More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2483 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_2483  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
287 aa  588  1e-167  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2369  LysR family transcriptional regulator  74.56 
 
 
286 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0475001 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48500  putative transcriptional regulator  76.7 
 
 
295 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000351287  normal  0.143961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4622  LysR family transcriptional regulator  74.2 
 
 
284 aa  428  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.40881  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2562  transcriptional regulator, LysR family  70.53 
 
 
294 aa  417  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1341  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 
299 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3250  transcriptional regulator, LysR family  36.64 
 
 
314 aa  154  2e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.228941  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
306 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
306 aa  151  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0348  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 
311 aa  149  6e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.425258 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 
294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  35.92 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.36 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 
294 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 
302 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.71 
 
 
294 aa  145  5e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54130  transcriptional regulator  36.4 
 
 
309 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3254  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.33 
 
 
304 aa  145  9e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.655611  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4735  transcriptional regulator  37.46 
 
 
305 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
310 aa  142  8e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 
294 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.26 
 
 
303 aa  142  8e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
341 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.02 
 
 
294 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.77 
 
 
307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002638  putative transcriptional regulator LysR family  32.08 
 
 
316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0120713  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 
303 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 
303 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 
303 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 
305 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 
303 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 
303 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02659  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.96 
 
 
305 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 
305 aa  138  1e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4072  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000156513  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2952  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  138  1e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.32585e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02620  hypothetical protein  31.96 
 
 
305 aa  138  1e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3114  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  138  1e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000698481  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
317 aa  138  1e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  138  1e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  137  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2949  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  138  1e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000549414  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  138  1e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0698  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
305 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.587126  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  31.4 
 
 
289 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5360  transcriptional regulator, LysR family  36.4 
 
 
297 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.889507  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3207  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00274599  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3127  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000208594  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
318 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3192  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00535836  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.22 
 
 
303 aa  136  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3144  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0000119726  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3307  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
305 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00899018  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 
295 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.27 
 
 
306 aa  135  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1258  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 
315 aa  135  9e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 
303 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
293 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.87 
 
 
303 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0785  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
311 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
293 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
327 aa  134  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
321 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.96 
 
 
293 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.54 
 
 
303 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.18 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.65 
 
 
320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01183  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.49 
 
 
306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 
303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0083  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.83 
 
 
309 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.363159  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
318 aa  134  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2994  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.95 
 
 
308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4215  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.42 
 
 
322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 
302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3178  DNA-binding transcriptional activator GcvA  30.95 
 
 
308 aa  132  5e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.604913  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3221  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 
305 aa  132  6e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000086091  normal  0.146962 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0999  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 
305 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272283  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1052  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 
305 aa  132  6e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3805  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.29 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000401969  unclonable  0.0000000245083 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.97 
 
 
307 aa  132  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0731  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
305 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.742738  normal  0.12881 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.19 
 
 
293 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 
311 aa  132  9e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.63 
 
 
307 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3327  transcriptional regulator, LysR family  36.22 
 
 
303 aa  131  1.0000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0529  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
347 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.438898  normal  0.151097 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0623  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.75 
 
 
321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0461  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.75 
 
 
321 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.796194  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>