More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1015 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1015  sensor histidine kinase  100 
 
 		 690 aa  1416    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2413  ATPase domain-containing protein  31.38 
 
 		 719 aa  319  1e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0954524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2280  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.24 
 
 		 719 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.372267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 		 723 aa  318  3e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0621858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2203  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.38 
 
 		 719 aa  318  3e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.57 
 
 		 719 aa  316  7e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1874  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.96 
 
 		 722 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2451  histidine kinase  30.96 
 
 		 722 aa  311  2e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0542472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1839  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.96 
 
 		 722 aa  311  2.9999999999999997e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1826  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.82 
 
 		 722 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.856072  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2519  histidine kinase  31.54 
 
 		 728 aa  302  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2192  sensor histidine kinase  31.27 
 
 		 687 aa  300  6e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2121  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30 
 
 		 725 aa  298  2e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.355217  normal  0.132598 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03558  putative sensor histidine kinase  31.14 
 
 		 722 aa  298  2e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3919  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.79 
 
 		 750 aa  293  7e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.681981  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 		 738 aa  287  4e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.33918  normal  0.73238 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3981  sensor histidine kinase  30.42 
 
 		 738 aa  286  8e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1622  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 723 aa  283  7.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2006  sensor histidine kinase  30.43 
 
 		 719 aa  280  9e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.251569 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3686  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.63 
 
 		 678 aa  214  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1202  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.55 
 
 		 519 aa  169  2e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.868764  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3423  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  28.17 
 
 		 564 aa  117  8.999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0561308  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0401  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.23 
 
 		 529 aa  114  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0202652  normal  0.0631303 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3177  sensory histidine kinase CreC  28.07 
 
 		 474 aa  108  4e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.210044  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3572  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.6 
 
 		 589 aa  105  3e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2906  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.9 
 
 		 525 aa  102  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0112  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.2 
 
 		 615 aa  101  6e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3251  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.18 
 
 		 578 aa  100  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.542862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2048  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.87 
 
 		 501 aa  98.6  3e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.139649 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2011  putative sensor histidine kinase BvrS  26.35 
 
 		 589 aa  96.7  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.128135  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1883  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.27 
 
 		 549 aa  96.7  1e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.74 
 
 		 605 aa  96.7  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.12841  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1976  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.55 
 
 		 592 aa  96.7  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.14941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1237  ATPase domain-containing protein  24.15 
 
 		 616 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1178  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.21 
 
 		 616 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.375911  normal  0.307553 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3591  sensor histidine kinase  29.47 
 
 		 449 aa  95.9  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148051  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1399  histidine kinase  24.15 
 
 		 616 aa  96.3  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.216663  normal  0.406832 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2486  histidine kinase  28.11 
 
 		 347 aa  95.5  3e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.68 
 
 		 465 aa  94.7  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.883894 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2657  sensory histidine kinase CreC  25.55 
 
 		 475 aa  94.7  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.185793  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR2091  sensor histidine kinase BvrS, putative  25.86 
 
 		 601 aa  93.6  1e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0226  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.84 
 
 		 597 aa  93.6  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0134346 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2906  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.84 
 
 		 379 aa  92.4  2e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2950  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.84 
 
 		 379 aa  92.4  2e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.32891  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5434  histidine kinase  25 
 
 		 605 aa  92.4  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.212441  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0440  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.13 
 
 		 466 aa  92  3e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000011534  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0557  histidine kinase  28.63 
 
 		 480 aa  92  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0913  sensory histidine kinase CreC  25.43 
 
 		 483 aa  91.7  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2440  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.63 
 
 		 577 aa  91.7  5e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.361958  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1803  sensor histidine kinase  26.4 
 
 		 450 aa  91.3  6e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.43373  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2936  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.51 
 
 		 379 aa  91.3  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.210399 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1938  sensor histidine kinase  25.17 
 
 		 441 aa  90.9  8e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1550  Signal transduction histidine kinase-like protein  26.32 
 
 		 1162 aa  90.9  8e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3739  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.71 
 
 		 492 aa  90.5  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1333  sensor histidine kinase BvrS  24.58 
 
 		 607 aa  90.5  1e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.642449  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3895  sensory histidine kinase CreC  25.07 
 
 		 472 aa  90.1  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.952171  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0589  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.3 
 
 		 470 aa  89.7  1e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000145863  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4295  histidine kinase  25.7 
 
 		 596 aa  90.1  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.436681  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3968  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.43 
 
 		 596 aa  90.1  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.948253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4294  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.82 
 
 		 469 aa  89.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000408474  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3088  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.62 
 
 		 601 aa  89.7  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4767  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.42 
 
 		 810 aa  89.4  2e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0129  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 		 465 aa  89  2e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00105437  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1427  sensor protein RstB  25.59 
 
 		 439 aa  88.2  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4629  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.29 
 
 		 559 aa  88.6  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5673  two-component regulatory system sensory histidine kinase  28.08 
 
 		 462 aa  88.6  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.897664 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  24.66 
 
 		 607 aa  88.2  5e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31950  putative two-component sensor  27.4 
 
 		 472 aa  88.2  5e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.578717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4561  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 440 aa  87.8  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.102367  normal  0.107463 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3570  sensory histidine kinase CreC  24.79 
 
 		 483 aa  87.8  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0265926  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5486  sensory histidine kinase CreC  24.79 
 
 		 483 aa  87.8  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.305931 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4797  sensory histidine kinase CreC  24.79 
 
 		 483 aa  87.8  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0675  Signal transduction histidine kinase  23.89 
 
 		 459 aa  87.8  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000458656  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3841  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 474 aa  87.4  7e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4505  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.54 
 
 		 446 aa  87.4  8e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0126885  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0279  histidine kinase  27.24 
 
 		 461 aa  87.4  8e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1477  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 		 459 aa  86.7  0.000000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000762888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0703  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.39 
 
 		 465 aa  87  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.110579  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0452  sensor histidine kinase  26.49 
 
 		 469 aa  85.9  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1406  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 		 446 aa  85.9  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.0000501512  normal  0.872654 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1993  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.81 
 
 		 476 aa  86.7  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.572616  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1130  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.37 
 
 		 469 aa  85.5  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15590  periplasmic sensory histidine protein kinase  25.5 
 
 		 446 aa  85.5  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506473  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6174  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.48 
 
 		 468 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.436599 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2713  putative two-component sensor  27.37 
 
 		 471 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0538735  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2846  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.85 
 
 		 602 aa  85.1  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.541285 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0211  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.29 
 
 		 572 aa  85.1  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3082  two component sensor histidine kinase  25.19 
 
 		 477 aa  84.7  0.000000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3382  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 		 470 aa  84.7  0.000000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2323  histidine kinase  25.25 
 
 		 497 aa  84.7  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0709  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  24.16 
 
 		 481 aa  84.7  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.56898  normal  0.745793 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5088  histidine kinase  29.5 
 
 		 457 aa  84.7  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0835777  normal  0.274767 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0045  two-component sensor histidine kinase protein  24.74 
 
 		 590 aa  84.3  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3794  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.38 
 
 		 446 aa  84.7  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000335712 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4100  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.84 
 
 		 477 aa  84.3  0.000000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4011  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.81 
 
 		 446 aa  84.3  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.704889  hitchhiker  0.0000182562 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0347  Signal transduction histidine kinase  25.08 
 
 		 611 aa  84.3  0.000000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0098  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 		 419 aa  84.3  0.000000000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00301262  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0029  sensory histidine kinase CreC  24.89 
 
 		 478 aa  84  0.000000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.290671 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0184  sensory histidine kinase CreC  23.77 
 
 		 481 aa  84  0.000000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>