249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0793 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_0793  outer membrane protein RomA  100 
 
 
358 aa  726    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3864  outer membrane protein RomA  62.74 
 
 
369 aa  421  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4305  hypothetical protein  53.6 
 
 
357 aa  375  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05497  hypothetical protein  52.08 
 
 
362 aa  363  3e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.428676 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3323  hypothetical protein  53.44 
 
 
363 aa  363  4e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.992369  normal  0.0935261 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3548  hypothetical protein  52.5 
 
 
366 aa  359  4e-98  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6004  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  54.23 
 
 
374 aa  358  7e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.829765  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6668  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  54.15 
 
 
374 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.253593  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5824  Zn-dependent hydrolases of the beta-lactamase fold-like  55.83 
 
 
374 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1708  hypothetical protein  54.4 
 
 
358 aa  356  3.9999999999999996e-97  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6189  Zn-dependent hydrolases of the beta-lactamase fold-like protein  55.83 
 
 
374 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.613218  normal  0.612228 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5759  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  54.18 
 
 
374 aa  356  3.9999999999999996e-97  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.177661  normal  0.774373 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0298  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  51.5 
 
 
362 aa  355  5.999999999999999e-97  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7735  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like  54.25 
 
 
374 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3728  hypothetical protein  53.14 
 
 
356 aa  355  8.999999999999999e-97  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000279233 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2649  hypothetical protein  55.24 
 
 
376 aa  353  2e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0291  hypothetical protein  53.46 
 
 
356 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.619588  hitchhiker  0.0000166139 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1886  hypothetical protein  55.87 
 
 
380 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.31105  normal  0.111326 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6159  Zn-dependent hydrolases of the beta-lactamase fold-like protein  52.96 
 
 
374 aa  352  5e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.749982  normal  0.0786159 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4259  zinc-dependent hydrolase  51.33 
 
 
363 aa  350  2e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000254189  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0291  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  52.76 
 
 
372 aa  348  6e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000136484 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0449  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  54.11 
 
 
376 aa  346  4e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1221  hypothetical protein  53.97 
 
 
376 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0110  hypothetical protein  52.76 
 
 
350 aa  340  2.9999999999999998e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3741  hypothetical protein  52.19 
 
 
363 aa  338  7e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0499981  normal  0.188301 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5420  hypothetical protein  51.38 
 
 
381 aa  336  2.9999999999999997e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.634166  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0785  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  49.54 
 
 
368 aa  336  2.9999999999999997e-91  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0295  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  52.96 
 
 
318 aa  324  1e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3423  hypothetical protein  49.84 
 
 
367 aa  320  1.9999999999999998e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0456892  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0737  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  47.19 
 
 
364 aa  318  7e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0936  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold  45.28 
 
 
364 aa  311  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1097  Zn-dependent hydrolase  50 
 
 
366 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1463  hypothetical protein  44.41 
 
 
383 aa  307  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000232167  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3122  metallo-beta-lactamase family protein  46.63 
 
 
355 aa  296  3e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2724  hypothetical protein  46.05 
 
 
320 aa  279  6e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000835291  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2503  hypothetical protein  44.34 
 
 
320 aa  279  7e-74  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00407253  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2688  hypothetical protein  44.34 
 
 
320 aa  279  7e-74  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2708  outer membrane protein RomA  44.08 
 
 
320 aa  275  9e-73  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1704  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  44.48 
 
 
385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.800105  hitchhiker  0.00545727 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2454  outer membrane protein RomA  45.7 
 
 
320 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.023558  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2703  hypothetical protein  44.33 
 
 
320 aa  272  6e-72  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000340422 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14470  predicted Zn-dependent hydrolase of beta-lactamase fold protein  44.48 
 
 
365 aa  271  2e-71  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2601  outer membrane protein RomA  42.76 
 
 
320 aa  270  2e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000137657 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1677  beta-lactamase domain-containing protein  44.38 
 
 
367 aa  269  5e-71  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0836093 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1707  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  46.31 
 
 
386 aa  268  1e-70  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.554659 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1615  hypothetical protein  46.42 
 
 
388 aa  263  3e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2663  Zn-dependent hydrolase  46.62 
 
 
351 aa  262  6.999999999999999e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.880125  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1327  Zn-dependent hydrolase  44.44 
 
 
351 aa  261  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10098  hypothetical protein  40.62 
 
 
377 aa  260  2e-68  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.906022  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1038  hypothetical protein  43.18 
 
 
403 aa  258  2e-67  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0118  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  47.35 
 
 
353 aa  256  5e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5970  hypothetical protein  48.45 
 
 
360 aa  256  5e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0215  beta-lactamase domain protein  40 
 
 
409 aa  255  8e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4430  hypothetical protein  44.97 
 
 
372 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1076  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  47.33 
 
 
419 aa  251  2e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4517  hypothetical protein  44.97 
 
 
372 aa  250  2e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4811  hypothetical protein  44.97 
 
 
372 aa  250  3e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.90526  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1756  beta-lactamase domain-containing protein  46.74 
 
 
372 aa  249  6e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4991  hypothetical protein  44.89 
 
 
371 aa  248  8e-65  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.50823  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10924  hypothetical protein  45.12 
 
 
372 aa  248  1e-64  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0773  outer membrane protein expression inhibitor  44.4 
 
 
375 aa  247  2e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000000136723 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3902  hypothetical protein  46.38 
 
 
371 aa  247  3e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.165433  normal  0.54089 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04440  metallo hydrolase  46.97 
 
 
358 aa  245  9e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0190916  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2916  hypothetical protein  46.21 
 
 
336 aa  241  1e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1659  outer membrane protein  42.21 
 
 
376 aa  228  9e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276517  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0155  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  40.07 
 
 
380 aa  227  2e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00273299  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0332  multidrug resistance protein RomA  42.86 
 
 
333 aa  226  6e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0128421  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1284  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  43.75 
 
 
393 aa  222  8e-57  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.893751  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1077  beta-lactamase domain-containing protein  39.62 
 
 
367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.600818 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3362  hypothetical protein  44.11 
 
 
396 aa  218  1e-55  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1004  hypothetical protein  44.23 
 
 
361 aa  217  2.9999999999999998e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.546188  normal  0.659608 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000899  membrane protein  37.66 
 
 
414 aa  213  4.9999999999999996e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2793  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  36.68 
 
 
378 aa  210  2e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.351558 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2047  beta-lactamase domain protein  36.48 
 
 
363 aa  209  5e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00517312 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2786  hypothetical protein  38.16 
 
 
392 aa  209  9e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.729477  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1916  putative lipoprotein  38.19 
 
 
361 aa  208  1e-52  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2823  beta-lactamase domain-containing protein  42.98 
 
 
332 aa  206  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00166686  hitchhiker  0.00150789 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4699  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  35.71 
 
 
367 aa  205  1e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2469  hypothetical protein  34.11 
 
 
353 aa  199  7e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1399  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  40.7 
 
 
354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0621512  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2131  hypothetical protein  34.9 
 
 
354 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5728  hypothetical protein  37.46 
 
 
377 aa  189  5e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.340151 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3326  putative lipoprotein  40.39 
 
 
335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0851  hypothetical protein  34.71 
 
 
320 aa  181  2e-44  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.424638  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0781  hypothetical protein  35.02 
 
 
320 aa  178  1e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0380986  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1122  Beta-lactamase-like  39.24 
 
 
325 aa  176  4e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1640  Zn-dependent hydrolase of the beta-lactamase fold-like protein  40.26 
 
 
325 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.3963  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2754  metallo-beta-lactamase family protein  37.05 
 
 
342 aa  171  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000143801  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1451  hypothetical protein  37.05 
 
 
342 aa  171  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0112394  normal  0.158925 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2834  beta-lactamase domain-containing protein  37.05 
 
 
329 aa  170  4e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02069  hypothetical protein  37.76 
 
 
362 aa  167  2e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011699  PHATRDRAFT_24223  predicted protein  38.61 
 
 
361 aa  167  2e-40  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.267509  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1649  beta-lactamase domain-containing protein  34.91 
 
 
324 aa  164  3e-39  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000196619  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2809  hypothetical protein  40.25 
 
 
335 aa  162  6e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2347  putative outer membrane protein  38.11 
 
 
357 aa  160  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0404317  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0016  hypothetical protein  40.43 
 
 
356 aa  160  4e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.439945  hitchhiker  0.00397116 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12530  hypothetical protein  32.84 
 
 
361 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2646  hypothetical protein  35.62 
 
 
335 aa  159  5e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1139  hypothetical protein  33.02 
 
 
362 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4276  hypothetical protein  36.79 
 
 
344 aa  158  2e-37  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>