More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2733 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2733  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 242 aa  488  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00185097  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3124  transcriptional regulatory protein QseB  68.64 
 
 		 221 aa  294  9e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3491  two component transcriptional regulator  62.1 
 
 		 219 aa  266  2e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0557217 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4163  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 223 aa  203  2e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3399  two component transcriptional regulator  51.14 
 
 		 223 aa  201  6e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1287  two component transcriptional regulator  51.83 
 
 		 221 aa  199  3.9999999999999996e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00449543  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3217  two component transcriptional regulator  51.83 
 
 		 221 aa  198  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.164246  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_7369  two component transcriptional regulator  49.32 
 
 		 219 aa  196  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175011  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4432  two component transcriptional regulator  47.69 
 
 		 222 aa  193  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0057  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.18 
 
 		 225 aa  191  9e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02407  two-component system regulatory protein  48.15 
 
 		 230 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1802  two component transcriptional regulator  46.3 
 
 		 227 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0210  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 225 aa  190  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3359  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.15 
 
 		 231 aa  188  7e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0224  two component transcriptional regulator  46.33 
 
 		 221 aa  187  9e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0104787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0257  two component transcriptional regulator  46.58 
 
 		 231 aa  187  9e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2735  two component transcriptional regulator  48.62 
 
 		 219 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0057  two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 225 aa  186  3e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.382743 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3094  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.73 
 
 		 223 aa  186  4e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0286  response regulator receiver protein  45.66 
 
 		 231 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1602  two component transcriptional regulator  47.95 
 
 		 223 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.389685 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4961  two component transcriptional regulator  49.07 
 
 		 220 aa  183  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.675974  normal  0.952404 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5097  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.361428  normal  0.112132 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3495  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 221 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.972301  normal  0.0200045 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5325  two component transcriptional regulator  42.47 
 
 		 221 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3931  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 221 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2526  two component transcriptional regulator  42.01 
 
 		 221 aa  180  2e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.748885 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3284  two component transcriptional regulator  48.4 
 
 		 219 aa  178  5.999999999999999e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0910618 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3589  two component transcriptional regulator  41.55 
 
 		 221 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.106176  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3088  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 219 aa  175  6e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3815  two component transcriptional regulator  44.95 
 
 		 219 aa  175  6e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.681737  normal  0.25062 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54510  two-component response regulator  45.21 
 
 		 223 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.377152 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1459  two component transcriptional regulator  46.12 
 
 		 223 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4764  two-component response regulator  44.75 
 
 		 223 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.343356  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6693  two component transcriptional regulator  46.15 
 
 		 221 aa  169  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5197  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 		 223 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.47869  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0357  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 226 aa  168  7e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.369065 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0876  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 224 aa  168  8e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478428 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0429  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  42.2 
 
 		 223 aa  166  2e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.199286  decreased coverage  0.000258733 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2101  two component transcriptional regulator  43.06 
 
 		 226 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3349  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.64 
 
 		 224 aa  166  4e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.142225  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3999  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 224 aa  166  4e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.901243 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3950  two component transcriptional regulator  43.64 
 
 		 224 aa  166  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0076  two component transcriptional regulator  43.38 
 
 		 223 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.225452 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3120  two component transcriptional regulator  41.59 
 
 		 239 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0465  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 229 aa  165  6.9999999999999995e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3285  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.53 
 
 		 224 aa  164  8e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00225391  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2676  DNA-binding response regulator  41.28 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2701  DNA-binding response regulator  41.28 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0255  DNA-binding response regulator  41.28 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0042  DNA-binding response regulator  41.28 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3276  DNA-binding response regulator  41.28 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2423  two component transcriptional regulator  41.7 
 
 		 234 aa  164  1.0000000000000001e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.265311  normal  0.432431 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1851  DNA-binding response regulator  41.28 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3958  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 224 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0314218 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0042  DNA-binding response regulator  41.28 
 
 		 225 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4231  DNA-binding response regulator TctD  44.95 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4687  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 223 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000526997  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3965  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  44.95 
 
 		 223 aa  162  3e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0454  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.53 
 
 		 235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0809  DNA-binding response regulator  41.74 
 
 		 247 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0851  two component transcriptional regulator  38.29 
 
 		 222 aa  162  4.0000000000000004e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4391  two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0470  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.53 
 
 		 236 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1627  two component transcriptional regulator  41.28 
 
 		 230 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0498  two component transcriptional regulator  42.2 
 
 		 223 aa  162  5.0000000000000005e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00313695 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3341  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.2 
 
 		 225 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219699 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3820  two component transcriptional regulator  42.53 
 
 		 221 aa  162  6e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4638  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 224 aa  162  6e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3643  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.2 
 
 		 225 aa  161  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0526  two component transcriptional regulator  42.66 
 
 		 229 aa  161  7e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0788787  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3105  two component transcriptional regulator  43.52 
 
 		 219 aa  161  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.136173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0039  DNA-binding response regulator  40.83 
 
 		 225 aa  161  8.000000000000001e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3674  two component transcriptional regulator  41.67 
 
 		 219 aa  161  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1060  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 223 aa  161  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0439  two component transcriptional regulator  40.83 
 
 		 253 aa  161  9e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1420  winged helix family two component transcriptional regulator  44.29 
 
 		 223 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.448392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0670  two component transcriptional regulator  40.72 
 
 		 266 aa  161  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.293028 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0813  DNA-binding response regulator  41.74 
 
 		 247 aa  161  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0618873  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  42.73 
 
 		 224 aa  161  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  44.09 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3296  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.28 
 
 		 260 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0174877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3516  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 222 aa  160  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.796525  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4301  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 223 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.285594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  45.62 
 
 		 227 aa  160  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2405  DNA-binding response regulator  41.74 
 
 		 250 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0552978  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0649  two component transcriptional regulator  41.74 
 
 		 252 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1421  two component transcriptional regulator, winged helix family  43.84 
 
 		 230 aa  160  2e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0283266  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  42.08 
 
 		 252 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0271  DNA-binding response regulator  41.74 
 
 		 247 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2671  DNA-binding response regulator  41.74 
 
 		 247 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.84234  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0018  DNA-binding response regulator  41.74 
 
 		 247 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  42.08 
 
 		 287 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1354  two component transcriptional regulator  43.84 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.776412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3337  two component response regulator  40.83 
 
 		 221 aa  159  3e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.986169  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  42.08 
 
 		 252 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  42.08 
 
 		 252 aa  159  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  42.08 
 
 		 252 aa  159  3e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2944  two component transcriptional regulator  40.45 
 
 		 224 aa  159  4e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0958095  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0699  two component transcriptional regulator  42.92 
 
 		 220 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>