275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1956 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009802  CCC13826_1410  type I restriction enzyme EcoR124II R protein (R.EcoR124II)  68.37 
 
 
1031 aa  1451    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.643236  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2179  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  42.37 
 
 
1007 aa  776    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1853  type I restriction enzyme EcoR124II R protein  41.46 
 
 
989 aa  744    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3053  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  75.87 
 
 
1038 aa  1642    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0502  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  43.26 
 
 
1015 aa  828    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.840857 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  43.67 
 
 
1033 aa  848    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0082  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.14 
 
 
1014 aa  840    Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0348133  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1956  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family protein  100 
 
 
1037 aa  2128    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.160894  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4396  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  76.56 
 
 
1038 aa  1637    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.806316  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1107  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  41.56 
 
 
1013 aa  804    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0775  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  92.7 
 
 
1041 aa  1967    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3473  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  98.07 
 
 
1037 aa  2090    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1501  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  42.69 
 
 
1034 aa  816    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.573056  normal  0.735582 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2271  type I restriction-modification system endonuclease  42.68 
 
 
1009 aa  764    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  43.11 
 
 
1016 aa  807    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.831432  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3349  type I restriction-modification system R subunit  37.67 
 
 
963 aa  582  1e-164  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.531995  normal  0.015033 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5242  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.58 
 
 
974 aa  582  1e-164  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1841  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  36.72 
 
 
953 aa  573  1.0000000000000001e-162  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0897  HsdR-like, putative type I restriction deoxyribonuclease  35.62 
 
 
1294 aa  553  1e-156  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2474  type I restriction-modification system, R subunit  35.58 
 
 
930 aa  496  1e-139  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.081777  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0180  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.31 
 
 
929 aa  489  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.634319  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0185  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  35.31 
 
 
929 aa  489  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2381  type I restriction-modification system, R subunit  33.46 
 
 
1032 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2398  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.86 
 
 
1015 aa  447  1.0000000000000001e-124  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.632036  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2012  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.46 
 
 
1032 aa  446  1.0000000000000001e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0447  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.65 
 
 
989 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.926177  hitchhiker  0.0000000581329 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0743  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.57 
 
 
999 aa  443  1e-123  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.575824  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3553  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.65 
 
 
984 aa  439  1e-121  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1215  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.36 
 
 
990 aa  439  1e-121  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0929  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.3 
 
 
990 aa  439  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.379173  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0448  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  35.94 
 
 
872 aa  433  1e-119  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0363122  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3719  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34 
 
 
1023 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1088  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.8 
 
 
1025 aa  407  1.0000000000000001e-112  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870888  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0134  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.5 
 
 
1015 aa  405  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.363012 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3450  type I restriction system endonuclease  74.32 
 
 
224 aa  350  1e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0747  type I restriction-modification system restriction subunit  33.44 
 
 
996 aa  330  1.0000000000000001e-88  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2726  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.34 
 
 
1041 aa  310  8e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4084  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.24 
 
 
1061 aa  308  3e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.77 
 
 
1075 aa  304  7.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4164  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.51 
 
 
1076 aa  304  7.000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0160364 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4384  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.32 
 
 
1061 aa  302  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1913  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.65 
 
 
1039 aa  301  3e-80  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.0328667 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3538  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.51 
 
 
1082 aa  302  3e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0228194  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01119  type I restriction enzyme, R subunit  31.86 
 
 
1174 aa  294  5e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03160  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.1 
 
 
1077 aa  290  7e-77  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000937778 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1962  type I site-specific restriction-modification system R subunit  30.41 
 
 
1095 aa  290  1e-76  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0559  type I site-specific deoxyribonuclease, restriction subunit  30.28 
 
 
1066 aa  282  2e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.193671  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3955  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.37 
 
 
1042 aa  273  2e-71  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3666  Type I site-specific deoxyribonuclease  32.11 
 
 
881 aa  231  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.616224  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.07 
 
 
1030 aa  189  2e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.6 
 
 
1023 aa  187  1.0000000000000001e-45  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.6 
 
 
1024 aa  178  6e-43  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.16 
 
 
1034 aa  166  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.7 
 
 
1053 aa  166  3e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.93 
 
 
1012 aa  164  7e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.02 
 
 
1027 aa  163  1e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.63 
 
 
1074 aa  163  2e-38  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.11 
 
 
1041 aa  162  3e-38  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  26.06 
 
 
967 aa  161  5e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  26.06 
 
 
967 aa  161  5e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.85 
 
 
979 aa  161  7e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.09 
 
 
1032 aa  159  2e-37  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  24.45 
 
 
1069 aa  156  2e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  24.97 
 
 
1031 aa  155  4e-36  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.18 
 
 
1032 aa  155  4e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.53 
 
 
1030 aa  154  8.999999999999999e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  25.67 
 
 
1033 aa  153  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.27 
 
 
1055 aa  153  2e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.54 
 
 
995 aa  152  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.33 
 
 
1031 aa  152  3e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.39 
 
 
1028 aa  152  4e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.91 
 
 
1010 aa  152  4e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.85 
 
 
1052 aa  152  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.19 
 
 
1000 aa  151  7e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.12 
 
 
1084 aa  150  1.0000000000000001e-34  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.03 
 
 
1060 aa  150  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  23.93 
 
 
1041 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.17 
 
 
1111 aa  149  2.0000000000000003e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.47 
 
 
1027 aa  150  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  24.75 
 
 
1059 aa  148  4.0000000000000006e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  26.93 
 
 
1060 aa  148  6e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.78 
 
 
1000 aa  147  1e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.5 
 
 
1084 aa  146  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.29 
 
 
1084 aa  146  2e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.22 
 
 
1020 aa  146  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.51 
 
 
1044 aa  146  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.88 
 
 
1079 aa  145  3e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.94 
 
 
1042 aa  145  6e-33  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.27 
 
 
993 aa  144  7e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  24.21 
 
 
1042 aa  143  1.9999999999999998e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.84 
 
 
1006 aa  143  1.9999999999999998e-32  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.85 
 
 
1046 aa  142  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  27.52 
 
 
1039 aa  142  3.9999999999999997e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  26.77 
 
 
1072 aa  142  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.72 
 
 
1054 aa  142  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  24.27 
 
 
1084 aa  141  7e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.79 
 
 
1068 aa  141  7e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.12 
 
 
1046 aa  141  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  23.57 
 
 
1210 aa  141  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  24.03 
 
 
984 aa  140  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>