.45 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  32.11 
 
 		 323 aa  149  6e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  30.18 
 
 		 337 aa  149  7e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.4 
 
 		 341 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.4 
 
 		 341 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.4 
 
 		 341 aa  149  8e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.57 
 
 		 343 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  31.8 
 
 		 323 aa  149  9e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 337 aa  149  9e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 343 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.4 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.4 
 
 		 341 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0631  ribose operon repressor  32.11 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0664  ribose operon repressor  32.11 
 
 		 323 aa  147  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.566043  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3173  transcriptional regulator, LacI family  30.56 
 
 		 328 aa  147  3e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  31.8 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  31.8 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  31.8 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0721  ribose operon repressor  31.8 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.40772e-23 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0183  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 334 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  30.64 
 
 		 337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0696  ribose operon repressor  31.5 
 
 		 323 aa  145  1e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0345677  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  30.84 
 
 		 334 aa  144  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1598  LacI family transcription regulator  29.97 
 
 		 333 aa  144  2e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0971431  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2711  alanine racemase  29.59 
 
 		 342 aa  142  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000872573  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  31.07 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  31.07 
 
 		 332 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  31.07 
 
 		 332 aa  142  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  31.07 
 
 		 332 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  31.07 
 
 		 332 aa  141  9.999999999999999e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  30.52 
 
 		 348 aa  142  9.999999999999999e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.82 
 
 		 342 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>