132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1058 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1058  Phage portal protein, HK97  100 
 
 		 401 aa  811    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0489201 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2468  putative portal protein  67.6 
 
 		 391 aa  510  1e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1130  HK97 family phage portal protein  67.51 
 
 		 390 aa  508  1e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.868122  normal  0.923959 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1632  Phage portal protein, HK97  64.03 
 
 		 386 aa  504  1e-141  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.872037 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2177  putative phage portal protein  63.22 
 
 		 396 aa  498  1e-140  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2901  HK97 family phage portal protein  64.25 
 
 		 400 aa  484  1e-135  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.149993  normal  0.456883 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1075  HK97 family phage portal protein  65.24 
 
 		 388 aa  481  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.529897  normal  0.723665 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1801  Phage portal protein, HK97  55.44 
 
 		 391 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595196  normal  0.0740588 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3489  Phage portal protein, HK97  54.26 
 
 		 391 aa  392  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1966  Phage portal protein, HK97  53.72 
 
 		 391 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.811617 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3150  HK97 family phage portal protein  54.45 
 
 		 393 aa  391  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273725  normal  0.0302627 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1161  Phage portal protein, HK97  53.17 
 
 		 391 aa  387  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.255409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1410  Phage portal protein, HK97  52.53 
 
 		 391 aa  386  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2092  phage portal protein, HK97 family  54.01 
 
 		 391 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1334  phage portal protein HK97 family  53.42 
 
 		 400 aa  379  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00597949  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1433  HK97 family phage portal protein  54.03 
 
 		 390 aa  375  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.273066 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0903  HK97 family phage portal protein  52.04 
 
 		 391 aa  374  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.580107 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4963  HK97 family phage portal protein  55.99 
 
 		 397 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000373526 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1429  phage portal protein, HK97 family  56.06 
 
 		 386 aa  369  1e-101  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.659761  normal  0.284789 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1707  phage portal protein, HK97 family  52.99 
 
 		 390 aa  367  1e-100  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.449207  normal  0.0531802 
 
 
-
 
NC_004310  BR0586  HK97 family portal protein  51.12 
 
 		 397 aa  359  5e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0587  HK97 family phage portal protein  51.12 
 
 		 397 aa  359  5e-98  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3916  HK97 family phage portal protein  51.07 
 
 		 384 aa  359  6e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0348958 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0033  HK97 family phage portal protein  38.95 
 
 		 393 aa  317  3e-85  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.13061  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0013  HK97 family phage portal protein  39.47 
 
 		 393 aa  316  4e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3119  Phage portal protein, HK97  45.78 
 
 		 389 aa  301  9e-81  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1012  HK97 family phage portal protein  41.48 
 
 		 397 aa  301  1e-80  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.982443  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0919  HK97 family phage portal protein  47.56 
 
 		 351 aa  283  4.0000000000000003e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.38293 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2002  Phage portal protein, HK97  47.4 
 
 		 368 aa  273  4.0000000000000004e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.443505  hitchhiker  0.004041 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0007  HK97 family phage portal protein  37.01 
 
 		 396 aa  269  5.9999999999999995e-71  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000540327  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3705  HK97 family phage portal protein  41.37 
 
 		 477 aa  249  6e-65  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0697  HK97 family phage portal protein  31.07 
 
 		 399 aa  137  5e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.25481e-17 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0953  HK97 family phage portal protein  28.12 
 
 		 404 aa  115  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1252  HK97 family phage portal protein  28.33 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1602  phage portal protein, HK97 family  30.2 
 
 		 434 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1670  Phage portal protein, HK97  30.69 
 
 		 407 aa  99.4  1e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0398  HK97 family phage portal protein  27.36 
 
 		 414 aa  98.6  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7142  HK97 family phage portal protein  26.1 
 
 		 524 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.994183  hitchhiker  0.00715135 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1680  HK97 family phage portal protein  28.07 
 
 		 416 aa  97.8  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.905165  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2836  phage portal protein, HK97 family  27.67 
 
 		 414 aa  97.8  3e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1087  HK97 family portal protein , putative  27.21 
 
 		 444 aa  96.3  1e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1565  HK97 family phage portal protein  27.07 
 
 		 431 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000649364 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1630  HK97 family phage portal protein  29.02 
 
 		 440 aa  95.1  2e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.506997  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1337  HK97 family phage portal protein  27.07 
 
 		 444 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2265  phage portal protein, HK97 family  28.81 
 
 		 413 aa  94.4  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0612775 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2269  phage portal protein, HK97 family  28.81 
 
 		 413 aa  94  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000275865 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1286  HK97 family phage portal protein  28.57 
 
 		 384 aa  94  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.242  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1188  HK97 family phage portal protein  28.81 
 
 		 413 aa  93.6  6e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000136411 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1483  hypothetical protein  26.52 
 
 		 421 aa  93.2  8e-18  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0243  HK97 family phage portal protein  29.97 
 
 		 441 aa  92  2e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2854  portal protein  26.22 
 
 		 1102 aa  89.4  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0279665  hitchhiker  0.00446406 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1721  HK97 family phage portal protein  24.23 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0463  phage portal protein  27.3 
 
 		 411 aa  87.8  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.390433 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4113  HK97 family phage portal protein  28.25 
 
 		 455 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2360  head HK97 family portal protein  28.28 
 
 		 397 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.479162  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2611  phage portal protein, HK97 family  28.21 
 
 		 454 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.864605  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4284  phage portal protein, HK97 family  28.21 
 
 		 454 aa  84  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5463  hypothetical protein  28.71 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0862  phage portal protein, HK97 family  23.08 
 
 		 389 aa  83.2  0.000000000000007  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00000000555494  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4463  phage portal protein, HK97 family  25.14 
 
 		 434 aa  83.2  0.000000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679414 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1469  HK97 family portal protein  22.6 
 
 		 390 aa  83.2  0.000000000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3880  portal protein  25.87 
 
 		 479 aa  81.6  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.100107  normal  0.024166 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1356  HK97 family phage portal protein  27.67 
 
 		 393 aa  80.1  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.423386 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0360  HK97 family phage portal protein  26.69 
 
 		 445 aa  79  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0989  HK97 family phage portal protein  26.69 
 
 		 445 aa  77  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2622  phage portal protein, HK97 family  25 
 
 		 417 aa  76.3  0.0000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.830928  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4078  phage portal protein, HK97 family  26.36 
 
 		 457 aa  74.3  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.333282  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1586  HK97 family phage portal protein  22.97 
 
 		 415 aa  74.3  0.000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00170734  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2891  putative phage portal protein, HK97 family  25.57 
 
 		 833 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000639413 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1540  putative phage portal protein, HK97 family  25.57 
 
 		 833 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.533039 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2245  putative phage portal protein, HK97 family  25.57 
 
 		 859 aa  73.6  0.000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000140812 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4004  phage portal protein, HK97 family  24.48 
 
 		 413 aa  73.6  0.000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2595  HK97 family phage portal protein  24.01 
 
 		 436 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0274  HK97 family phage portal protein  24.35 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5065  phage portal protein, HK97 family  25.5 
 
 		 455 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2965  prophage LambdaSo, HK97 family portal protein  27.11 
 
 		 432 aa  72  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2594  phage portal protein, HK97 family  27.08 
 
 		 434 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.601506  normal  0.257209 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3879  HK97 family phage portal protein  24.67 
 
 		 423 aa  70.9  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.49861  normal  0.0112805 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3314  phage portal protein, HK97 family  27.57 
 
 		 433 aa  69.7  0.00000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000016128 
 
 
-
 
NC_014149  Plim_4251  phage portal protein, HK97 family  25.7 
 
 		 544 aa  69.3  0.0000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1544  Phage portal protein, HK97  26.88 
 
 		 424 aa  68.9  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0647  Phage portal protein, HK97  25.71 
 
 		 434 aa  68.9  0.0000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.239357  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5152  HK97 family phage portal protein  26.2 
 
 		 412 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1657  phage portal protein, HK97 family  29.81 
 
 		 408 aa  67.4  0.0000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3484  portal protein  22.14 
 
 		 460 aa  67  0.0000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1682  phage phi-105 ORF25-like protein  23.21 
 
 		 407 aa  66.2  0.0000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.844077 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1697  phage portal protein, HK97 family  22.76 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2236  HK97 family phage portal protein  23.78 
 
 		 447 aa  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.759812  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2273  phage portal protein, HK97 family  22.76 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1313  phage portal protein, HK97 family  22.76 
 
 		 425 aa  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0869  HK97 family phage portal protein  26.48 
 
 		 409 aa  65.1  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1898  HK97 family phage portal protein  25.93 
 
 		 416 aa  64.3  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008265  CPR_C0014  phage portal protein, HK97 family  23.99 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7331  phage portal protein, HK97 family  27.99 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.110514  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2069  HK97 family phage portal protein  25.07 
 
 		 416 aa  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3316  HK97 family phage portal protein  25.07 
 
 		 416 aa  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.246565 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0671  HK97 family phage portal protein  24.2 
 
 		 372 aa  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1457  phage portal protein, HK97 family  23.89 
 
 		 417 aa  63.5  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3396  HK97 family phage portal protein  23.13 
 
 		 445 aa  63.5  0.000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0697474  hitchhiker  0.00000000693474 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0858  phage lambdaBa02, DNA replication protein  25.43 
 
 		 408 aa  63.2  0.000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>