More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1346 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1581  polyA polymerase family protein  46.42 
 
 
880 aa  752    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.48144  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1131  polynucleotide adenylyltransferase region  40.32 
 
 
907 aa  658    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00727527  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1458  Polynucleotide adenylyltransferase region  55.49 
 
 
892 aa  1021    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.402567  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  45.08 
 
 
896 aa  754    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1184  Polynucleotide adenylyltransferase region  50.51 
 
 
905 aa  852    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1297  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  43.69 
 
 
888 aa  728    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.795106  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1578  PolyA polymerase family protein  45.13 
 
 
880 aa  757    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.507141  normal  0.242793 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1972  CBS  56.9 
 
 
898 aa  1046    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03578  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  42.79 
 
 
875 aa  728    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0878  CBS domain containing protein  41.81 
 
 
880 aa  661    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  42.56 
 
 
875 aa  728    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  43.09 
 
 
875 aa  766    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0358  CBS domain containing protein  59.58 
 
 
1077 aa  692    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0457131 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  45.85 
 
 
888 aa  801    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3306  polynucleotide adenylyltransferase region  43.35 
 
 
881 aa  697    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102582  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1433  polynucleotide adenylyltransferase region  59.12 
 
 
904 aa  1075    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.743333  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1346  cyclic nucleotide-binding protein  100 
 
 
902 aa  1850    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.761753 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1420  polyA polymerase family protein  36.7 
 
 
880 aa  587  1e-166  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0185526  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2087  Polynucleotide adenylyltransferase region  35.68 
 
 
877 aa  535  1e-150  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625204 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  34.9 
 
 
877 aa  535  1e-150  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1654  CBS domain containing protein  34.94 
 
 
890 aa  535  1e-150  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.873652 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0213  CBS domain-containing protein  34.29 
 
 
863 aa  507  9.999999999999999e-143  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0215  CBS domain-containing protein  34.41 
 
 
863 aa  501  1e-140  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  34.69 
 
 
867 aa  496  1e-139  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1203  CBS domain-containing protein  35.37 
 
 
873 aa  496  1e-139  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.452152  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0891  polynucleotide adenylyltransferase region  32.09 
 
 
883 aa  483  1e-135  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3428  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.03 
 
 
873 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000799776  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1425  CBS domain-containing protein  31.16 
 
 
859 aa  443  1e-123  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1695  CBS domain-containing protein  30.57 
 
 
885 aa  415  1e-114  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1302  CBS domain containing protein  33.68 
 
 
769 aa  414  1e-114  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  32.27 
 
 
845 aa  412  1e-113  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.45 
 
 
903 aa  405  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  29.88 
 
 
865 aa  391  1e-107  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3742  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.52 
 
 
903 aa  383  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  31.08 
 
 
904 aa  385  1e-105  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3792  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.23 
 
 
903 aa  375  1e-102  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2847  polynucleotide adenylyltransferase region  32.32 
 
 
874 aa  372  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  30.34 
 
 
907 aa  369  1e-100  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  30.46 
 
 
909 aa  369  1e-100  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  30.71 
 
 
909 aa  365  2e-99  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2466  polynucleotide adenylyltransferase region  35.14 
 
 
872 aa  364  3e-99  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.779181  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1481  Polynucleotide adenylyltransferase region  27.91 
 
 
847 aa  315  2.9999999999999996e-84  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000006237  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2030  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.47 
 
 
854 aa  313  6.999999999999999e-84  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.609547  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1441  Polynucleotide adenylyltransferase region  27.19 
 
 
821 aa  286  2.0000000000000002e-75  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000556215  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0635  CBS domain-containing protein  32.62 
 
 
432 aa  234  5e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00186716  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1564  polynucleotide adenylyltransferase region  33.42 
 
 
388 aa  194  4e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1774  polyA polymerase family protein  32.63 
 
 
450 aa  193  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.69358  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1450  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.63 
 
 
450 aa  193  1e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1363  polynucleotide adenylyltransferase region  39.02 
 
 
383 aa  189  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0388  polynucleotide adenylyltransferase region  30.23 
 
 
416 aa  188  4e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2615  polynucleotide adenylyltransferase region  33.16 
 
 
404 aa  181  5.999999999999999e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405883  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_352  polyA polymerase, tRNA nucleotidyltransferase  29.47 
 
 
418 aa  174  5e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0409  polyA polymerase family protein  29.6 
 
 
418 aa  167  1.0000000000000001e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0642  polynucleotide adenylyltransferase region  37.55 
 
 
374 aa  149  2.0000000000000003e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000899541  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2260  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.58 
 
 
422 aa  141  4.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.029615  unclonable  0.0000000423985 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1937  polynucleotide adenylyltransferase  34.48 
 
 
567 aa  140  7.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2535  tRNA adenylyltransferase (tRNA nucleotidyl transferase)  36.69 
 
 
479 aa  139  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5957  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.8 
 
 
483 aa  132  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0184  polyA polymerase  33.64 
 
 
403 aa  130  8.000000000000001e-29  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.648939  normal  0.0507556 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2058  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.02 
 
 
469 aa  129  3e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1306  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.68 
 
 
489 aa  127  7e-28  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0854  Polynucleotide adenylyltransferase region  36.73 
 
 
468 aa  126  2e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520307 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1525  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.94 
 
 
475 aa  125  3e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4906  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34 
 
 
495 aa  125  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0801  polyA polymerase family protein  37.04 
 
 
483 aa  125  4e-27  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03821  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  27.59 
 
 
418 aa  124  9e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.150415  normal  0.362341 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1668  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  27.34 
 
 
418 aa  123  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1109  metal dependent phosphohydrolase  34.15 
 
 
470 aa  123  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.875974  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2415  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.73 
 
 
471 aa  122  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0872  hypothetical protein  33.76 
 
 
474 aa  120  9.999999999999999e-26  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0665  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.5 
 
 
484 aa  120  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0990908 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2544  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35 
 
 
561 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06110  tRNA nucleotidyltransferase  33.92 
 
 
477 aa  117  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3525  Polynucleotide adenylyltransferase region  39.91 
 
 
448 aa  112  2.0000000000000002e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224253  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1151  polyA polymerase family protein  32.48 
 
 
475 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.71029 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0992  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.03 
 
 
471 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03261  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.92 
 
 
415 aa  110  9.000000000000001e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1213  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.35 
 
 
479 aa  110  1e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0722  HDIG  31.67 
 
 
476 aa  109  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314731  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0551  polynucleotide adenylyltransferase region  36.47 
 
 
377 aa  109  2e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0305  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.33 
 
 
415 aa  108  5e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.535708  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0212  polyA polymerase  28.11 
 
 
404 aa  107  1e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.809405  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03271  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  32.75 
 
 
415 aa  107  1e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.163609  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0065  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.98 
 
 
467 aa  106  2e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000449224  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03291  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.31 
 
 
421 aa  106  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.418266  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25491  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  38.22 
 
 
415 aa  103  1e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03361  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  32.35 
 
 
415 aa  102  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0600629  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  27.94 
 
 
399 aa  103  2e-20  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_36397  predicted protein  30.08 
 
 
759 aa  98.2  6e-19  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1449  tRNA nucleotidyltransferase  34.02 
 
 
471 aa  96.3  2e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.44 
 
 
484 aa  93.6  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0264  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.65 
 
 
517 aa  92  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14390  poly(A) polymerase/tRNA nucleotidyl transferase  32 
 
 
478 aa  91.7  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000101542  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3120  polynucleotide adenylyltransferase region  31.71 
 
 
450 aa  91.3  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2184  polyA polymerase family protein  31.86 
 
 
430 aa  91.3  8e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.459849  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0334  polyA polymerase family protein  26.99 
 
 
493 aa  90.5  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.0000707313  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0060  tRNA adenylyltransferase  33.47 
 
 
475 aa  90.5  1e-16  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.451798 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1047  polynucleotide adenylyltransferase region  29.59 
 
 
365 aa  90.5  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0195166  normal  0.488797 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4531  metal dependent phosphohydrolase  35.24 
 
 
502 aa  89.4  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0314  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  29.74 
 
 
498 aa  88.2  6e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000179563  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>