More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0684 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009253  Dred_1131  polynucleotide adenylyltransferase region  41.42 
 
 
907 aa  697    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00727527  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  100 
 
 
877 aa  1772    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1420  polyA polymerase family protein  39.13 
 
 
880 aa  633  1e-180  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0185526  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2087  Polynucleotide adenylyltransferase region  38.46 
 
 
877 aa  617  1e-175  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625204 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1654  CBS domain containing protein  38.19 
 
 
890 aa  605  9.999999999999999e-173  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.873652 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  36.63 
 
 
875 aa  602  1e-170  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1581  polyA polymerase family protein  36.75 
 
 
880 aa  595  1e-168  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.48144  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1578  PolyA polymerase family protein  35.61 
 
 
880 aa  593  1e-168  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.507141  normal  0.242793 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3428  Polynucleotide adenylyltransferase region  37.29 
 
 
873 aa  587  1e-166  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000799776  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  35.68 
 
 
875 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  35.41 
 
 
875 aa  581  1e-164  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  35.47 
 
 
888 aa  565  1.0000000000000001e-159  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3306  polynucleotide adenylyltransferase region  34.7 
 
 
881 aa  561  1e-158  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102582  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1346  cyclic nucleotide-binding protein  34.86 
 
 
902 aa  547  1e-154  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.761753 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1203  CBS domain-containing protein  34.67 
 
 
873 aa  547  1e-154  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.452152  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0215  CBS domain-containing protein  36.15 
 
 
863 aa  542  9.999999999999999e-153  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1297  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.79 
 
 
888 aa  537  1e-151  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.795106  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0213  CBS domain-containing protein  35.98 
 
 
863 aa  536  1e-151  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  33.9 
 
 
867 aa  538  1e-151  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1458  Polynucleotide adenylyltransferase region  35.23 
 
 
892 aa  530  1e-149  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.402567  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  35.22 
 
 
896 aa  524  1e-147  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0878  CBS domain containing protein  33.14 
 
 
880 aa  523  1e-147  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1972  CBS  34.42 
 
 
898 aa  521  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03578  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1302  CBS domain containing protein  35.77 
 
 
769 aa  498  1e-139  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  34.6 
 
 
903 aa  499  1e-139  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  35.21 
 
 
865 aa  492  1e-137  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  38.41 
 
 
845 aa  491  1e-137  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1433  polynucleotide adenylyltransferase region  32.69 
 
 
904 aa  488  1e-136  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.743333  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0891  polynucleotide adenylyltransferase region  37.59 
 
 
883 aa  483  1e-135  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  33.19 
 
 
904 aa  480  1e-134  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  33.59 
 
 
907 aa  480  1e-134  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1425  CBS domain-containing protein  34.4 
 
 
859 aa  478  1e-133  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2847  polynucleotide adenylyltransferase region  32.74 
 
 
874 aa  471  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1184  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.66 
 
 
905 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1695  CBS domain-containing protein  32.92 
 
 
885 aa  468  9.999999999999999e-131  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3742  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.7 
 
 
903 aa  460  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3792  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.33 
 
 
903 aa  460  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  32.4 
 
 
909 aa  453  1.0000000000000001e-126  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2466  polynucleotide adenylyltransferase region  32.29 
 
 
872 aa  447  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.779181  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  31.7 
 
 
909 aa  444  1e-123  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2030  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.48 
 
 
854 aa  332  1e-89  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.609547  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1481  Polynucleotide adenylyltransferase region  27.64 
 
 
847 aa  300  7e-80  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000006237  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0358  CBS domain containing protein  31.74 
 
 
1077 aa  284  4.0000000000000003e-75  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0457131 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0635  CBS domain-containing protein  34.98 
 
 
432 aa  274  6e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00186716  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1441  Polynucleotide adenylyltransferase region  27.83 
 
 
821 aa  254  6e-66  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000556215  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1564  polynucleotide adenylyltransferase region  33.67 
 
 
388 aa  201  5e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1450  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.67 
 
 
450 aa  197  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1774  polyA polymerase family protein  28.67 
 
 
450 aa  197  7e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.69358  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2615  polynucleotide adenylyltransferase region  32.5 
 
 
404 aa  190  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405883  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0388  polynucleotide adenylyltransferase region  30.6 
 
 
416 aa  188  3e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1363  polynucleotide adenylyltransferase region  38.49 
 
 
383 aa  186  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_352  polyA polymerase, tRNA nucleotidyltransferase  29.43 
 
 
418 aa  177  9.999999999999999e-43  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0409  polyA polymerase family protein  28.77 
 
 
418 aa  163  1e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0642  polynucleotide adenylyltransferase region  35.57 
 
 
374 aa  159  3e-37  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000899541  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1937  polynucleotide adenylyltransferase  27.38 
 
 
567 aa  158  4e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2260  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.24 
 
 
422 aa  154  5e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.029615  unclonable  0.0000000423985 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2535  tRNA adenylyltransferase (tRNA nucleotidyl transferase)  38.66 
 
 
479 aa  145  3e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1306  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.48 
 
 
489 aa  144  9e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0854  Polynucleotide adenylyltransferase region  39.3 
 
 
468 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520307 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0665  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.56 
 
 
484 aa  142  3.9999999999999997e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0990908 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1109  metal dependent phosphohydrolase  37.6 
 
 
470 aa  141  3.9999999999999997e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.875974  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0722  HDIG  34.3 
 
 
476 aa  135  3.9999999999999996e-30  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314731  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5957  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.68 
 
 
483 aa  134  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0992  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.25 
 
 
471 aa  133  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0872  hypothetical protein  36.32 
 
 
474 aa  131  7.000000000000001e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1151  polyA polymerase family protein  35 
 
 
475 aa  130  8.000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.71029 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2415  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.32 
 
 
471 aa  130  8.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0801  polyA polymerase family protein  38.26 
 
 
483 aa  128  4.0000000000000003e-28  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1525  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.88 
 
 
475 aa  128  6e-28  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1213  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.07 
 
 
479 aa  127  9e-28  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2058  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.52 
 
 
469 aa  125  3e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06110  tRNA nucleotidyltransferase  40 
 
 
477 aa  122  3e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0184  polyA polymerase  27.09 
 
 
403 aa  119  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.648939  normal  0.0507556 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4906  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  38.42 
 
 
495 aa  115  5e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0551  polynucleotide adenylyltransferase region  37.65 
 
 
377 aa  112  2.0000000000000002e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3525  Polynucleotide adenylyltransferase region  39.9 
 
 
448 aa  111  7.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224253  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0065  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.22 
 
 
467 aa  108  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000449224  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3120  polynucleotide adenylyltransferase region  29.62 
 
 
450 aa  107  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0497  metal dependent phosphohydrolase  25.32 
 
 
454 aa  107  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03821  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  27.21 
 
 
418 aa  105  3e-21  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.150415  normal  0.362341 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0635  Polynucleotide adenylyltransferase region  34.21 
 
 
427 aa  105  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1668  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  26.11 
 
 
418 aa  103  1e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0908  tRNA CCA-pyrophosphorylase  26.94 
 
 
398 aa  103  2e-20  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000445275 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2544  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.43 
 
 
561 aa  103  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  29.8 
 
 
399 aa  102  3e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  27.79 
 
 
499 aa  101  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0497  metal dependent phosphohydrolase  31.67 
 
 
492 aa  101  7e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03261  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  35.33 
 
 
415 aa  100  1e-19  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3833  polynucleotide adenylyltransferase region  25.12 
 
 
422 aa  99.8  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0212  polyA polymerase  24.87 
 
 
404 aa  99  3e-19  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.809405  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25491  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.46 
 
 
415 aa  99.4  3e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0264  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.7 
 
 
517 aa  98.2  6e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2295  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  26.83 
 
 
448 aa  98.2  6e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.730804  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.14 
 
 
484 aa  97.8  7e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23340  tRNA adenylyltransferase  30.04 
 
 
483 aa  97.8  8e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03361  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  26.1 
 
 
415 aa  97.4  9e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0600629  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0478  metal dependent phosphohydrolase  33.49 
 
 
490 aa  97.1  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.903999  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31221  predicted protein  30.54 
 
 
559 aa  97.4  1e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.443393 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2057  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  25.71 
 
 
465 aa  96.7  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.000000115369  normal  0.734292 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0305  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.13 
 
 
415 aa  95.9  3e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.535708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>