137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_1182 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_1182  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 163 aa  333  7e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2959  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 		 160 aa  248  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.248983  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3032  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.84 
 
 		 159 aa  246  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0731072  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  74.84 
 
 		 159 aa  245  2e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.2054  normal  0.111981 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1462  cold-shock DNA-binding domain protein  67.3 
 
 		 160 aa  224  4e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1097  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.88 
 
 		 161 aa  216  7e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2868  cold-shock DNA-binding domain protein  64.78 
 
 		 160 aa  214  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.501766  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 66 aa  48.9  0.00003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5582  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.92 
 
 		 193 aa  48.9  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40 
 
 		 66 aa  47.8  0.00006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 66 aa  47  0.0001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.68 
 
 		 66 aa  47  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0614  cold shock-like protein  44.83 
 
 		 69 aa  46.6  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.099487  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3598  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 66 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.851035  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4731  cold-shock DNA-binding domain protein  34.18 
 
 		 129 aa  46.2  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 66 aa  45.8  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0481  cold-shock DNA-binding domain protein  30.49 
 
 		 131 aa  45.8  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34040  cold-shock DNA-binding protein family  29.87 
 
 		 128 aa  45.1  0.0004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.46 
 
 		 65 aa  45.4  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2221  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 66 aa  45.1  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000348612  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3553  cold shock protein CspB  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.0000000000960966  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3333  cold shock protein CspB  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  unclonable  0.0000000000000736097  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3297  cold shock protein  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  1.0310600000000001e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3248  cold shock protein  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000222014  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3594  cold shock protein CspB  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000632893  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3557  cold shock protein CspB  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000000616269  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3647  cold shock protein CspB  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.00000702498  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1670  cold shock protein CspB  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000143673  decreased coverage  2.4479999999999998e-23 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3548  cold shock protein CspB  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  4.8624399999999996e-45 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10888  cold shock protein B cspB  30.88 
 
 		 138 aa  44.7  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.73128e-16  normal  0.272066 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3242  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.33 
 
 		 66 aa  44.7  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000134861  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2930  cold-shock DNA-binding domain protein  30 
 
 		 127 aa  44.7  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.915487  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1614  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.36 
 
 		 305 aa  44.3  0.0007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0792  cold shock protein  37.68 
 
 		 69 aa  44.3  0.0008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000000912185  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0392  cold-shock DNA-binding protein family protein  33.82 
 
 		 92 aa  44.3  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4090  cold-shock DNA-binding protein family protein  30.88 
 
 		 188 aa  43.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.25862 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  39.06 
 
 		 66 aa  43.9  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5000  cold shock protein  39.06 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1740  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.183326  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2047  cold-shock DNA-binding domain protein  28.57 
 
 		 127 aa  43.9  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.716085 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  39.39 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  39.39 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2779  cold-shock DNA-binding domain protein  30.77 
 
 		 188 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.886497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31390  cold-shock DNA-binding protein family  35.82 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.5492  normal  0.13403 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0545  cold-shock DNA-binding domain protein  37.5 
 
 		 168 aa  42.7  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.803384  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  36.23 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3711  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 		 66 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000509741  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4688  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 63 aa  42.7  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0555964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.92 
 
 		 65 aa  42.4  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4233  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.29 
 
 		 70 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04812  hypothetical protein  40.68 
 
 		 61 aa  42.7  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0007  cold shock protein  28.38 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2739  cold-shock DNA-binding domain protein  35.29 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000080188  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  39.39 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  39.39 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  33.33 
 
 		 66 aa  42  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  40 
 
 		 69 aa  42.4  0.003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0658  cold-shock DNA-binding domain protein  36.67 
 
 		 66 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.18008e-25 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0782  cold-shock DNA-binding domain protein  34.38 
 
 		 66 aa  42  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.733249  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4313  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.82 
 
 		 69 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1128  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.82 
 
 		 69 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3018  cold-shock DNA-binding domain protein  40 
 
 		 63 aa  42  0.004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.0000000391893  normal  0.904013 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0662  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  38.36 
 
 		 75 aa  42  0.004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000214016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0260  cold-shock DNA-binding protein family protein  34.33 
 
 		 67 aa  42  0.004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1502  cold-shock DNA-binding domain protein  33.82 
 
 		 68 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.683183 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  35 
 
 		 66 aa  42  0.004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0573  Cold-shock protein DNA-binding protein  34.33 
 
 		 67 aa  42  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3013  cold-shock DNA-binding domain protein  35.59 
 
 		 65 aa  41.6  0.004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000213425  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  40 
 
 		 69 aa  42  0.004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3052  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.5 
 
 		 70 aa  42  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6575  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.33 
 
 		 67 aa  42  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.513102  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  40 
 
 		 69 aa  42  0.004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  33.33 
 
 		 83 aa  42  0.004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  40 
 
 		 69 aa  42  0.004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0220  cold-shock DNA-binding domain protein  40.98 
 
 		 67 aa  41.6  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2649  cold-shock DNA-binding domain protein  38.6 
 
 		 69 aa  42  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.139093  normal  0.222327 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0825  cold-shock DNA-binding domain protein  32.31 
 
 		 139 aa  41.6  0.005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.425934  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  35 
 
 		 66 aa  41.6  0.005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4701  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35 
 
 		 66 aa  41.6  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000295831  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0637  hypothetical protein  36.36 
 
 		 67 aa  41.6  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.624462 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  31.82 
 
 		 67 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3880  cold-shock DNA-binding domain protein  35.82 
 
 		 67 aa  41.2  0.006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.902071  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  31.15 
 
 		 67 aa  41.2  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3862  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.14 
 
 		 70 aa  41.2  0.006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.563148  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  31.15 
 
 		 67 aa  41.2  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  31.15 
 
 		 67 aa  41.2  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>