36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_23900 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_23900  MerR family regulatory protein  100 
 
 		 58 aa  123  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0883926  normal  0.115779 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1293  regulatory protein MerR  70.59 
 
 		 59 aa  86.3  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5292  hypothetical protein  54.9 
 
 		 69 aa  68.6  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3400  excisionase/Xis, DNA-binding  50 
 
 		 67 aa  67.4  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.149044  normal  0.941733 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3570  excisionase/Xis, DNA-binding  42.59 
 
 		 65 aa  67.4  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00201756 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1445  excision promoter, Xis  44.44 
 
 		 89 aa  65.9  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.347702 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6363  hypothetical protein  49.06 
 
 		 59 aa  64.3  0.0000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1568  phage transcriptional regulator, AlpA  52 
 
 		 78 aa  61.2  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0923  hypothetical protein  46 
 
 		 62 aa  60.5  0.000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0794  phage transcriptional regulator, AlpA  52.94 
 
 		 80 aa  59.7  0.00000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0603  excisionase/Xis, DNA-binding protein  43.4 
 
 		 58 aa  58.9  0.00000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.517756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2294  hypothetical protein  43.64 
 
 		 91 aa  57.4  0.00000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2021  DNA binding domain protein, excisionase family  46.3 
 
 		 77 aa  52  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3521  DNA binding domain protein, excisionase family  44.44 
 
 		 70 aa  50.8  0.000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1452  transcriptional regulator, MerR family  42.59 
 
 		 77 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0015  regulatory protein MerR  44.23 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3473  DNA binding domain protein, excisionase family  44 
 
 		 88 aa  46.6  0.0001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2014  hypothetical protein  35.71 
 
 		 89 aa  46.2  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.579804  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2071  regulatory protein MerR  44.9 
 
 		 68 aa  45.8  0.0002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000949054  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0859  putative transcriptional regulator, MerR family  40.74 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4829  hypothetical protein  36.36 
 
 		 65 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0479763  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4915  hypothetical protein  36.36 
 
 		 65 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.315038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7051  hypothetical protein  51.22 
 
 		 81 aa  44.3  0.0005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3583  hypothetical protein  43.48 
 
 		 95 aa  44.7  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.529666 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11069  hypothetical protein  35.19 
 
 		 251 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.204604 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2925  hypothetical protein  35.19 
 
 		 66 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.318513  normal  0.0737042 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1535  phage transcriptional regulator, AlpA  42.22 
 
 		 73 aa  42.7  0.002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011888  Mnod_7734  hypothetical protein  45.24 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1723  hypothetical protein  32.73 
 
 		 80 aa  42.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3111  hypothetical protein  38.89 
 
 		 62 aa  42  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1174  phage transcriptional regulator, AlpA  34.62 
 
 		 65 aa  42  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.195229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1800  hypothetical protein  37.93 
 
 		 70 aa  41.2  0.004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1608  hypothetical protein  35.19 
 
 		 89 aa  40.8  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.254623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0824  hypothetical protein  41.67 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00274141  hitchhiker  0.0000530792 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2195  phage transcriptional regulator, AlpA  37.25 
 
 		 70 aa  40.8  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.248245  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2760  putative transcriptional regulator  32.69 
 
 		 67 aa  40.8  0.007  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000466966 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>