121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_R0038 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_R0038  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  96.08 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  88.31 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  92.45 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  91.07 
 
 		 74 bp  71.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0055  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.459471  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0057  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.363985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0059  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.116833  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  94.12 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0035  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  86.79 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  86.79 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0015  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0033  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  93.55 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0007  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.309042  normal  0.118966 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t06  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0039  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0062  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000000647678  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0063  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000418863  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0037  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0181  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00212444  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0022  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0746641  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0057  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.385214  hitchhiker  0.00196821 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0050  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  93.55 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0018  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0045  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000133581  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000334583  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt01  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0167081 
 
 
-
 
NC_002950  PGt04  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000322453 
 
 
-
 
NC_002950  PGt31  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt37  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.244963 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0040  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.949801 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0068  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.392082  normal  0.0474076 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0012  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000513005  hitchhiker  0.00749206 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00275873  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0025  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000321659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0104  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.013625  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0042  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.206576  normal  0.0624418 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0120  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0737074  normal  0.192949 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0114  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00121971  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0117  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000129359  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0032  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0772174  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0019  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.682883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0023  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00191996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00918004  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0024  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0031  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.136071  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0003  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0019  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.941577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0063  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0036  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0559117  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0115  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.791558  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0049  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000683912  normal  0.27317 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0028  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0092  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0015  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000205698  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0054  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00910713  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0043  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.165772  normal  0.314708 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0304  tRNA-Met  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.150543  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0084  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.438711  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0018  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0278993  normal  0.0571882 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0001  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0027  tRNA-Asn  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.582346 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0046  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00480541  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0024  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  unclonable  0.00000000000329716  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0173168  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_R0031  tRNA-Ile  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t099  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0187022  normal  0.469652 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>