More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0418 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  100 
 
 		 308 aa  640    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  97.08 
 
 		 308 aa  622  1e-177  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  93.07 
 
 		 305 aa  595  1e-169  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  81.4 
 
 		 305 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  81.06 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  82.06 
 
 		 305 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  81.4 
 
 		 303 aa  523  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  78.74 
 
 		 305 aa  499  1e-140  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  68.98 
 
 		 309 aa  435  1e-121  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  66.23 
 
 		 326 aa  432  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  65.79 
 
 		 312 aa  423  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  63.7 
 
 		 312 aa  420  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  59.67 
 
 		 306 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  57.47 
 
 		 312 aa  380  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  55.29 
 
 		 313 aa  356  1.9999999999999998e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  50.35 
 
 		 303 aa  304  1.0000000000000001e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  45.61 
 
 		 293 aa  274  1.0000000000000001e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  46.1 
 
 		 293 aa  263  2e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  46.32 
 
 		 293 aa  259  4e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  43.64 
 
 		 302 aa  239  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 302 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  42.76 
 
 		 303 aa  232  7.000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 293 aa  224  2e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  40.21 
 
 		 303 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  40.88 
 
 		 301 aa  217  2e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  41.22 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  42.81 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  42.61 
 
 		 297 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  41.22 
 
 		 310 aa  209  5e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  37.92 
 
 		 314 aa  208  8e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  41.22 
 
 		 275 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  42.86 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  42.51 
 
 		 294 aa  205  7e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  43.01 
 
 		 301 aa  205  1e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  37.41 
 
 		 307 aa  203  4e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  38.57 
 
 		 314 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  36.81 
 
 		 304 aa  196  6e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  40 
 
 		 313 aa  195  9e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  38.98 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  40.81 
 
 		 296 aa  193  4e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 326 aa  192  7e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  36.46 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  39.56 
 
 		 292 aa  186  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  39.92 
 
 		 317 aa  185  9e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  38.4 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  37.5 
 
 		 362 aa  183  3e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  41.48 
 
 		 287 aa  177  3e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 287 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 287 aa  176  4e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  37.54 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  36.57 
 
 		 285 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  34.92 
 
 		 348 aa  172  5e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  38.65 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  36.86 
 
 		 305 aa  171  2e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  40.4 
 
 		 305 aa  170  3e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  37.84 
 
 		 309 aa  162  6e-39  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  41.15 
 
 		 206 aa  159  4e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  35.18 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  35.54 
 
 		 254 aa  139  4.999999999999999e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  33.94 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  33.47 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  29.63 
 
 		 315 aa  99.4  7e-20  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  31.65 
 
 		 211 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  31.94 
 
 		 211 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  26.53 
 
 		 306 aa  92.8  6e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  26.36 
 
 		 338 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  26.15 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  25.41 
 
 		 306 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.4 
 
 		 218 aa  89.7  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  26.55 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  25.1 
 
 		 303 aa  89.7  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  34.74 
 
 		 548 aa  86.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  30.73 
 
 		 211 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  34.6 
 
 		 226 aa  85.9  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  27.12 
 
 		 323 aa  85.5  9e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.94 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  31.48 
 
 		 211 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.08 
 
 		 211 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  25.1 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  27.12 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  32.96 
 
 		 211 aa  84  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  26.69 
 
 		 323 aa  84.3  0.000000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  30.32 
 
 		 211 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  33.52 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  24.77 
 
 		 216 aa  80.5  0.00000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  32.96 
 
 		 211 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3196  RluA family pseudouridine synthase  30.71 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  28.44 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2949  pseudouridine synthase  30.39 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.316024  hitchhiker  0.00664146 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  31.09 
 
 		 264 aa  79  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  29.91 
 
 		 241 aa  79  0.0000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1440  pseudouridine synthase, RluA family  28.12 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.738263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  32.06 
 
 		 215 aa  78.6  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1813  pseudouridine synthase, RluA family  29.82 
 
 		 526 aa  79  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000000964916  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0410  pseudouridine synthase  29.33 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.503733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  27.27 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3012  RluA family pseudouridine synthase  26.84 
 
 		 311 aa  78.2  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.17598  normal  0.601739 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  30.14 
 
 		 218 aa  77.4  0.0000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1616  pseudouridine synthase, RluA family  29.1 
 
 		 320 aa  77.4  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000133866  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  30.77 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>