More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_1184 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1578  PolyA polymerase family protein  40.81 
 
 
880 aa  641    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.507141  normal  0.242793 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1972  CBS  51.57 
 
 
898 aa  907    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03578  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  40.41 
 
 
875 aa  672    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  39.52 
 
 
875 aa  637    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1184  Polynucleotide adenylyltransferase region  100 
 
 
905 aa  1850    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1346  cyclic nucleotide-binding protein  50.51 
 
 
902 aa  867    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.761753 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  40.43 
 
 
896 aa  655    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  41.74 
 
 
888 aa  696    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1458  Polynucleotide adenylyltransferase region  46.08 
 
 
892 aa  812    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.402567  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3306  polynucleotide adenylyltransferase region  41.61 
 
 
881 aa  646    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102582  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1433  polynucleotide adenylyltransferase region  54.36 
 
 
904 aa  958    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.743333  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1581  polyA polymerase family protein  40.36 
 
 
880 aa  632  1e-179  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.48144  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  39.41 
 
 
875 aa  631  1e-179  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1297  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  38.32 
 
 
888 aa  609  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.795106  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0878  CBS domain containing protein  38.56 
 
 
880 aa  595  1e-168  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1131  polynucleotide adenylyltransferase region  36.36 
 
 
907 aa  559  1e-158  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00727527  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0358  CBS domain containing protein  51.49 
 
 
1077 aa  556  1e-157  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0457131 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1420  polyA polymerase family protein  34.85 
 
 
880 aa  525  1e-147  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0185526  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1654  CBS domain containing protein  32.52 
 
 
890 aa  495  9.999999999999999e-139  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.873652 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0213  CBS domain-containing protein  33.94 
 
 
863 aa  489  1e-136  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0215  CBS domain-containing protein  34.5 
 
 
863 aa  486  1e-136  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2087  Polynucleotide adenylyltransferase region  34.04 
 
 
877 aa  484  1e-135  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625204 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  32.66 
 
 
877 aa  477  1e-133  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1695  CBS domain-containing protein  32.06 
 
 
885 aa  454  1.0000000000000001e-126  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1203  CBS domain-containing protein  32.39 
 
 
873 aa  446  1.0000000000000001e-124  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.452152  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0891  polynucleotide adenylyltransferase region  33.03 
 
 
883 aa  441  9.999999999999999e-123  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  32.19 
 
 
867 aa  416  1e-114  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1425  CBS domain-containing protein  31.24 
 
 
859 aa  412  1e-113  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3428  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.9 
 
 
873 aa  401  9.999999999999999e-111  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000799776  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.96 
 
 
903 aa  402  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2847  polynucleotide adenylyltransferase region  32.79 
 
 
874 aa  387  1e-106  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2466  polynucleotide adenylyltransferase region  33.48 
 
 
872 aa  386  1e-106  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.779181  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  29.98 
 
 
865 aa  370  1e-101  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3792  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.64 
 
 
903 aa  367  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3742  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.23 
 
 
903 aa  367  1e-100  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  30.8 
 
 
904 aa  365  1e-99  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  31.28 
 
 
845 aa  364  5.0000000000000005e-99  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  30.81 
 
 
907 aa  362  2e-98  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1302  CBS domain containing protein  31.49 
 
 
769 aa  349  1e-94  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  29.37 
 
 
909 aa  345  2e-93  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  30.89 
 
 
909 aa  342  2e-92  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2030  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.83 
 
 
854 aa  286  1.0000000000000001e-75  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.609547  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1481  Polynucleotide adenylyltransferase region  25.31 
 
 
847 aa  280  1e-73  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000006237  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1441  Polynucleotide adenylyltransferase region  26.63 
 
 
821 aa  251  6e-65  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000556215  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1450  Polynucleotide adenylyltransferase region  34.8 
 
 
450 aa  211  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1774  polyA polymerase family protein  34.8 
 
 
450 aa  211  4e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.69358  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1564  polynucleotide adenylyltransferase region  31.35 
 
 
388 aa  184  9.000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1363  polynucleotide adenylyltransferase region  43.23 
 
 
383 aa  176  1.9999999999999998e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2615  polynucleotide adenylyltransferase region  32.39 
 
 
404 aa  168  2.9999999999999998e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405883  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0635  CBS domain-containing protein  26.35 
 
 
432 aa  163  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00186716  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0388  polynucleotide adenylyltransferase region  30.26 
 
 
416 aa  154  8e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_352  polyA polymerase, tRNA nucleotidyltransferase  28.44 
 
 
418 aa  149  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0409  polyA polymerase family protein  29.34 
 
 
418 aa  147  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2260  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.23 
 
 
422 aa  145  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.029615  unclonable  0.0000000423985 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0642  polynucleotide adenylyltransferase region  37.39 
 
 
374 aa  138  5e-31  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000899541  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2535  tRNA adenylyltransferase (tRNA nucleotidyl transferase)  39.62 
 
 
479 aa  138  5e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5957  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.72 
 
 
483 aa  130  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0854  Polynucleotide adenylyltransferase region  36.32 
 
 
468 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520307 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2415  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.73 
 
 
471 aa  124  9.999999999999999e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1109  metal dependent phosphohydrolase  34.57 
 
 
470 aa  123  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.875974  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1937  polynucleotide adenylyltransferase  24.64 
 
 
567 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4906  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.73 
 
 
495 aa  120  9.999999999999999e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0665  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  40.12 
 
 
484 aa  120  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0990908 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0872  hypothetical protein  33.6 
 
 
474 aa  119  3e-25  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0801  polyA polymerase family protein  35.66 
 
 
483 aa  118  6e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0184  polyA polymerase  27.73 
 
 
403 aa  117  6.9999999999999995e-25  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.648939  normal  0.0507556 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03821  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  37.91 
 
 
418 aa  117  1.0000000000000001e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.150415  normal  0.362341 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06110  tRNA nucleotidyltransferase  30.8 
 
 
477 aa  116  2.0000000000000002e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1668  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  37.91 
 
 
418 aa  116  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2058  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.73 
 
 
469 aa  114  1.0000000000000001e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1306  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.13 
 
 
489 aa  114  1.0000000000000001e-23  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1525  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.68 
 
 
475 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03261  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.65 
 
 
415 aa  111  5e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03271  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.65 
 
 
415 aa  111  5e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.163609  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1213  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.06 
 
 
479 aa  110  9.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0305  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.17 
 
 
415 aa  110  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.535708  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0992  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.93 
 
 
471 aa  109  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0065  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.33 
 
 
467 aa  108  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000449224  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1151  polyA polymerase family protein  30.92 
 
 
475 aa  106  2e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.71029 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03361  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  32.5 
 
 
415 aa  106  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0600629  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2544  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.62 
 
 
561 aa  105  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0722  HDIG  29.48 
 
 
476 aa  104  9e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314731  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03291  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  32.71 
 
 
421 aa  100  9e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.418266  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3525  Polynucleotide adenylyltransferase region  38.97 
 
 
448 aa  96.7  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224253  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0212  polyA polymerase  39.88 
 
 
404 aa  94.4  8e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.809405  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0551  polynucleotide adenylyltransferase region  36.08 
 
 
377 aa  94.7  8e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25491  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.72 
 
 
415 aa  91.7  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  23.96 
 
 
399 aa  91.3  7e-17  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0314  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.28 
 
 
498 aa  91.3  7e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000179563  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2184  polyA polymerase family protein  32.31 
 
 
430 aa  90.1  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.459849  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1271  tRNA cytidylyltransferase  30.8 
 
 
413 aa  89  4e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0472694  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3120  polynucleotide adenylyltransferase region  31.78 
 
 
450 aa  88.6  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0767  tRNA CCA-pyrophosphorylase  28.14 
 
 
403 aa  87.8  8e-16  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.746315  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0264  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.88 
 
 
517 aa  87  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1449  tRNA nucleotidyltransferase  31.38 
 
 
471 aa  87  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1592  tRNA CCA-pyrophosphorylase  25 
 
 
397 aa  86.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.441077  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4118  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.36 
 
 
458 aa  86.7  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00476179 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0497  metal dependent phosphohydrolase  26.19 
 
 
454 aa  85.5  0.000000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0973  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  24.12 
 
 
474 aa  85.1  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23340  tRNA adenylyltransferase  33.33 
 
 
483 aa  85.1  0.000000000000006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>