More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DET0409 on replicon NC_002936
Organism: Dehalococcoides ethenogenes 195



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0409  polyA polymerase family protein  100 
 
 
418 aa  850    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0388  polynucleotide adenylyltransferase region  73.8 
 
 
416 aa  621  1e-177  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_352  polyA polymerase, tRNA nucleotidyltransferase  73.21 
 
 
418 aa  618  1e-176  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2087  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.41 
 
 
877 aa  199  7e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625204 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1131  polynucleotide adenylyltransferase region  32.15 
 
 
907 aa  196  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00727527  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  30.3 
 
 
896 aa  193  5e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1297  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  31.53 
 
 
888 aa  187  3e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.795106  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  28.97 
 
 
875 aa  175  9.999999999999999e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1578  PolyA polymerase family protein  28.57 
 
 
880 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.507141  normal  0.242793 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1581  polyA polymerase family protein  30.1 
 
 
880 aa  171  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.48144  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  28.74 
 
 
875 aa  171  2e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  28.77 
 
 
877 aa  170  4e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1458  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.88 
 
 
892 aa  170  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.402567  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1972  CBS  29.82 
 
 
898 aa  169  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03578  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1346  cyclic nucleotide-binding protein  29.6 
 
 
902 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.761753 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0891  polynucleotide adenylyltransferase region  29.72 
 
 
883 aa  164  2.0000000000000002e-39  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  31.53 
 
 
867 aa  164  3e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  27.21 
 
 
875 aa  162  9e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0213  CBS domain-containing protein  31.55 
 
 
863 aa  162  1e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1654  CBS domain containing protein  27.84 
 
 
890 aa  162  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.873652 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  28.17 
 
 
888 aa  162  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0215  CBS domain-containing protein  31.55 
 
 
863 aa  160  3e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1420  polyA polymerase family protein  27.75 
 
 
880 aa  160  5e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0185526  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  30.91 
 
 
865 aa  159  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1564  polynucleotide adenylyltransferase region  29.22 
 
 
388 aa  158  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1425  CBS domain-containing protein  30.32 
 
 
859 aa  158  2e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3306  polynucleotide adenylyltransferase region  27 
 
 
881 aa  155  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102582  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1433  polynucleotide adenylyltransferase region  31.47 
 
 
904 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.743333  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2260  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.15 
 
 
422 aa  153  5.9999999999999996e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.029615  unclonable  0.0000000423985 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  27.83 
 
 
904 aa  153  7e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  39.09 
 
 
845 aa  153  7e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3742  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.05 
 
 
903 aa  150  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1774  polyA polymerase family protein  32.52 
 
 
450 aa  150  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.69358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3428  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.67 
 
 
873 aa  150  4e-35  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000799776  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1481  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.97 
 
 
847 aa  150  4e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000006237  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1450  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.52 
 
 
450 aa  150  4e-35  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  27.84 
 
 
907 aa  150  5e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2615  polynucleotide adenylyltransferase region  30.35 
 
 
404 aa  149  9e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405883  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  29.14 
 
 
909 aa  149  1.0000000000000001e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1184  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.34 
 
 
905 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3792  Polynucleotide adenylyltransferase region  29 
 
 
903 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1363  polynucleotide adenylyltransferase region  34.75 
 
 
383 aa  145  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0878  CBS domain containing protein  27.04 
 
 
880 aa  144  3e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1441  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.11 
 
 
821 aa  141  3e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000556215  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1695  CBS domain-containing protein  37.98 
 
 
885 aa  141  3e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  28.04 
 
 
903 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2847  polynucleotide adenylyltransferase region  30.63 
 
 
874 aa  138  2e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0184  polyA polymerase  30.46 
 
 
403 aa  134  3e-30  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.648939  normal  0.0507556 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03821  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  31.59 
 
 
418 aa  132  7.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.150415  normal  0.362341 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  29.57 
 
 
909 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1668  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  31.59 
 
 
418 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2466  polynucleotide adenylyltransferase region  34.96 
 
 
872 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.779181  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1937  polynucleotide adenylyltransferase  26.81 
 
 
567 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0854  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.03 
 
 
468 aa  130  3e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520307 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2030  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.68 
 
 
854 aa  129  1.0000000000000001e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.609547  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2058  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.77 
 
 
469 aa  128  2.0000000000000002e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0642  polynucleotide adenylyltransferase region  34.22 
 
 
374 aa  128  2.0000000000000002e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000899541  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0358  CBS domain containing protein  30.42 
 
 
1077 aa  127  5e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0457131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5957  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.3 
 
 
483 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4906  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.8 
 
 
495 aa  120  3.9999999999999996e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2535  tRNA adenylyltransferase (tRNA nucleotidyl transferase)  30.99 
 
 
479 aa  120  3.9999999999999996e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9036  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.86 
 
 
491 aa  120  6e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.192829  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25491  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  37.36 
 
 
415 aa  119  9.999999999999999e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0212  polyA polymerase  41.52 
 
 
404 aa  118  1.9999999999999998e-25  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.809405  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0722  HDIG  30.17 
 
 
476 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314731  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1306  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.2 
 
 
489 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06110  tRNA nucleotidyltransferase  32.6 
 
 
477 aa  116  6.9999999999999995e-25  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03361  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  35.57 
 
 
415 aa  114  3e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0600629  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31840  tRNA adenylyltransferase  35 
 
 
471 aa  114  3e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0305  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  35.14 
 
 
415 aa  113  6e-24  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.535708  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2415  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.04 
 
 
471 aa  112  8.000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.17 
 
 
499 aa  112  8.000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03261  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.59 
 
 
415 aa  112  1.0000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0060  tRNA adenylyltransferase  35.65 
 
 
475 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.451798 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4968  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.55 
 
 
490 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03271  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.05 
 
 
415 aa  110  3e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.163609  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1389  metal dependent phosphohydrolase  36.19 
 
 
442 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.23743  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1109  metal dependent phosphohydrolase  30.54 
 
 
470 aa  108  1e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.875974  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0872  hypothetical protein  31.46 
 
 
474 aa  108  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.56 
 
 
484 aa  108  2e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0665  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.51 
 
 
484 aa  108  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0990908 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2544  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.48 
 
 
561 aa  107  3e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3102  metal-dependent phosphohydrolase  33.06 
 
 
552 aa  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6436  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.89 
 
 
473 aa  106  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0801  polyA polymerase family protein  32.62 
 
 
483 aa  106  7e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0551  polynucleotide adenylyltransferase region  39.13 
 
 
377 aa  106  8e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3362  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.04 
 
 
500 aa  106  9e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0992  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.83 
 
 
471 aa  105  1e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1203  CBS domain-containing protein  23.64 
 
 
873 aa  105  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.452152  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3571  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.78 
 
 
483 aa  105  1e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.564653 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2542  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.22 
 
 
492 aa  104  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.277933 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1449  tRNA nucleotidyltransferase  33.91 
 
 
471 aa  104  3e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3525  Polynucleotide adenylyltransferase region  38.04 
 
 
448 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224253  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1213  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.61 
 
 
479 aa  103  5e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1151  polyA polymerase family protein  30.93 
 
 
475 aa  103  6e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.71029 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39600  tRNA adenylyltransferase  31.18 
 
 
523 aa  103  6e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2803  polynucleotide adenylyltransferase region  29.55 
 
 
510 aa  103  7e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4840  tRNA adenylyltransferase  31.6 
 
 
489 aa  103  8e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.305864  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0334  polyA polymerase family protein  33.19 
 
 
493 aa  102  1e-20  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000707313  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2295  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.98 
 
 
448 aa  102  1e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.730804  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>