More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4225 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4225  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  100 
 
 
396 aa  821    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4045  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  98.74 
 
 
396 aa  811    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4118  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  97.98 
 
 
396 aa  806    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.128808  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4167  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  99.24 
 
 
396 aa  816    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.585922 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2409  mandelate racemase  53.98 
 
 
400 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0679047  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2499  mandelate racemase  53.98 
 
 
400 aa  460  9.999999999999999e-129  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.45257  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2513  mandelate racemase  54.23 
 
 
400 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.440237  normal  0.0724209 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2617  mandelate racemase  54.23 
 
 
400 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.588885  normal  0.211139 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2458  mandelate racemase  53.98 
 
 
400 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0484555  normal  0.111686 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2380  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  54.48 
 
 
400 aa  441  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.162609  normal  0.98097 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1173  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  52.14 
 
 
391 aa  426  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0426063  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1686  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  52.37 
 
 
391 aa  419  1e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01739  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  49.5 
 
 
394 aa  399  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7855  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  41.54 
 
 
396 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0954  L-alanine-DL-glutamate epimerase/enolase superfamily-like protein  39.9 
 
 
390 aa  329  4e-89  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000000745155  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4358  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme  39.75 
 
 
386 aa  280  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.370383  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8006  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  35.71 
 
 
386 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.848631  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0127  galactonate dehydratase  34.34 
 
 
381 aa  209  8e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.425277  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2597  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.16 
 
 
388 aa  202  9.999999999999999e-51  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.598556  normal  0.375027 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0100  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.3 
 
 
382 aa  199  6e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.85667  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5256  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.25 
 
 
392 aa  197  3e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0742  galactonate dehydratase  31.06 
 
 
378 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.495163  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6193  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.52 
 
 
425 aa  196  6e-49  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.281448  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5013  galactonate dehydratase  32.91 
 
 
381 aa  193  4e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.527728  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3848  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.42 
 
 
388 aa  193  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.161688 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3008  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  30.22 
 
 
417 aa  193  5e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.334254  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2179  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein  34.3 
 
 
382 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0507727  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1989  galactonate dehydratase  34.3 
 
 
401 aa  191  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.217877  normal  0.0214185 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0586  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.92 
 
 
382 aa  191  2e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00367627 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4388  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.49 
 
 
423 aa  190  2.9999999999999997e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.43815  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0122  galactonate dehydratase  31.91 
 
 
384 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.041758  normal  0.798356 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0552  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.92 
 
 
390 aa  190  4e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.133728  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1011  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.6 
 
 
415 aa  189  5.999999999999999e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.635403  normal  0.302413 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4123  galactonate dehydratase  33.96 
 
 
382 aa  189  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0234002  normal  0.927238 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3624  galactonate dehydratase  33.75 
 
 
382 aa  187  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694628  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2811  galactonate dehydratase  31.76 
 
 
382 aa  187  3e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.275596  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4441  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.71 
 
 
391 aa  187  4e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0607658  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0218  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.81 
 
 
381 aa  186  8e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0106637  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1664  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.92 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3303  galactonate dehydratase  32.42 
 
 
382 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.703331 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3949  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
388 aa  185  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.841858  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3894  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31 
 
 
384 aa  183  4.0000000000000006e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.519515  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0390  galactonate dehydratase  31.5 
 
 
382 aa  183  4.0000000000000006e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.100514  normal  0.488186 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6937  galactonate dehydratase  30.98 
 
 
381 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00161206  normal  0.967512 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2866  galactonate dehydratase  29.84 
 
 
382 aa  182  1e-44  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5994  galactonate dehydratase  31.74 
 
 
382 aa  181  1e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.126789 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0951  galactonate dehydratase  34.65 
 
 
382 aa  182  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0656  galactonate dehydratase  31.17 
 
 
382 aa  181  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.789075 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0433  galactonate dehydratase  32.17 
 
 
382 aa  182  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.34187  normal  0.994334 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2695  galactonate dehydratase  31.74 
 
 
382 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2591  galactonate dehydratase  32.27 
 
 
382 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2719  galactonate dehydratase  32.27 
 
 
382 aa  181  2e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3671  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.34 
 
 
388 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2666  galactonate dehydratase  31.74 
 
 
382 aa  181  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0631  galactonate dehydratase  31.74 
 
 
382 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4653  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.11 
 
 
400 aa  181  2e-44  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0414891  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2688  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.09 
 
 
393 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0475  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.71 
 
 
393 aa  179  5.999999999999999e-44  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2055  galactonate dehydratase  31.49 
 
 
382 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0740  galactonate dehydratase  31.49 
 
 
382 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006694  CNI02060  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, putative  35.86 
 
 
438 aa  179  7e-44  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0611  galactonate dehydratase  31.23 
 
 
502 aa  179  8e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0752  galactonate dehydratase  31.49 
 
 
382 aa  179  8e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4861  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.09 
 
 
388 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.580739 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1554  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.59 
 
 
393 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.124139  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2615  galactonate dehydratase  31.66 
 
 
382 aa  178  1e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0547  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.58 
 
 
400 aa  179  1e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3598  galactonate dehydratase  31.72 
 
 
382 aa  179  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.729698  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0918  galactonate dehydratase  31.65 
 
 
382 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.462959  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4678  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31.73 
 
 
387 aa  178  2e-43  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.194789  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1380  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.96 
 
 
381 aa  178  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467109  normal  0.938738 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0254  galactonate dehydratase  31.23 
 
 
382 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.114802  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2694  galactonate dehydratase  31.23 
 
 
382 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2383  galactonate dehydratase  31.23 
 
 
382 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2464  galactonate dehydratase  31.23 
 
 
382 aa  177  3e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2244  galactonate dehydratase  33.87 
 
 
382 aa  176  9e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.174504  hitchhiker  0.00000380774 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1901  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.1 
 
 
395 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1786  galactonate dehydratase  30.02 
 
 
381 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.805255  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0321  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.53 
 
 
411 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5451  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.51 
 
 
403 aa  173  5e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.911825  normal  0.0412246 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3479  galactonate dehydratase  31.99 
 
 
382 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.412363  normal  0.814852 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51320  galactonate dehydratase  32.35 
 
 
382 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1946  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  32.13 
 
 
378 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2518  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.78 
 
 
372 aa  172  1e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0286824  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3767  galactonate dehydratase  31.72 
 
 
382 aa  172  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.854343  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5182  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  33.33 
 
 
403 aa  171  2e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.028896  normal  0.168371 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4412  galactonate dehydratase  30.73 
 
 
375 aa  170  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.737612  normal  0.426328 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_10599  mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme family protein (AFU_orthologue; AFUA_1G05520)  30.21 
 
 
381 aa  170  5e-41  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.185657  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4537  galactonate dehydratase  31.85 
 
 
385 aa  169  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3936  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.26 
 
 
410 aa  167  2e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3433  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  31 
 
 
381 aa  166  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.428257  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3392  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  28.31 
 
 
398 aa  164  2.0000000000000002e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0131029  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2285  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.47 
 
 
412 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3370  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  32.45 
 
 
389 aa  165  2.0000000000000002e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.90513  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3673  mandelate racemase/muconate lactonizing-like protein  29.59 
 
 
410 aa  162  9e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232525  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2242  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.59 
 
 
412 aa  162  1e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.464149  normal  0.318777 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0917  mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.44 
 
 
398 aa  162  1e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1145  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  30.31 
 
 
412 aa  162  1e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5329  galactonate dehydratase  30.89 
 
 
382 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0045  Mandelate racemase/muconate lactonizing protein  29.52 
 
 
381 aa  161  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>