More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_18350 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_18350  transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  639    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1027  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 299 aa  108  8.000000000000001e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.174873 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  31.6 
 
 		 297 aa  107  3e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 297 aa  99  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3831  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4537  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.309073  normal  0.1504 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.75 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  31.75 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 297 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 297 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_003296  RS05372  transcription regulator protein  33.2 
 
 		 335 aa  95.5  9e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02429  DNA-binding transcriptional activator of 3-phenylpropionic acid catabolism  33.2 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2689  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.2 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00584589  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02393  hypothetical protein  33.2 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1140  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.2 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 302 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3769  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.2 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2690  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.2 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2822  DNA-binding transcriptional regulator HcaR  33.2 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.922303  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3462  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  94  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1131  transcriptional regulator, LysR family  32.79 
 
 		 296 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.08 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4587  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.781824  normal  0.831534 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4025  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.08 
 
 		 305 aa  90.1  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  30.52 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4453  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.47384 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4530  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.08 
 
 		 305 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.236033  hitchhiker  0.00000332798 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4366  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.08 
 
 		 305 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4456  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.08 
 
 		 305 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000210908 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4335  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.08 
 
 		 305 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.916411 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4453  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.08 
 
 		 305 aa  89.4  6e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  hitchhiker  0.0000741656 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1350  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03846  DNA-binding transcriptional dual regulator  27.9 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.782076  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4025  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4055  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.9 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.139508 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4503  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.9 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.030834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4409  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.9 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.386018  normal  0.0576457 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03795  hypothetical protein  27.9 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.675817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5423  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.9 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.748146 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4195  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.9 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4448  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  27.9 
 
 		 305 aa  89.4  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7097  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 296 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.785925  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.07 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0184  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 323 aa  88.2  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 323 aa  87.8  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68920  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196948  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 298 aa  87  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3963  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 315 aa  87.4  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.424952 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 307 aa  87  4e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1931  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 347 aa  87  4e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.846594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1104  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 298 aa  86.7  4e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.32 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  31.98 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.08 
 
 		 305 aa  86.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0535  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 296 aa  86.3  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.32 
 
 		 305 aa  86.7  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  30.36 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 301 aa  85.9  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 304 aa  85.9  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  85.9  9e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 293 aa  85.9  9e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4649  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.32 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 301 aa  85.1  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  33.71 
 
 		 304 aa  85.5  0.000000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2536  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 297 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00700314  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4209  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 296 aa  84.3  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0298089 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  31.95 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  30.31 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  30.31 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  29.62 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  30.31 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0119  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.27 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.985596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4595  LysR family transcriptional regulator  47.42 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.645659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  30.31 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  30.31 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0138  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.27 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4079  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  30.27 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 307 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>