270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0298 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0298  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  100 
 
 		 362 aa  742    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0449  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  63.93 
 
 		 376 aa  463  1e-129  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0737  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  52.82 
 
 		 364 aa  395  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05497  hypothetical protein  53.98 
 
 		 362 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.428676 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0936  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  51.98 
 
 		 364 aa  374  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0110  hypothetical protein  52.8 
 
 		 350 aa  362  8e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1708  hypothetical protein  53.47 
 
 		 358 aa  361  1e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4305  hypothetical protein  49.7 
 
 		 357 aa  358  6e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3864  outer membrane protein RomA  56.72 
 
 		 369 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0793  outer membrane protein RomA  51.5 
 
 		 358 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3548  hypothetical protein  55.56 
 
 		 366 aa  354  2e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6004  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  52.68 
 
 		 374 aa  351  8.999999999999999e-96  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0785  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  52.49 
 
 		 368 aa  351  1e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5759  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  52.83 
 
 		 374 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.177661  normal  0.774373 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3728  hypothetical protein  52.16 
 
 		 356 aa  350  3e-95  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000279233 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6668  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  53.31 
 
 		 374 aa  349  4e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.253593  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3323  hypothetical protein  54.86 
 
 		 363 aa  349  5e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.992369  normal  0.0935261 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5824  Zn-dependent hydrolases of the beta-lactamase fold-like  53.31 
 
 		 374 aa  348  7e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6189  Zn-dependent hydrolases of the beta-lactamase fold-like protein  53.31 
 
 		 374 aa  348  7e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.613218  normal  0.612228 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0291  hypothetical protein  52.16 
 
 		 356 aa  348  8e-95  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.619588  hitchhiker  0.0000166139 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0295  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  55.85 
 
 		 318 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3423  hypothetical protein  47.86 
 
 		 367 aa  346  5e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0456892  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0291  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  52.65 
 
 		 372 aa  345  7e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000136484 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7735  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like  52.68 
 
 		 374 aa  345  8e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4259  zinc-dependent hydrolase  51.35 
 
 		 363 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000254189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1221  hypothetical protein  53.06 
 
 		 376 aa  342  9e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3741  hypothetical protein  52.63 
 
 		 363 aa  340  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0499981  normal  0.188301 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6159  Zn-dependent hydrolases of the beta-lactamase fold-like protein  55.94 
 
 		 374 aa  339  4e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749982  normal  0.0786159 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5420  hypothetical protein  55.05 
 
 		 381 aa  338  8e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2649  hypothetical protein  54.55 
 
 		 376 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1886  hypothetical protein  54.2 
 
 		 380 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31105  normal  0.111326 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1097  Zn-dependent hydrolase  50.84 
 
 		 366 aa  311  1e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1463  hypothetical protein  51.04 
 
 		 383 aa  311  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000232167  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3122  metallo-beta-lactamase family protein  47.62 
 
 		 355 aa  298  7e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1327  Zn-dependent hydrolase  47.97 
 
 		 351 aa  283  3.0000000000000004e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1704  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  43.34 
 
 		 385 aa  275  6e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.800105  hitchhiker  0.00545727 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2663  Zn-dependent hydrolase  47.99 
 
 		 351 aa  272  6e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.880125  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1615  hypothetical protein  45.14 
 
 		 388 aa  270  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10098  hypothetical protein  41.03 
 
 		 377 aa  269  5e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.906022  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1077  beta-lactamase domain-containing protein  43.2 
 
 		 367 aa  269  5.9999999999999995e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.600818 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14470  predicted Zn-dependent hydrolase of beta-lactamase fold protein  42.63 
 
 		 365 aa  269  7e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1677  beta-lactamase domain-containing protein  46.49 
 
 		 367 aa  267  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0836093 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1707  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  42.72 
 
 		 386 aa  267  2e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.554659 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2916  hypothetical protein  42.6 
 
 		 336 aa  265  7e-70  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2708  outer membrane protein RomA  45.15 
 
 		 320 aa  265  1e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2503  hypothetical protein  40.73 
 
 		 320 aa  264  1e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00407253  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2688  hypothetical protein  40.73 
 
 		 320 aa  264  1e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2601  outer membrane protein RomA  41.58 
 
 		 320 aa  263  3e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000137657 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2703  hypothetical protein  41.06 
 
 		 320 aa  262  8e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000340422 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5970  hypothetical protein  40.81 
 
 		 360 aa  261  2e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0215  beta-lactamase domain protein  40.7 
 
 		 409 aa  261  2e-68  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2724  hypothetical protein  40.73 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000835291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3902  hypothetical protein  41.35 
 
 		 371 aa  260  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165433  normal  0.54089 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2454  outer membrane protein RomA  40.4 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.023558  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1038  hypothetical protein  44.06 
 
 		 403 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4811  hypothetical protein  41.52 
 
 		 372 aa  257  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.90526  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4430  hypothetical protein  41.52 
 
 		 372 aa  256  3e-67  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4517  hypothetical protein  41.52 
 
 		 372 aa  256  3e-67  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1076  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  40.7 
 
 		 419 aa  252  7e-66  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0773  outer membrane protein expression inhibitor  40 
 
 		 375 aa  250  3e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000000136723 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0118  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  45.55 
 
 		 353 aa  248  9e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1004  hypothetical protein  41.12 
 
 		 361 aa  248  9e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.546188  normal  0.659608 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04440  metallo hydrolase  41.02 
 
 		 358 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0190916  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0155  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  39.37 
 
 		 380 aa  248  1e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00273299  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10924  hypothetical protein  42.02 
 
 		 372 aa  246  4.9999999999999997e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1916  putative lipoprotein  40.92 
 
 		 361 aa  243  3e-63  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2047  beta-lactamase domain protein  38.48 
 
 		 363 aa  243  3e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00517312 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1756  beta-lactamase domain-containing protein  39.53 
 
 		 372 aa  238  9e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4991  hypothetical protein  39.71 
 
 		 371 aa  236  5.0000000000000005e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.50823  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5728  hypothetical protein  40.35 
 
 		 377 aa  235  7e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2793  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  39.07 
 
 		 378 aa  235  9e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.351558 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4699  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  35.96 
 
 		 367 aa  230  3e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2131  hypothetical protein  37.54 
 
 		 354 aa  230  3e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2469  hypothetical protein  36.11 
 
 		 353 aa  228  1e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3362  hypothetical protein  42.72 
 
 		 396 aa  226  7e-58  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1659  outer membrane protein  32.76 
 
 		 376 aa  225  1e-57  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0332  multidrug resistance protein RomA  35.26 
 
 		 333 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0128421  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1284  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  40.68 
 
 		 393 aa  218  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.893751  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2823  beta-lactamase domain-containing protein  44.79 
 
 		 332 aa  216  7e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00166686  hitchhiker  0.00150789 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0851  hypothetical protein  39.27 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.424638  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0781  hypothetical protein  39.54 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0380986  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000899  membrane protein  36.05 
 
 		 414 aa  206  6e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1399  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  40.14 
 
 		 354 aa  203  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0621512  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2786  hypothetical protein  37 
 
 		 392 aa  194  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.729477  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3326  putative lipoprotein  40.68 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2754  metallo-beta-lactamase family protein  34.98 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000143801  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1451  hypothetical protein  34.98 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0112394  normal  0.158925 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2834  beta-lactamase domain-containing protein  36.07 
 
 		 329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02069  hypothetical protein  36.19 
 
 		 362 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2802  beta-lactamase domain-containing protein  40.62 
 
 		 352 aa  176  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.502441  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1139  hypothetical protein  42.34 
 
 		 362 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3314  twin-arginine translocation pathway signal  41.53 
 
 		 344 aa  173  3.9999999999999995e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.837429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1640  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  36.07 
 
 		 325 aa  173  3.9999999999999995e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3963  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0369  putative metallo-hydrolase/oxidoreductase  38.13 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.704278 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1122  Beta-lactamase-like  36.86 
 
 		 325 aa  171  1e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12530  hypothetical protein  38.69 
 
 		 361 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1685  hypothetical protein  40.61 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.000226604  hitchhiker  0.00000586595 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0016  hypothetical protein  33.33 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.439945  hitchhiker  0.00397116 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0218  twin-arginine translocation pathway signal  39.31 
 
 		 351 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.161292  hitchhiker  0.0076706 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0356  twin-arginine translocation pathway signal  39.69 
 
 		 353 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>