More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4382 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009620  Smed_4382  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  100 
 
 
260 aa  521  1e-147  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.691791 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3481  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  73.08 
 
 
259 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.187301  normal  0.768221 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3769  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  72.69 
 
 
259 aa  376  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.988142 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0538  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  63.08 
 
 
265 aa  330  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3329  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  55.77 
 
 
260 aa  293  2e-78  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1454  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  53.15 
 
 
262 aa  281  7.000000000000001e-75  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0520  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  50 
 
 
262 aa  276  2e-73  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
261 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1406  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
251 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2515  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.85 
 
 
250 aa  152  7e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  36.5 
 
 
247 aa  151  8.999999999999999e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
252 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.621886  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.43 
 
 
261 aa  149  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
269 aa  149  4e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.55 
 
 
253 aa  148  9e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.901509  normal  0.0346671 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.19 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
248 aa  146  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0714452  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.69 
 
 
251 aa  146  3e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6225  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
252 aa  146  3e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.9 
 
 
256 aa  145  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0046226 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0642  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
252 aa  145  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.220005 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2914  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
255 aa  145  6e-34  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.892644  normal  0.135282 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  41.02 
 
 
246 aa  144  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
256 aa  144  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0075  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.19 
 
 
250 aa  144  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.11 
 
 
282 aa  144  2e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.316546  normal  0.241504 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.58 
 
 
246 aa  144  2e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7039  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.27 
 
 
258 aa  142  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.607221 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
262 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0109  short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
251 aa  142  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2039  short chain dehydrogenase  38.43 
 
 
255 aa  142  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0111409  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.97 
 
 
258 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.500717  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1220  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
254 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0140677 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.19 
 
 
246 aa  142  7e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3707  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
261 aa  141  8e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.372057  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0777  2,5-dichloro-2,5-cyclohexadiene-1,4-diol dehydrogenase  35.43 
 
 
256 aa  141  9e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  unclonable  0.000000000602932 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2262  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
261 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.04 
 
 
257 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.319832  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
268 aa  140  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4626  short chain dehydrogenase  33.58 
 
 
254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.130325  normal  0.180414 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2225  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.43 
 
 
267 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.76 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1315  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1080  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.69 
 
 
246 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.38691  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2393  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.06 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.114782  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.8 
 
 
258 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
257 aa  139  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4356  short chain dehydrogenase  33.72 
 
 
254 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.146165 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.96 
 
 
265 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1122  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.69 
 
 
246 aa  139  6e-32  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0726405  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.8 
 
 
246 aa  139  7e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
264 aa  138  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3299  hypothetical protein  36.26 
 
 
257 aa  137  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.982919  normal  0.296802 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3070  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.65 
 
 
267 aa  137  1e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.49838  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2036  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
258 aa  137  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0018  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.88 
 
 
330 aa  136  3.0000000000000003e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1817  short chain dehydrogenase  35.8 
 
 
253 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.11 
 
 
260 aa  135  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1290  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.72 
 
 
246 aa  136  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.756389  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1751  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
257 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0168825 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1315  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.72 
 
 
246 aa  136  4e-31  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_19760  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  38.34 
 
 
256 aa  136  4e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  decreased coverage  0.000927245  normal  0.0200652 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7167  short chain dehydrogenase  35.83 
 
 
249 aa  135  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.98 
 
 
272 aa  135  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0867808  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2394  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
270 aa  135  5e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.883346  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6540  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
312 aa  135  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.216575 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.96 
 
 
283 aa  135  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.51 
 
 
246 aa  135  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2680  short chain dehydrogenase  33.46 
 
 
253 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.313407  normal  0.819387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3623  short chain dehydrogenase  34.24 
 
 
253 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0211534  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2089  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.73 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0163129  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.49 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.05 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.81 
 
 
280 aa  135  8e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.708737  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2045  short chain dehydrogenase  34.13 
 
 
272 aa  135  9e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.82 
 
 
262 aa  135  9e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
262 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2263  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00829126  normal  0.0703688 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1783  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.33 
 
 
255 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000332127  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3894  short chain dehydrogenase  35.41 
 
 
253 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.933722  normal  0.0806905 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.62 
 
 
291 aa  134  9.999999999999999e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60014  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1518  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
254 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.570528  normal  0.0138518 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.66 
 
 
252 aa  134  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4584  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 
252 aa  134  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.170316 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5464  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
253 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.852927  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2284  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.496594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1723  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.46 
 
 
247 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000657249  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0940  putative short-chain dehydrogenase  34.5 
 
 
266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3208  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
261 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.71 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.526951  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
257 aa  133  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.922459 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3335  3-hydroxybutyrate dehydrogenase  34.9 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.175664  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2690  short chain dehydrogenase  34.9 
 
 
255 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0052  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.87 
 
 
259 aa  134  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2891  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.69 
 
 
242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.162466 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
252 aa  133  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1575  short chain dehydrogenase  34.36 
 
 
249 aa  133  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.12 
 
 
244 aa  133  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.806753 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>