More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swol_1420 on replicon NC_008346
Organism: Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1131  polynucleotide adenylyltransferase region  43.79 
 
 
907 aa  763    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00727527  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2087  Polynucleotide adenylyltransferase region  43.07 
 
 
877 aa  695    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625204 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1420  polyA polymerase family protein  100 
 
 
880 aa  1796    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0185526  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  38.38 
 
 
888 aa  631  1e-179  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  39.13 
 
 
877 aa  622  1e-177  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1654  CBS domain containing protein  38.17 
 
 
890 aa  621  1e-176  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.873652 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  38.17 
 
 
875 aa  612  9.999999999999999e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  37.94 
 
 
875 aa  614  9.999999999999999e-175  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1203  CBS domain-containing protein  39.23 
 
 
873 aa  603  1.0000000000000001e-171  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.452152  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  37.97 
 
 
875 aa  595  1e-169  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3428  Polynucleotide adenylyltransferase region  37.1 
 
 
873 aa  588  1e-166  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000799776  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1346  cyclic nucleotide-binding protein  36.7 
 
 
902 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.761753 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1458  Polynucleotide adenylyltransferase region  37.34 
 
 
892 aa  582  1e-164  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.402567  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1581  polyA polymerase family protein  36.72 
 
 
880 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.48144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1578  PolyA polymerase family protein  36.51 
 
 
880 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.507141  normal  0.242793 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0878  CBS domain containing protein  35.8 
 
 
880 aa  577  1.0000000000000001e-163  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1297  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  36.96 
 
 
888 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.795106  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1302  CBS domain containing protein  40.67 
 
 
769 aa  568  1e-160  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1433  polynucleotide adenylyltransferase region  37.19 
 
 
904 aa  566  1e-160  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.743333  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3306  polynucleotide adenylyltransferase region  35.98 
 
 
881 aa  557  1e-157  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102582  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  35.07 
 
 
867 aa  554  1e-156  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0213  CBS domain-containing protein  37.67 
 
 
863 aa  553  1e-156  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  34.87 
 
 
896 aa  554  1e-156  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0215  CBS domain-containing protein  36.8 
 
 
863 aa  542  1e-153  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0891  polynucleotide adenylyltransferase region  36.45 
 
 
883 aa  538  1e-151  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1972  CBS  33.59 
 
 
898 aa  523  1e-147  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03578  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  35.67 
 
 
865 aa  523  1e-147  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  37.92 
 
 
845 aa  505  1e-141  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1184  Polynucleotide adenylyltransferase region  34.85 
 
 
905 aa  501  1e-140  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1695  CBS domain-containing protein  34.04 
 
 
885 aa  502  1e-140  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1425  CBS domain-containing protein  34.75 
 
 
859 aa  496  1e-139  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  33.51 
 
 
909 aa  490  1e-137  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.72 
 
 
903 aa  489  1e-136  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3792  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.05 
 
 
903 aa  483  1e-135  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3742  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.15 
 
 
903 aa  478  1e-133  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  33.33 
 
 
904 aa  478  1e-133  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  34.87 
 
 
909 aa  468  9.999999999999999e-131  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  32.67 
 
 
907 aa  463  1e-129  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2847  polynucleotide adenylyltransferase region  33.03 
 
 
874 aa  444  1e-123  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2466  polynucleotide adenylyltransferase region  34.08 
 
 
872 aa  440  9.999999999999999e-123  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.779181  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2030  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.48 
 
 
854 aa  352  2e-95  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.609547  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0358  CBS domain containing protein  36.59 
 
 
1077 aa  336  1e-90  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0457131 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1481  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.29 
 
 
847 aa  319  1e-85  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000006237  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0635  CBS domain-containing protein  36.09 
 
 
432 aa  281  5e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00186716  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1441  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.08 
 
 
821 aa  271  4e-71  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000556215  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1450  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.85 
 
 
450 aa  205  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1774  polyA polymerase family protein  32.85 
 
 
450 aa  205  3e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.69358  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1564  polynucleotide adenylyltransferase region  33.5 
 
 
388 aa  200  1.0000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1363  polynucleotide adenylyltransferase region  35.38 
 
 
383 aa  184  7e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_352  polyA polymerase, tRNA nucleotidyltransferase  29.13 
 
 
418 aa  181  5.999999999999999e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0388  polynucleotide adenylyltransferase region  28.81 
 
 
416 aa  173  1e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2615  polynucleotide adenylyltransferase region  30.83 
 
 
404 aa  156  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405883  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2260  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.17 
 
 
422 aa  156  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.029615  unclonable  0.0000000423985 
 
 
-
 
NC_002936  DET0409  polyA polymerase family protein  27.75 
 
 
418 aa  151  6e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0642  polynucleotide adenylyltransferase region  36.48 
 
 
374 aa  149  2.0000000000000003e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000899541  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2058  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  38.89 
 
 
469 aa  149  3e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0801  polyA polymerase family protein  38.91 
 
 
483 aa  143  1.9999999999999998e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0854  Polynucleotide adenylyltransferase region  39.11 
 
 
468 aa  140  7e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520307 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2535  tRNA adenylyltransferase (tRNA nucleotidyl transferase)  37.23 
 
 
479 aa  140  8.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0872  hypothetical protein  36.91 
 
 
474 aa  140  1e-31  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1937  polynucleotide adenylyltransferase  26.11 
 
 
567 aa  138  4e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5957  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.1 
 
 
483 aa  134  7.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06110  tRNA nucleotidyltransferase  33.63 
 
 
477 aa  130  8.000000000000001e-29  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4906  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.89 
 
 
495 aa  129  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0665  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.4 
 
 
484 aa  129  3e-28  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0990908 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1306  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.89 
 
 
489 aa  127  8.000000000000001e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1525  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.19 
 
 
475 aa  127  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2415  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.12 
 
 
471 aa  124  6e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1151  polyA polymerase family protein  34.35 
 
 
475 aa  124  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.71029 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0992  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.06 
 
 
471 aa  123  1.9999999999999998e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1109  metal dependent phosphohydrolase  32.93 
 
 
470 aa  121  6e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.875974  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2544  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.65 
 
 
561 aa  121  7e-26  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03291  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  27.38 
 
 
421 aa  117  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.418266  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0722  HDIG  32.47 
 
 
476 aa  115  4.0000000000000004e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314731  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0551  polynucleotide adenylyltransferase region  35.79 
 
 
377 aa  115  5e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  27.48 
 
 
399 aa  112  2.0000000000000002e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_36397  predicted protein  32 
 
 
759 aa  112  3e-23  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1213  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.03 
 
 
479 aa  112  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0184  polyA polymerase  39.09 
 
 
403 aa  109  3e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.648939  normal  0.0507556 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1668  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.34 
 
 
418 aa  108  4e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03821  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.5 
 
 
418 aa  108  5e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.150415  normal  0.362341 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3525  Polynucleotide adenylyltransferase region  38.65 
 
 
448 aa  105  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224253  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25491  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.5 
 
 
415 aa  103  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0767  tRNA CCA-pyrophosphorylase  29.18 
 
 
403 aa  101  5e-20  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.746315  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0212  polyA polymerase  36.36 
 
 
404 aa  101  7e-20  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.809405  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0109  polynucleotide adenylyltransferase region  28.64 
 
 
401 aa  100  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0125148  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.13 
 
 
484 aa  99  3e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03361  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.15 
 
 
415 aa  99  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0600629  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0908  tRNA CCA-pyrophosphorylase  27.12 
 
 
398 aa  98.2  7e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000445275 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03261  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  30.69 
 
 
415 aa  97.4  9e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2184  polyA polymerase family protein  31.76 
 
 
430 aa  97.1  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.459849  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23340  tRNA adenylyltransferase  29.96 
 
 
483 aa  97.1  1e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0305  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  25.51 
 
 
415 aa  96.3  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.535708  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3102  metal-dependent phosphohydrolase  32.6 
 
 
552 aa  95.9  3e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3120  polynucleotide adenylyltransferase region  31.33 
 
 
450 aa  95.9  3e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.6 
 
 
499 aa  95.9  3e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3317  multifunctional tRNA nucleotidyl transferase/2'3'-cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase/phosphatase  33.77 
 
 
413 aa  95.1  6e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0457  multifunctional tRNA nucleotidyl transferase/2'3'-cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase/phosphatase  33.77 
 
 
413 aa  94.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2105  multifunctional tRNA nucleotidyl transferase/2'3'-cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase/phosphatase  33.77 
 
 
413 aa  95.1  6e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0272  multifunctional tRNA nucleotidyl transferase/2'3'-cyclic phosphodiesterase/2'nucleotidase/phosphatase  33.77 
 
 
413 aa  94.7  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.782804  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>