More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3000 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_3000  NDP-sugar dehydratase or epimerase  100 
 
 
330 aa  687    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.82127  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.25 
 
 
329 aa  89.7  6e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1641  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.91 
 
 
318 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.22 
 
 
327 aa  80.9  0.00000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0221  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.39 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4436  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.92 
 
 
324 aa  80.1  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.37 
 
 
321 aa  79  0.0000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.74 
 
 
332 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0232  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.7 
 
 
324 aa  77.8  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0243  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.39 
 
 
324 aa  77.4  0.0000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0152558  n/a   
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_55575  nad-dependent epimerase/dehydratase  25.37 
 
 
593 aa  76.6  0.0000000000005  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5065  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.23 
 
 
330 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.42 
 
 
310 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1204  NAD dependent epimerase/dehydratase family  25.5 
 
 
334 aa  75.1  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.573318  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2426  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.99 
 
 
332 aa  75.1  0.000000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.341726  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1966  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.7 
 
 
333 aa  75.5  0.000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0803132  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1634  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
341 aa  75.1  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0237866  hitchhiker  0.0000000224121 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0479  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  24.13 
 
 
341 aa  74.7  0.000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2834  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.1 
 
 
318 aa  74.7  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.22 
 
 
332 aa  74.3  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00157026  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0468  glutamyl-tRNA synthetase (glutamate--tRNA ligase; GluRS)  26.18 
 
 
352 aa  74.3  0.000000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.208737  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.06 
 
 
310 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1617  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.15 
 
 
325 aa  73.6  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.850459  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1226  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  26.27 
 
 
352 aa  73.9  0.000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.216313  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2499  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.33 
 
 
337 aa  73.6  0.000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.84 
 
 
310 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2324  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.7 
 
 
335 aa  72.8  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0609  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  22.29 
 
 
337 aa  72  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  25.56 
 
 
308 aa  72  0.00000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4071  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.32 
 
 
336 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0418526  normal  0.125381 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0760  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.29 
 
 
337 aa  72  0.00000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0795  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  24.36 
 
 
344 aa  71.2  0.00000000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0690  NAD dependent epimerase/dehydratase family  24.36 
 
 
345 aa  71.6  0.00000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.595947  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02926  nucleotide sugar epimerase  23.21 
 
 
321 aa  71.6  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29920  NAD-dependent epimerase protein  23.08 
 
 
367 aa  71.6  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0374178  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0861  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.75 
 
 
336 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0897  hypothetical protein  24.21 
 
 
337 aa  71.2  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0859871  hitchhiker  0.00490701 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3207  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.33 
 
 
315 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  23.15 
 
 
343 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.08 
 
 
342 aa  70.5  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1222  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.21 
 
 
306 aa  70.5  0.00000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1398  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.23 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0799  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.48 
 
 
328 aa  70.1  0.00000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3079  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.64 
 
 
336 aa  70.1  0.00000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2514  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.84 
 
 
316 aa  70.1  0.00000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.577574  normal  0.786667 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.46 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4099  hypothetical protein  23.02 
 
 
334 aa  69.7  0.00000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.104495 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.69 
 
 
340 aa  69.7  0.00000000006  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.250219 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12841  putative nucleotide sugar epimerase  24.92 
 
 
345 aa  69.7  0.00000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.363741  normal  0.0780964 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0592  capsular polysaccharide biosynthesis protein  22.99 
 
 
334 aa  69.7  0.00000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  25.99 
 
 
298 aa  69.7  0.00000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1984  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.68 
 
 
317 aa  69.3  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.764783 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1471  nucleotide sugar epimerase  22.9 
 
 
323 aa  69.3  0.00000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4589  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.87 
 
 
334 aa  69.3  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.61 
 
 
328 aa  69.3  0.00000000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.77 
 
 
327 aa  69.3  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.3 
 
 
326 aa  68.6  0.0000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.579724  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.82 
 
 
343 aa  68.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.15 
 
 
309 aa  68.9  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2179  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.6 
 
 
336 aa  68.9  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2449  capsular polysaccharide biosynthesis protein I  23 
 
 
336 aa  68.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0862725  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0279  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.03 
 
 
285 aa  68.2  0.0000000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.05 
 
 
313 aa  67.8  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1211  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.7 
 
 
337 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.9 
 
 
340 aa  67.4  0.0000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0610  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.23 
 
 
325 aa  67.4  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1433  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.13 
 
 
327 aa  67.4  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.547312 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.08 
 
 
336 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3805  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.79 
 
 
336 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.758145 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05410  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.74 
 
 
373 aa  67  0.0000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.411668  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.56 
 
 
310 aa  67  0.0000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.59 
 
 
314 aa  66.6  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2707  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.81 
 
 
336 aa  66.2  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000399652  decreased coverage  0.0000579035 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_34716  nad-dependent epimerase/dehydratase  23.17 
 
 
397 aa  66.2  0.0000000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.78 
 
 
322 aa  66.6  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0228  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.63 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.194906  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.29 
 
 
330 aa  66.6  0.0000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2699  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  24.1 
 
 
336 aa  66.2  0.0000000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06090  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  20.97 
 
 
330 aa  66.2  0.0000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.262708  normal  0.550779 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3406  NAD-dependent epimerase/dehydratase  20.93 
 
 
346 aa  66.2  0.0000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0492299  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1467  nucleoside-diphosphate-sugar epimerases  24.6 
 
 
336 aa  66.2  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  25.46 
 
 
353 aa  66.2  0.0000000008  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.25 
 
 
310 aa  65.9  0.0000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  21.57 
 
 
332 aa  65.1  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2598  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.11 
 
 
358 aa  65.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010181  BcerKBAB4_5425  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.02 
 
 
317 aa  65.5  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.29 
 
 
342 aa  65.5  0.000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0956  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  22.77 
 
 
344 aa  65.5  0.000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.417373  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.53 
 
 
327 aa  65.1  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.506298  normal  0.263369 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2235  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  23.68 
 
 
334 aa  65.9  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.869767  normal  0.644401 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0656  NAD-dependent epimerase/dehydratase  24.5 
 
 
335 aa  65.1  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.26 
 
 
313 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2616  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.65 
 
 
319 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1687  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.67 
 
 
335 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.251302  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4095  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.83 
 
 
334 aa  64.7  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.59701  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3260  NAD-dependent epimerase/dehydratase  22.83 
 
 
337 aa  64.7  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13971  putative nucleotide sugar epimerase  23.27 
 
 
342 aa  64.7  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  23.55 
 
 
314 aa  64.3  0.000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3926  NAD-dependent epimerase/dehydratase  21.83 
 
 
334 aa  64.3  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>