80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2285 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2285  putative transmembrane anti-sigma factor  100 
 
 		 275 aa  553  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.15965 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3067  putative transmembrane anti-sigma factor  39.16 
 
 		 281 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0599961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2803  putative transmembrane anti-sigma factor  40.43 
 
 		 280 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0342001 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2661  putative transmembrane anti-sigma factor  29.46 
 
 		 266 aa  85.9  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.260623  normal  0.584947 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0264  putative transmembrane anti-sigma factor  29.46 
 
 		 266 aa  85.9  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674824  normal  0.0227624 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3279  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  31.74 
 
 		 277 aa  85.9  7e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3142  transmembrane protein  29.78 
 
 		 277 aa  77.8  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.549132  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1653  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  27.38 
 
 		 253 aa  70.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.000000192348  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3260  putative transmembrane anti-sigma factor  25.74 
 
 		 286 aa  70.1  0.00000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.760903  normal  0.404575 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1672  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  25.6 
 
 		 275 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2913  putative transmembrane anti-sigma factor  25.27 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0030577 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0145  putative transmembrane anti-sigma factor  33.86 
 
 		 256 aa  66.2  0.0000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.617823  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1209  anti-sigma factor  27.65 
 
 		 256 aa  65.9  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.736755 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4979  putative transmembrane anti-sigma factor  24.43 
 
 		 275 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.291853  normal  0.0783383 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  26.12 
 
 		 268 aa  65.5  0.0000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1708  putative transmembrane anti-sigma factor  24.61 
 
 		 264 aa  64.3  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2982  hypothetical protein  25.53 
 
 		 286 aa  63.5  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5730  putative transmembrane anti-sigma factor  22.74 
 
 		 303 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.381936 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6483  putative transmembrane anti-sigma factor  24.54 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.501336  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5261  putative transmembrane anti-sigma factor  30.37 
 
 		 268 aa  62  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3793  hypothetical protein  25.1 
 
 		 265 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0670841  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2782  putative transmembrane anti-sigma factor  23.72 
 
 		 260 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.826576  normal  0.798214 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1310  hypothetical protein  26.77 
 
 		 259 aa  60.1  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3667  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  24.54 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000130088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2754  putative transmembrane anti-sigma factor  26.79 
 
 		 271 aa  57.8  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2783  putative transmembrane transcriptional regulator(anti-sigma factor) protein, PrtR  26.72 
 
 		 283 aa  57.8  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.32667 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2555  putative transmembrane anti-sigma factor  27.44 
 
 		 279 aa  56.2  0.0000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539506 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1667  putative transmembrane anti-sigma factor  26.72 
 
 		 283 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2466  hypothetical protein  28.32 
 
 		 256 aa  55.5  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1501  hypothetical protein  26.69 
 
 		 274 aa  55.1  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.204589  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0173  putative transmembrane anti-sigma factor  31.5 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.365386  normal  0.0709192 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0389  putative transmembrane anti-sigma factor  27.4 
 
 		 259 aa  54.7  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.881359 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3944  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  30.95 
 
 		 260 aa  54.7  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00740335  normal  0.0369582 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0855  putative transmembrane anti-sigma factor  30.89 
 
 		 260 aa  54.3  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.366382  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0229  hypothetical protein  31.5 
 
 		 255 aa  53.9  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1253  putative transmembrane anti-sigma factor  27.44 
 
 		 279 aa  53.5  0.000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0479785  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0826  putative transmembrane anti-sigma factor  31.15 
 
 		 259 aa  53.1  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00528212  hitchhiker  0.000460261 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0745  putative transmembrane anti-sigma factor  27.51 
 
 		 259 aa  53.1  0.000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0155499 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5734  putative transmembrane anti-sigma factor  27.82 
 
 		 266 aa  53.1  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0728  putative transmembrane anti-sigma factor  31.2 
 
 		 261 aa  52.8  0.000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.48642  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0298  putative transmembrane anti-sigma factor  31.5 
 
 		 257 aa  52.8  0.000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2976  hypothetical protein  23.97 
 
 		 260 aa  51.6  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.458686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2549  putative transmembrane transcriptional regulator  23.42 
 
 		 272 aa  51.6  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3198  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  24.91 
 
 		 252 aa  52  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000206133  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2523  putative transmembrane anti-sigma factor  23.83 
 
 		 260 aa  52  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.690899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3377  putative transmembrane anti-sigma factor  25 
 
 		 294 aa  52  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2037  putative transmembrane anti-sigma factor  24.33 
 
 		 253 aa  51.2  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000249253 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1998  putative transmembrane anti-sigma factor  27.05 
 
 		 269 aa  50.1  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.706225  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0433  putative transmembrane anti-sigma factor  25.74 
 
 		 267 aa  49.3  0.00008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.799766 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0853  putative transmembrane anti-sigma factor  31.58 
 
 		 274 aa  48.5  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4787  putative transmembrane anti-sigma factor  28.36 
 
 		 253 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.755024  normal  0.258928 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0373  putative transmembrane anti-sigma factor  30.58 
 
 		 126 aa  48.5  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.227866  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1386  hypothetical protein  35.82 
 
 		 270 aa  47.8  0.0002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0048642  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1186  hypothetical protein  25.69 
 
 		 274 aa  47.8  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.128596  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0977  putative transmembrane anti-sigma factor  27.97 
 
 		 278 aa  47.8  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4687  putative anti-sigma factor  23.05 
 
 		 264 aa  47.4  0.0003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.139907  normal  0.0591052 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0522  hypothetical protein  27.45 
 
 		 264 aa  47  0.0004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1414  hypothetical protein  28.32 
 
 		 274 aa  47  0.0004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.142705  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0019  putative transmembrane anti-sigma factor  21.27 
 
 		 277 aa  47  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.836012 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3001  putative transmembrane anti-sigma factor  29.73 
 
 		 279 aa  46.2  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.166986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0059  putative transmembrane anti-sigma factor  22.71 
 
 		 252 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.13724  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0012  putative transmembrane anti-sigma factor  22.71 
 
 		 252 aa  46.2  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.237975  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2533  putative transmembrane anti-sigma factor  35.82 
 
 		 260 aa  46.2  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.420248  normal  0.0303873 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0015  hypothetical protein  28.95 
 
 		 495 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.689839  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5401  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  23.08 
 
 		 271 aa  45.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2392  putative transmembrane anti-sigma factor  24.39 
 
 		 250 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0145  hypothetical protein  27.43 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261228  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1155  hypothetical protein  27.43 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0424  hypothetical protein  27.43 
 
 		 274 aa  45.4  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.365685  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2675  putative transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma factor)  26.09 
 
 		 253 aa  43.9  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.178183  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0401  putative transmembrane anti-sigma factor  24.81 
 
 		 267 aa  43.5  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.489246 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2886  transmembrane transcriptional regulator (anti-sigma-factor)  24.14 
 
 		 252 aa  43.9  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.887162  normal  0.626016 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2801  putative transmembrane anti-sigma factor  26.4 
 
 		 250 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.261643 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0033  putative transmembrane anti-sigma factor  22.44 
 
 		 252 aa  43.5  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00163217  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02866  transmembrane regulator protein PrtR  28.47 
 
 		 167 aa  43.5  0.004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.822943  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3785  putative transmembrane anti-sigma factor  33.33 
 
 		 274 aa  43.5  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2893  putative transmembrane anti-sigma factor  27.56 
 
 		 250 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.138399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4456  putative transmembrane anti-sigma factor  24.42 
 
 		 252 aa  42.4  0.009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1422  putative transmembrane anti-sigma factor  24.89 
 
 		 276 aa  42  0.01  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000152336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2889  putative transmembrane anti-sigma factor  25.6 
 
 		 250 aa  42  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00655403  normal  0.801415 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>