44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2590 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2590  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  100 
 
 		 273 aa  511  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0224  general secretion pathway protein C  36.1 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2028  general secretion pathway protein C  28.78 
 
 		 282 aa  68.9  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4735  general secretion pathway protein C  25.9 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000515077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0143  general secretion pathway protein C  26.71 
 
 		 305 aa  65.9  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4359  general secretion pathway protein C  26.3 
 
 		 303 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0126021  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4592  general secretion pathway protein C  24.48 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0150  general secretion pathway protein C  25.2 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00215157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0168  general secretion pathway protein C  26.32 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0176873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0150  general secretion pathway protein C  25.4 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.752354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0155  general secretion pathway protein C  24.8 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0113591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0148  general secretion pathway protein C  22.92 
 
 		 309 aa  57.4  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0152  general secretion pathway protein C  22.92 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30752  normal  0.16929 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0152  general secretion pathway protein C  22.92 
 
 		 309 aa  57.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.641233  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0096  general secretion pathway protein C  26.14 
 
 		 277 aa  57.4  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.140441  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0165  general secretion pathway protein C  25.1 
 
 		 308 aa  58.2  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3620  general secretion pathway protein C  24.58 
 
 		 305 aa  57  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00688552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3248  putative type II secretion protein GspC  29.52 
 
 		 319 aa  56.2  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4207  general secretion pathway protein C  22.57 
 
 		 309 aa  55.8  0.0000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000718713  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0726  general secretion pathway protein C  27.27 
 
 		 284 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0104  general secretion pathway protein C  23.43 
 
 		 304 aa  55.5  0.000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02789  hypothetical protein  28.95 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000559492  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02839  predicted secretion pathway protein, C-type protein  28.95 
 
 		 276 aa  54.3  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000549793  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3428  putative type II secretion protein GspC  29.17 
 
 		 319 aa  53.5  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3139  putative type II secretion protein GspC  28.17 
 
 		 319 aa  53.1  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03955  general secretion pathway protein C  25.21 
 
 		 307 aa  53.1  0.000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2402  general secretion pathway protein C  28.27 
 
 		 328 aa  51.2  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.237406  hitchhiker  0.00100026 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0140  general secretion pathway protein C  30.46 
 
 		 285 aa  49.7  0.00006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0230  general secretion pathway protein C  26.22 
 
 		 284 aa  48.9  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2029  secretion protein XcpP  37.5 
 
 		 218 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23980  secretion protein XcpP  39.74 
 
 		 235 aa  47  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2926  hypothetical protein  32.3 
 
 		 213 aa  46.6  0.0004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.657336  normal  0.332797 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3581  general secretion pathway protein C  25.29 
 
 		 323 aa  46.6  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.703805  normal  0.317854 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0073  2-alkenal reductase  36.49 
 
 		 459 aa  46.2  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.179695  normal  0.0754695 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2925  general secretion pathway protein C  24.8 
 
 		 303 aa  45.8  0.0007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0314  type II secretion system protein C  30.4 
 
 		 288 aa  45.8  0.0007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00600  zinc metallopeptidase  27.7 
 
 		 307 aa  45.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0926  hypothetical protein  33.33 
 
 		 169 aa  44.3  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1348  hypothetical protein  31.9 
 
 		 218 aa  44.3  0.002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.671423  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0956  hypothetical protein  33.33 
 
 		 169 aa  44.3  0.002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2913  2-alkenal reductase  40 
 
 		 393 aa  43.9  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0108818  normal  0.221837 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001893  general secretion pathway protein C  27.11 
 
 		 307 aa  43.9  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004514  outer membrane stress sensor protease DegQ  34.83 
 
 		 455 aa  43.9  0.003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00186375  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03178  protease DO  33.33 
 
 		 446 aa  42.4  0.007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0459704  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>