More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_2264 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_2264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  100 
 
 
355 aa  731    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1780  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.9 
 
 
355 aa  491  9.999999999999999e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.629198  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3491  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.96 
 
 
354 aa  481  1e-135  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.370229 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1237  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.1 
 
 
354 aa  480  1e-134  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15920  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  65.43 
 
 
351 aa  478  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0537  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.9 
 
 
353 aa  479  1e-134  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.0400591 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0715  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.1 
 
 
353 aa  479  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.256455  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2008  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.94 
 
 
366 aa  478  1e-134  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1380  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.53 
 
 
356 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.724349  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5900  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  63.25 
 
 
352 aa  471  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2319  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.43 
 
 
353 aa  471  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.251448 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4022  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.32 
 
 
360 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68170  dTDP-D-glucose 4,6-dehydratase  63.25 
 
 
352 aa  471  1e-132  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0640014  decreased coverage  0.00283529 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4166  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.9 
 
 
361 aa  474  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.167438  normal  0.0625555 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0752  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.61 
 
 
360 aa  472  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0682  dTDP-glucose 4,6-dehydratase protein  63.84 
 
 
354 aa  468  1.0000000000000001e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1275  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.75 
 
 
356 aa  469  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0264  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.96 
 
 
353 aa  468  1.0000000000000001e-131  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.850535  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1469  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.14 
 
 
397 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.793194  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2139  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64.86 
 
 
356 aa  470  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2735  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.56 
 
 
354 aa  468  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0553  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.04 
 
 
355 aa  470  1.0000000000000001e-131  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2753  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
400 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.419146  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3163  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
400 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0253  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62 
 
 
352 aa  465  9.999999999999999e-131  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.430028  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3803  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.43 
 
 
350 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0842  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64 
 
 
353 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0136971 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0389  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64 
 
 
353 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0871  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64 
 
 
353 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.83298  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0923  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
400 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0540  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.74 
 
 
363 aa  463  1e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1785  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.39 
 
 
366 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00820304 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1282  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  66.28 
 
 
357 aa  463  1e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.306583  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0761  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.14 
 
 
353 aa  461  1e-129  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1852  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
353 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.677884  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3141  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
353 aa  464  1e-129  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1990  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
353 aa  464  1e-129  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0338476  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3105  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
353 aa  463  1e-129  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.311481  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0878  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
353 aa  463  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0712  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.15 
 
 
354 aa  459  9.999999999999999e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0640  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  64 
 
 
353 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2596  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.14 
 
 
353 aa  458  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3727  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
353 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1714  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
353 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0277  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.86 
 
 
352 aa  458  9.999999999999999e-129  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.674919  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0926  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.72 
 
 
366 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.770588  normal  0.575373 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3969  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.57 
 
 
353 aa  454  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00429727  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0619  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62 
 
 
355 aa  455  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.129356 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2317  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.86 
 
 
367 aa  454  1e-127  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.150256 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0751  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.22 
 
 
353 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.143791  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03169  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  63.19 
 
 
351 aa  452  1.0000000000000001e-126  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0590  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.95 
 
 
362 aa  447  1.0000000000000001e-124  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.793551  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0698  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.17 
 
 
372 aa  446  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0503  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.32 
 
 
351 aa  445  1.0000000000000001e-124  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0802438  normal  0.0327306 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3994  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.79 
 
 
355 aa  441  1e-123  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.353509  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4058  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.71 
 
 
358 aa  437  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0628  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.86 
 
 
357 aa  438  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1397  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.31 
 
 
358 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2653  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.14 
 
 
360 aa  436  1e-121  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3122  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  62.39 
 
 
364 aa  435  1e-121  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0574  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.17 
 
 
354 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.389781  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3935  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.31 
 
 
358 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.259992 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1081  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.03 
 
 
357 aa  428  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.780125  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1489  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.53 
 
 
355 aa  428  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4289  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.88 
 
 
353 aa  425  1e-118  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.337575 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6725  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.41 
 
 
353 aa  427  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3306  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.4 
 
 
356 aa  427  1e-118  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.310142  normal  0.339449 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2323  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.23 
 
 
361 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00762462 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0773  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.71 
 
 
358 aa  422  1e-117  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.781884  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6255  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.3 
 
 
353 aa  421  1e-117  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.849165  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2279  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.23 
 
 
361 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000000978054 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2330  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.51 
 
 
361 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.129575 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2332  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  57.14 
 
 
361 aa  422  1e-117  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000326666  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2437  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.23 
 
 
361 aa  422  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000861453 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0224  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.45 
 
 
353 aa  422  1e-117  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.724621  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0195  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61.74 
 
 
353 aa  422  1e-117  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2593  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.99 
 
 
362 aa  419  1e-116  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1618  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  61 
 
 
359 aa  419  1e-116  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2222  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  55.96 
 
 
361 aa  419  1e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0048625  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1405  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.12 
 
 
354 aa  418  1e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1601  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.58 
 
 
361 aa  419  1e-116  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01947  dTDP-glucose 4,6 dehydratase, NAD(P)-binding  55.74 
 
 
361 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1616  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.58 
 
 
361 aa  417  9.999999999999999e-116  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0945868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2631  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.6 
 
 
360 aa  416  9.999999999999999e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3502  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.55 
 
 
363 aa  415  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.602458 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0050  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.65 
 
 
351 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1192  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  56.86 
 
 
361 aa  417  9.999999999999999e-116  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.428891  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01936  hypothetical protein  55.74 
 
 
361 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001808  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.8 
 
 
355 aa  412  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2106  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  59.1 
 
 
350 aa  412  1e-114  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0474818  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1212  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  54.99 
 
 
360 aa  413  1e-114  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.809645  decreased coverage  0.00336065 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1401  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58 
 
 
365 aa  414  1e-114  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0069994 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0481  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.98 
 
 
355 aa  412  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1571  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
353 aa  412  1e-114  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.285914 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00991  dTDP-glucose 4,6 dehydratase  58.24 
 
 
360 aa  413  1e-114  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2719  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.94 
 
 
358 aa  412  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.719616  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0494  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  56.98 
 
 
355 aa  414  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.774907  normal  0.262414 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3285  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  57.73 
 
 
353 aa  409  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2366  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  60.68 
 
 
358 aa  409  1e-113  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.501885  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5396  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  58.43 
 
 
360 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>