More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001501 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_001501  cold shock transcriptional regulator CspA  100 
 
 		 70 aa  140  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1111  cold shock transcriptional regulator CspA  85.71 
 
 		 70 aa  124  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1257  putative cold shock-like protein  80 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.143325 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0306  cold shock domain-contain protein  78.57 
 
 		 70 aa  115  1.9999999999999998e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.751232  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1358  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 		 70 aa  114  5e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000569017 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06418  hypothetical protein  78.57 
 
 		 70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0927  cold-shock protein, DNA-binding  80 
 
 		 70 aa  112  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650584  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000590  cold shock protein CspA  80.88 
 
 		 69 aa  111  3e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00446829  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 		 70 aa  111  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2963  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.14 
 
 		 70 aa  108  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.711924 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75.71 
 
 		 70 aa  109  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3261  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  80 
 
 		 69 aa  108  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1034  cold shock-like protein CspG  79.1 
 
 		 69 aa  106  8.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 69 aa  104  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1500  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 69 aa  104  3e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2883  cold-shock DNA-binding domain protein  76.47 
 
 		 69 aa  104  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808952 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2622  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.47 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00345453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2689  cold-shock DNA-binding protein family protein  76.47 
 
 		 69 aa  105  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1648  cold shock domain-contain protein  75 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1366  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  76.47 
 
 		 69 aa  103  6e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03487  putative cold shock-like protein cspG  67.65 
 
 		 69 aa  103  9e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1469  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0051  cold shock protein  78.46 
 
 		 69 aa  102  1e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.86437  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1165  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  73.91 
 
 		 69 aa  102  2e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122246 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02738  putative Cold shock-like protein  71.64 
 
 		 70 aa  100  9e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.161159  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2908  hypothetical protein  71.83 
 
 		 71 aa  99.8  1e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  70.15 
 
 		 69 aa  98.6  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3483  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.22 
 
 		 70 aa  99  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.207055  normal  0.0338515 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2762  hypothetical protein  71.83 
 
 		 71 aa  99.4  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1929  cold-shock DNA-binding protein family protein  65.67 
 
 		 70 aa  97.8  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00237274  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1449  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5838  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.284132  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3904  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4464  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 67 aa  97.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4361  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4166  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.23 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.745487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3900  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  70.31 
 
 		 67 aa  97.1  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.878106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0531  cold-shock DNA-binding protein family protein  62.86 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0526  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.86 
 
 		 70 aa  96.3  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0898507  hitchhiker  0.00873644 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1944  hypothetical protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1853  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537737  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2463  cold shock protein CspA  62.32 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.222592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0167  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0899  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3227  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.751558  normal  0.890411 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0388  cold shock transcription regulator protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1442  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1965  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 		 70 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.000020659  normal  0.0130883 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0482  cold-shock domain-contain protein  67.69 
 
 		 67 aa  95.9  2e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2160  cold-shock protein, DNA-binding  64.18 
 
 		 70 aa  94.4  4e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.233344  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2041  hypothetical protein  67.14 
 
 		 69 aa  94.4  5e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1002  cold-shock domain-contain protein  66.15 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.229308  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2376  cold shock domain family protein  64.18 
 
 		 70 aa  94  6e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.85246  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  64.29 
 
 		 70 aa  94  6e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2158  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3704  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 69 aa  94  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  64.29 
 
 		 69 aa  94  7e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0613  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.69 
 
 		 71 aa  94  7e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.513087  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  68.75 
 
 		 67 aa  94  7e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4522  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.044588  normal  0.193224 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1151  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114699  normal  0.306384 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4064  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 67 aa  93.6  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.325578  normal  0.535982 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0221  cold-shock DNA-binding domain protein  65.71 
 
 		 70 aa  93.2  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2039  hypothetical protein  65.71 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2559  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0164583 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3558  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.29 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.914458 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3784  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.71 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.57 
 
 		 69 aa  92.8  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.208356  normal  0.0206903 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1049  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1953  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0846226  normal  0.0196408 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0988  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.15 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2503  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 68 aa  92.4  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000079429  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  64.29 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1045  cold-shock DNA-binding domain protein  66.15 
 
 		 67 aa  92.8  2e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.396466  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1881  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.71 
 
 		 69 aa  92.4  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0395263  normal  0.068791 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4995  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6765  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.929729  normal  0.307986 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5581  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  92  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3095  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.14 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0410712 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2498  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.29 
 
 		 70 aa  91.7  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000241121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.19 
 
 		 94 aa  91.7  3e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.265568  normal  0.248856 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5798  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  92  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.992183 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03406  major cold shock protein  61.43 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3864  major cold shock protein  61.43 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6014  cold-shock DNA-binding protein family protein  64.62 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00522  cold shock protein  64.29 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6397  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.257839 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4932  major cold shock protein  61.43 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.859989 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4415  cold-shock DNA-binding protein  62.32 
 
 		 200 aa  91.3  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0245079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4117  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.327381  normal  0.21845 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5888  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.232235  normal  0.225892 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1274  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.74 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3877  major cold shock protein  61.43 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.76351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4052  major cold shock protein  61.43 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  62.86 
 
 		 69 aa  91.3  4e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3757  major cold shock protein  61.43 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5524  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337597  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2588  cold-shock DNA-binding domain protein  67.74 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.110334  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3973  major cold shock protein  61.43 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3970  major cold shock protein  61.43 
 
 		 70 aa  91.3  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>