75 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2760 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2760  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 67 aa  140  7e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000466966 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3682  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  83.61 
 
 		 83 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2195  phage transcriptional regulator, AlpA  81.67 
 
 		 70 aa  109  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248245  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1174  phage transcriptional regulator, AlpA  80 
 
 		 65 aa  106  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04063  VrlI like protein  81.97 
 
 		 65 aa  105  2e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3430  putative transcriptional regulator  68.97 
 
 		 84 aa  93.2  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1862  putative transcriptional regulator  62.69 
 
 		 71 aa  92  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.382901  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0554  phage transcriptional regulator, AlpA  67.19 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3844  phage transcriptional regulator, AlpA  63.49 
 
 		 74 aa  85.5  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.279149 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1226  DNA binding domain-containing protein  60.71 
 
 		 75 aa  85.1  3e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1683  DNA binding domain protein, excisionase family  62.07 
 
 		 64 aa  84.7  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.629523  decreased coverage  0.0000560234 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0533  DNA binding domain, excisionase family  47.37 
 
 		 61 aa  62  0.000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000097622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3695  putative helicase  45.28 
 
 		 676 aa  54.3  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.783104  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0810  DNA binding domain-containing protein  35.09 
 
 		 60 aa  51.2  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0378139 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1498  DNA binding domain protein, excisionase family  32.14 
 
 		 67 aa  51.2  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1468  excisionase/Xis, DNA-binding  33.87 
 
 		 78 aa  50.4  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.118441  normal  0.471472 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2744  DNA binding domain protein, excisionase family  34.48 
 
 		 78 aa  49.7  0.00001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.587836  hitchhiker  0.00613887 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2614  phage transcriptional regulator, AlpA  41.67 
 
 		 75 aa  48.5  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0279  DNA binding domain-containing protein  41.3 
 
 		 89 aa  47.8  0.00005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.908043  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0665  excisionase/Xis, DNA-binding  38.3 
 
 		 73 aa  47  0.00009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.950953  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4598  DNA binding domain protein, excisionase family  36 
 
 		 76 aa  46.2  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2677  DNA binding domain protein, excisionase family  34.04 
 
 		 248 aa  46.2  0.0002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000000367572  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1294  DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 180 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000125664  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1106  response regulator receiver protein  30.77 
 
 		 180 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0674112  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3553  phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 126 aa  45.4  0.0002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.654297  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3263  excision promoter, Xis  35.59 
 
 		 75 aa  45.4  0.0002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1172  phage transcriptional regulator, AlpA  36.96 
 
 		 93 aa  45.8  0.0002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2780  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 57 aa  45.8  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0923797  normal  0.386289 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1078  DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 180 aa  45.8  0.0002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  unclonable  0.00000000000063084  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3099  excision promoter, Xis  40.82 
 
 		 70 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0630  DNA binding domain protein, excisionase family  34.78 
 
 		 93 aa  45.4  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.168372 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1182  phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 72 aa  45.1  0.0003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.592067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3301  phage transcriptional regulator, AlpA  37.7 
 
 		 84 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0484  DNA binding domain-containing protein  37.25 
 
 		 67 aa  45.4  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.111356  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2705  excisionase/Xis, DNA-binding  38.78 
 
 		 77 aa  44.7  0.0004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.34571  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0957  excision promoter, Xis  32.61 
 
 		 69 aa  44.7  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.392434  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0156  DNA binding domain-containing protein  32.69 
 
 		 70 aa  45.1  0.0004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000704193 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0794  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 80 aa  44.7  0.0005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0674  molybdate-binding domain-containing protein  41.18 
 
 		 304 aa  44.3  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.95042e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2286  DNA binding domain-containing protein  34.78 
 
 		 93 aa  44.3  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8339  excision promoter, Xis  33.93 
 
 		 74 aa  44.7  0.0005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0119  excisionase/Xis, DNA-binding  39.58 
 
 		 309 aa  44.3  0.0006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4254  phage transcriptional regulator, AlpA  33.33 
 
 		 62 aa  43.9  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.631275  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3283  hypothetical protein  32.14 
 
 		 121 aa  43.9  0.0007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.484559 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2798  DNA binding domain-containing protein  34.62 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18850  DNA-binding protein, excisionase family  38.46 
 
 		 109 aa  42.7  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0755115 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0194  DNA binding domain-containing protein  34.69 
 
 		 303 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.741486  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01890  DNA-binding protein, excisionase family  34.69 
 
 		 321 aa  42.4  0.002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0766202 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2264  DNA binding domain protein, excisionase family  32.35 
 
 		 328 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15570  hypothetical protein  34.78 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000408648  unclonable  2.14199e-22 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4353  putative transcriptional regulator  30.19 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2531  phage transcriptional regulator, AlpA  34.78 
 
 		 66 aa  42.4  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334421  hitchhiker  0.000129846 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1079  DNA-binding protein/PTS system, IIA component  48.57 
 
 		 201 aa  42  0.003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0602  DNA binding domain protein, excisionase family  32.76 
 
 		 147 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1557  molybdate-binding protein  34.69 
 
 		 317 aa  41.6  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0201  DNA binding domain-containing protein  36.54 
 
 		 305 aa  42  0.003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0229  putative molybdopterin biosynthesis protein  36.54 
 
 		 306 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0612  phage transcriptional regulator, AlpA  36.73 
 
 		 66 aa  41.6  0.004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274045  normal  0.0916726 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5098  periplasmic molybdate-binding protein  36.54 
 
 		 306 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0369  DNA binding domain-containing protein  36.96 
 
 		 308 aa  41.2  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000403691  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0603  excisionase/Xis, DNA-binding protein  40 
 
 		 58 aa  41.2  0.005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.517756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0271  excisionase/Xis, DNA-binding  28.85 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000397414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4283  DNA binding domain-containing protein  28.36 
 
 		 90 aa  41.2  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.979443  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4450  DNA binding domain protein, excisionase family  36.73 
 
 		 67 aa  41.2  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0912  DNA binding domain protein, excisionase family  33.33 
 
 		 78 aa  40.8  0.006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0057  DNA binding domain protein, excisionase family  33.9 
 
 		 126 aa  40.8  0.007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5538  DNA binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 64 aa  40.8  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23900  MerR family regulatory protein  32.69 
 
 		 58 aa  40.8  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0883926  normal  0.115779 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6306  DNA binding domain-containing protein  34.38 
 
 		 64 aa  40.8  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0830  DNA binding domain protein, excisionase family  36 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0246  putative molybdopterin biosynthesis protein  36.54 
 
 		 306 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0244  DNA binding domain-containing protein  34.69 
 
 		 85 aa  40.4  0.009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00265398  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1031  excisionase/Xis, DNA-binding  33.33 
 
 		 64 aa  40.4  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.126715 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01114  hypothetical protein  26.92 
 
 		 56 aa  40  0.01  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0173  DNA binding domain protein, excisionase family  34.78 
 
 		 100 aa  40  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>