More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5837 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009621  Smed_5837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  100 
 
 
400 aa  829    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3761  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  74.56 
 
 
401 aa  645    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0917  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  69.27 
 
 
398 aa  581  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3341  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  58.69 
 
 
399 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5534  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  55.47 
 
 
404 aa  438  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3623  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  48.76 
 
 
404 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.498648  normal  0.36382 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4210  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  42.82 
 
 
402 aa  325  1e-87  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1460  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  44.25 
 
 
403 aa  322  8e-87  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.49 
 
 
388 aa  179  7e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1686  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.1 
 
 
391 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.27 
 
 
417 aa  170  5e-41  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2499  mandelate racemase  30.12 
 
 
400 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.45257  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2409  mandelate racemase  30.12 
 
 
400 aa  169  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0679047  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.23 
 
 
415 aa  169  8e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.57 
 
 
398 aa  168  2e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.95 
 
 
388 aa  167  4e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.57 
 
 
390 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2909  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.2 
 
 
415 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.119891 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1992  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.33 
 
 
405 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.589725 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.75 
 
 
382 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2380  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  30.58 
 
 
400 aa  163  5.0000000000000005e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.162609  normal  0.98097 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  31.36 
 
 
382 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2513  mandelate racemase  29.85 
 
 
400 aa  162  8.000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.440237  normal  0.0724209 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2617  mandelate racemase  29.85 
 
 
400 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.588885  normal  0.211139 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2458  mandelate racemase  29.85 
 
 
400 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0484555  normal  0.111686 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2654  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.72 
 
 
412 aa  161  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29 
 
 
425 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281448  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01739  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.4 
 
 
394 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  31.19 
 
 
382 aa  160  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2837  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.58 
 
 
405 aa  160  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.679243  normal  0.849067 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.59 
 
 
387 aa  159  8e-38  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.16 
 
 
403 aa  159  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4225  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.54 
 
 
396 aa  159  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.42 
 
 
403 aa  158  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4167  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.54 
 
 
396 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585922 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4045  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.54 
 
 
396 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  29.54 
 
 
396 aa  158  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128808  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  29.25 
 
 
381 aa  157  3e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.35 
 
 
381 aa  157  4e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3673  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  31.03 
 
 
410 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232525  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.47 
 
 
388 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.580739 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.47 
 
 
388 aa  156  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  29.82 
 
 
382 aa  156  6e-37  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4480  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.59 
 
 
409 aa  156  6e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  30.56 
 
 
386 aa  155  9e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  30.3 
 
 
382 aa  155  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  27.65 
 
 
391 aa  154  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  29.62 
 
 
382 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1145  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.34 
 
 
412 aa  154  2.9999999999999998e-36  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  29.2 
 
 
384 aa  154  2.9999999999999998e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.27 
 
 
423 aa  154  4e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.19 
 
 
388 aa  153  4e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.81 
 
 
382 aa  153  5.9999999999999996e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  29.34 
 
 
382 aa  152  1e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  29.08 
 
 
382 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.67 
 
 
391 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  29.46 
 
 
382 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0994  putative mandelate racemase / muconatelactonizing enzyme  29.28 
 
 
392 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0973014  normal  0.486209 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  29.8 
 
 
382 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.85 
 
 
372 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  29.5 
 
 
382 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  29.5 
 
 
382 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0074  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.31 
 
 
395 aa  150  4e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4412  galactonate dehydratase  30.24 
 
 
375 aa  150  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.737612  normal  0.426328 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2751  galactonate dehydratase  29.9 
 
 
382 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.4 
 
 
392 aa  149  7e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.72 
 
 
410 aa  149  8e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.53 
 
 
395 aa  149  9e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0821  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.1 
 
 
405 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1155  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.16 
 
 
412 aa  149  1.0000000000000001e-34  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.516862  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.01 
 
 
384 aa  149  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  29.25 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.32 
 
 
412 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4219  galactonate dehydratase  28.96 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4161  galactonate dehydratase  28.96 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  29.25 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  29.25 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4112  galactonate dehydratase  28.96 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.205397  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  29.25 
 
 
382 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2254  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.46 
 
 
428 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.967336  normal  0.603396 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1665  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  31.12 
 
 
406 aa  147  4.0000000000000006e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0687285  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03575  galactonate dehydratase  30.36 
 
 
382 aa  146  5e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.923731  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.36 
 
 
382 aa  146  5e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4057  galactonate dehydratase  30.36 
 
 
382 aa  146  5e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.12 
 
 
400 aa  146  5e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0011  galactonate dehydratase  30.36 
 
 
382 aa  146  5e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3904  galactonate dehydratase  29.25 
 
 
382 aa  147  5e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03519  hypothetical protein  30.36 
 
 
382 aa  146  5e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.84784  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4201  galactonate dehydratase  30.36 
 
 
382 aa  146  5e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.75 
 
 
411 aa  146  8.000000000000001e-34  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  29.74 
 
 
378 aa  145  9e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1095  galactonate dehydratase  30.08 
 
 
382 aa  145  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.73 
 
 
382 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.54 
 
 
393 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0044  galactonate dehydratase  29.53 
 
 
382 aa  145  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.360565 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2242  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  27.76 
 
 
412 aa  145  2e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.464149  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0025  galactonate dehydratase  29.25 
 
 
382 aa  145  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.192366  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00121  galactonate dehydratase  28.86 
 
 
382 aa  144  2e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.220191  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0009  galactonate dehydratase  29.44 
 
 
382 aa  144  2e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  30.13 
 
 
382 aa  144  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>