More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1297 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_2755  CBS domain-containing protein  42.76 
 
 
896 aa  729    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.1635  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1581  polyA polymerase family protein  51.95 
 
 
880 aa  883    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.48144  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1929  CBS domain containing protein  49.26 
 
 
875 aa  861    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1346  cyclic nucleotide-binding protein  43.69 
 
 
902 aa  714    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.761753 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1297  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  100 
 
 
888 aa  1816    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.795106  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1578  PolyA polymerase family protein  51.31 
 
 
880 aa  895    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.507141  normal  0.242793 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1972  CBS  40.93 
 
 
898 aa  684    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.03578  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0878  CBS domain containing protein  47.56 
 
 
880 aa  778    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1458  Polynucleotide adenylyltransferase region  42.3 
 
 
892 aa  709    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.402567  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2294  CBS domain containing protein  49.37 
 
 
875 aa  856    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0679  polynucleotide adenylyltransferase region  47.58 
 
 
888 aa  832    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.197003  normal  0.0338911 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2246  CBS domain-containing protein  52.73 
 
 
875 aa  939    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1433  polynucleotide adenylyltransferase region  43.56 
 
 
904 aa  715    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.743333  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3306  polynucleotide adenylyltransferase region  48.39 
 
 
881 aa  814    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0102582  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1131  polynucleotide adenylyltransferase region  38.51 
 
 
907 aa  607  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00727527  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1184  Polynucleotide adenylyltransferase region  38.32 
 
 
905 aa  585  1.0000000000000001e-165  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1420  polyA polymerase family protein  36.96 
 
 
880 aa  573  1.0000000000000001e-162  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0185526  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1654  CBS domain containing protein  34.29 
 
 
890 aa  537  1e-151  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.873652 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2087  Polynucleotide adenylyltransferase region  36.48 
 
 
877 aa  531  1e-149  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.625204 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0684  polynucleotide adenylyltransferase region  33.79 
 
 
877 aa  521  1e-146  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0891  polynucleotide adenylyltransferase region  33.74 
 
 
883 aa  519  1.0000000000000001e-145  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0213  CBS domain-containing protein  35.31 
 
 
863 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0215  CBS domain-containing protein  34.94 
 
 
863 aa  494  9.999999999999999e-139  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1425  CBS domain-containing protein  33.37 
 
 
859 aa  484  1e-135  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1203  CBS domain-containing protein  34.76 
 
 
873 aa  474  1e-132  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.452152  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3428  Polynucleotide adenylyltransferase region  33.7 
 
 
873 aa  453  1.0000000000000001e-126  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000799776  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1695  CBS domain-containing protein  31.85 
 
 
885 aa  454  1.0000000000000001e-126  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0750  CBS domain containing protein  34.01 
 
 
867 aa  447  1.0000000000000001e-124  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.596795  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1497  CBS domain containing protein  31.29 
 
 
845 aa  434  1e-120  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2847  polynucleotide adenylyltransferase region  35.16 
 
 
874 aa  435  1e-120  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07150  CBS domain containing protein  32.85 
 
 
865 aa  426  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0367477  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2466  polynucleotide adenylyltransferase region  34.71 
 
 
872 aa  417  9.999999999999999e-116  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.779181  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0358  CBS domain containing protein  40.67 
 
 
1077 aa  414  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0457131 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1708  phosphoesterase, RecJ-like  30.77 
 
 
904 aa  405  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.833662  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1302  CBS domain containing protein  34.52 
 
 
769 aa  399  9.999999999999999e-111  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4294  polynucleotide adenylyltransferase region  31.05 
 
 
907 aa  401  9.999999999999999e-111  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  decreased coverage  0.00498072  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3792  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.67 
 
 
903 aa  384  1e-105  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3742  Polynucleotide adenylyltransferase region  30.23 
 
 
903 aa  377  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2388  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.13 
 
 
903 aa  375  1e-102  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.991166 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0976  CBS  30.84 
 
 
909 aa  375  1e-102  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.000281258  normal  0.107884 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1421  polynucleotide adenylyltransferase region  29.54 
 
 
909 aa  367  1e-100  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1481  Polynucleotide adenylyltransferase region  25.76 
 
 
847 aa  295  3e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000006237  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2030  Polynucleotide adenylyltransferase region  31.51 
 
 
854 aa  291  5.0000000000000004e-77  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.609547  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1441  Polynucleotide adenylyltransferase region  26.77 
 
 
821 aa  273  1e-71  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000556215  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0635  CBS domain-containing protein  29.53 
 
 
432 aa  201  6e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00186716  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1450  Polynucleotide adenylyltransferase region  32.64 
 
 
450 aa  200  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1774  polyA polymerase family protein  32.64 
 
 
450 aa  200  1.0000000000000001e-49  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.69358  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2615  polynucleotide adenylyltransferase region  34.8 
 
 
404 aa  194  4e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0405883  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1564  polynucleotide adenylyltransferase region  31.92 
 
 
388 aa  189  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0409  polyA polymerase family protein  31.29 
 
 
418 aa  187  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0388  polynucleotide adenylyltransferase region  29.07 
 
 
416 aa  186  1.0000000000000001e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_352  polyA polymerase, tRNA nucleotidyltransferase  29.66 
 
 
418 aa  181  4.999999999999999e-44  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1363  polynucleotide adenylyltransferase region  45.19 
 
 
383 aa  179  2e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0642  polynucleotide adenylyltransferase region  36.8 
 
 
374 aa  152  3e-35  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000899541  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2260  Polynucleotide adenylyltransferase region  29.75 
 
 
422 aa  144  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.029615  unclonable  0.0000000423985 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0854  Polynucleotide adenylyltransferase region  36.64 
 
 
468 aa  143  9.999999999999999e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00520307 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1937  polynucleotide adenylyltransferase  26.43 
 
 
567 aa  143  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.916376 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2415  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  38.46 
 
 
471 aa  139  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4906  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.89 
 
 
495 aa  136  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0665  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  38.02 
 
 
484 aa  136  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0990908 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06110  tRNA nucleotidyltransferase  31.37 
 
 
477 aa  135  3.9999999999999996e-30  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2058  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  37.34 
 
 
469 aa  134  7.999999999999999e-30  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0872  hypothetical protein  39.06 
 
 
474 aa  133  2.0000000000000002e-29  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2535  tRNA adenylyltransferase (tRNA nucleotidyl transferase)  35.46 
 
 
479 aa  133  2.0000000000000002e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5957  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.74 
 
 
483 aa  129  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122928  normal  0.0117202 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1306  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  33.2 
 
 
489 aa  122  1.9999999999999998e-26  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0801  polyA polymerase family protein  34.18 
 
 
483 aa  122  3e-26  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1109  metal dependent phosphohydrolase  32.92 
 
 
470 aa  117  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.875974  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3525  Polynucleotide adenylyltransferase region  42.71 
 
 
448 aa  115  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.224253  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1525  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.51 
 
 
475 aa  114  8.000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0184  polyA polymerase  38.46 
 
 
403 aa  114  1.0000000000000001e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.648939  normal  0.0507556 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03261  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  35 
 
 
415 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03821  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.07 
 
 
418 aa  112  2.0000000000000002e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.150415  normal  0.362341 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1668  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  34.07 
 
 
418 aa  112  3e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1213  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.92 
 
 
479 aa  109  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1151  polyA polymerase family protein  33.05 
 
 
475 aa  108  5e-22  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.71029 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0722  HDIG  32.78 
 
 
476 aa  108  5e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.314731  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0305  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.33 
 
 
415 aa  108  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.535708  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_03361  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.33 
 
 
415 aa  106  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0600629  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03271  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  32.22 
 
 
415 aa  106  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.163609  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0212  polyA polymerase  37.57 
 
 
404 aa  104  7e-21  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.809405  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0551  polynucleotide adenylyltransferase region  38.71 
 
 
377 aa  102  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0992  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  31.95 
 
 
471 aa  102  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25491  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  33.49 
 
 
415 aa  102  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2857  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  27.95 
 
 
484 aa  101  6e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.858546  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0372  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  36.2 
 
 
450 aa  95.9  3e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1012  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  26.81 
 
 
399 aa  95.9  3e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.200696  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6436  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  32.64 
 
 
473 aa  95.5  4e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2544  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.03 
 
 
561 aa  95.1  5e-18  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0314  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  28.17 
 
 
498 aa  92.8  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000179563  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2120  tRNA CCA-pyrophosphorylase  27.79 
 
 
404 aa  91.7  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03291  tRNA nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  31.55 
 
 
421 aa  91.7  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.418266  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1368  polyA polymerase family protein  28.33 
 
 
383 aa  91.3  7e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0608  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  35.32 
 
 
584 aa  91.3  7e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0026  polyA polymerase family protein  33.49 
 
 
424 aa  90.5  1e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1033  polyA polymerase family protein  29.46 
 
 
448 aa  90.1  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0733439  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4849  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  30.96 
 
 
499 aa  90.1  2e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1997  polynucleotide adenylyltransferase region  28.69 
 
 
376 aa  89.4  2e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0973  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  29.46 
 
 
474 aa  89  3e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4118  polynucleotide adenylyltransferase/metal dependent phosphohydrolase  34.71 
 
 
458 aa  88.6  4e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00476179 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>