More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3571 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  654    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  51.9 
 
 		 316 aa  350  2e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  26.73 
 
 		 318 aa  95.1  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 325 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  24.21 
 
 		 322 aa  87.8  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  22.47 
 
 		 321 aa  86.3  6e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4571  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 319 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 322 aa  83.2  0.000000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 322 aa  82.8  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 322 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 322 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  23.49 
 
 		 322 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  22.33 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 321 aa  79.3  0.00000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 324 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 323 aa  77  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 328 aa  75.9  0.0000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 337 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  24.71 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  22.42 
 
 		 326 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 350 aa  72.8  0.000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  24.89 
 
 		 327 aa  72  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 350 aa  72  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  25.55 
 
 		 324 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 314 aa  68.9  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  25.24 
 
 		 332 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  25.11 
 
 		 321 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  26.44 
 
 		 314 aa  67  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  23.61 
 
 		 334 aa  67  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 332 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00508  transcriptional regulator  26.02 
 
 		 308 aa  65.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  24.7 
 
 		 324 aa  65.5  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 321 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0243  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 321 aa  65.1  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  24.89 
 
 		 330 aa  64.7  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 320 aa  63.5  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4210  LysR family transcriptional regulator  21.38 
 
 		 335 aa  63.2  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  23.17 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001963  putative transcriptional regulator LysR family  24.91 
 
 		 311 aa  62  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.974844  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  27.88 
 
 		 321 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 345 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 320 aa  60.5  0.00000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  28.35 
 
 		 314 aa  59.3  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.26 
 
 		 334 aa  59.3  0.00000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.98 
 
 		 300 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 315 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  21.67 
 
 		 321 aa  58.9  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2445  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  26.24 
 
 		 308 aa  58.9  0.0000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.333927  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 314 aa  58.5  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  27.13 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 316 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 319 aa  57.4  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 313 aa  57  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  27.92 
 
 		 298 aa  57  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05276  transcriptional regulator  25.81 
 
 		 313 aa  57  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 309 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2296  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 309 aa  55.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.671395 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1903  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 305 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2072  LysR family transcriptional regulator  26.7 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0341772  normal  0.872543 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0360  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.87 
 
 		 301 aa  55.1  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.132599  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 325 aa  54.7  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 308 aa  54.7  0.000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 307 aa  55.1  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0288  LysR family transcriptional regulator  21.32 
 
 		 320 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3707  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 406 aa  54.3  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0214669 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3657  LysR family transcriptional regulator  21.32 
 
 		 320 aa  54.3  0.000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 308 aa  53.9  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 302 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  53.9  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  25.97 
 
 		 301 aa  53.9  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  26.53 
 
 		 301 aa  53.9  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  43.28 
 
 		 304 aa  53.1  0.000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  53.1  0.000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 312 aa  52.8  0.000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 310 aa  52.8  0.000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 300 aa  52.4  0.000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 307 aa  52.4  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2289  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 311 aa  52  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.317043  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.91 
 
 		 309 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5825  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  28.48 
 
 		 325 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 318 aa  52  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  24.73 
 
 		 309 aa  52  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0690  LysR family transcriptional regulator  26.04 
 
 		 304 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 309 aa  52  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  26.83 
 
 		 312 aa  52  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  27.51 
 
 		 309 aa  52  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 307 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 308 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2551  LysR family transcriptional regulator  21.95 
 
 		 320 aa  51.2  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>