56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4091 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4091  replication initiation protein RepC  100 
 
 		 437 aa  882    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6315  replication initiation protein RepC  52.07 
 
 		 435 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.829822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5557  replication initiation protein RepC  50 
 
 		 434 aa  428  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.539065  normal  0.740514 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6499  replication initiation protein RepC  51.04 
 
 		 430 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6015  replication initiation protein RepC  51.76 
 
 		 404 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241299  normal  0.0884238 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5465  replication initiation protein RepC  50 
 
 		 434 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.728994  normal  0.335762 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6052  replication initiation protein RepC  50.69 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5195  replication initiation protein RepC  50.34 
 
 		 434 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.479009  normal  0.106237 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7170  replication initiation protein RepC  52.46 
 
 		 404 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.611656 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6164  replication initiation protein RepC  51.03 
 
 		 425 aa  403  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.194324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5175  replication initiation protein RepC  48.6 
 
 		 402 aa  394  1e-108  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.940689 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7002  replication initiation protein RepC  46.3 
 
 		 404 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9802  replication initiation protein RepC  47.31 
 
 		 404 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4728  replication initiation protein RepC  45.9 
 
 		 404 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0167719  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4585  replication initiation protein RepC  45.67 
 
 		 402 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0342951  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8002  replication initiation protein RepC  45.77 
 
 		 414 aa  365  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6492  replication initiation protein RepC  46.6 
 
 		 404 aa  363  5.0000000000000005e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.578081  normal  0.568582 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9503  replication initiation protein RepC  45.67 
 
 		 409 aa  360  3e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.812496  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4519  replication initiation protein RepC  44.62 
 
 		 410 aa  359  5e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.592  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4279  replication initiation protein RepC  44.16 
 
 		 410 aa  358  9.999999999999999e-98  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4192  replication initiation protein RepC  44.29 
 
 		 449 aa  355  1e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0575341  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4709  replication initiation protein RepC  45.69 
 
 		 404 aa  353  4e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0003  replication initiation protein RepC  43.35 
 
 		 410 aa  352  8.999999999999999e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.176403 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4791  replication initiation protein RepC  44.37 
 
 		 423 aa  351  1e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0348646  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4545  replication initiation protein RepC  45.67 
 
 		 401 aa  343  4e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  unclonable  0.0000000970049  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4573  replication initiation protein RepC  42.29 
 
 		 441 aa  334  2e-90  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5617  replication initiation protein RepC  42.82 
 
 		 403 aa  320  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0663849  normal  0.1269 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4356  replication initiation protein RepC  41.18 
 
 		 436 aa  315  9e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9003  replication initiation protein RepC  40.77 
 
 		 425 aa  313  2.9999999999999996e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.854777  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4454  replication initiation protein RepC  41.84 
 
 		 393 aa  310  4e-83  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000305479  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0001  replication initiation protein RepC  40.62 
 
 		 397 aa  297  3e-79  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0000463229  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0001  replication initiation protein RepC  40.62 
 
 		 397 aa  297  3e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  0.0000780198  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5002  replication initiation protein RepC  38.53 
 
 		 405 aa  270  5e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4523  replication protein C  40.3 
 
 		 541 aa  259  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4102  replication initiation protein RepC  39.65 
 
 		 403 aa  246  4.9999999999999997e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.95636  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4021  replication initiation protein RepC  41.16 
 
 		 433 aa  236  5.0000000000000005e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4021  replication initiation protein RepC  37.91 
 
 		 411 aa  236  9e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0836066  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4534  replication initiation protein RepC  36.43 
 
 		 409 aa  233  5e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.171833  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4673  replication initiation protein RepC  36.57 
 
 		 407 aa  232  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.795388  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7387  replication initiation protein RepC  37.47 
 
 		 403 aa  213  7e-54  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0522109  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3743  replication protein C  28.2 
 
 		 426 aa  126  9e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3578  replication protein C  28.84 
 
 		 451 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5212  replication protein C  29.98 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3307  replication protein C  26.74 
 
 		 463 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3518  replication protein C  27.88 
 
 		 453 aa  101  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3274  replication protein C  25.33 
 
 		 463 aa  95.1  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5911  replication protein C  27.79 
 
 		 376 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.547338  normal  0.0252252 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8201  replication protein C  27.63 
 
 		 420 aa  87.4  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4352  replication protein C  26.02 
 
 		 510 aa  85.5  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8700  replication protein C  28.02 
 
 		 381 aa  82.8  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3847  replication protein C  25 
 
 		 427 aa  81.6  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5478  replication protein C  24.76 
 
 		 397 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4539  replication protein C  27.19 
 
 		 426 aa  62  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9901  replication protein C  38.89 
 
 		 426 aa  46.2  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4381  hypothetical protein  24.64 
 
 		 410 aa  43.5  0.008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_7390  transposase  36.14 
 
 		 405 aa  43.1  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>