More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0098 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_4427  sensor histidine kinase  75.36 
 
 
418 aa  650    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4782  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  83.49 
 
 
445 aa  718    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0132314  unclonable  0.0000000151604 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4391  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  84.52 
 
 
407 aa  704    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.61651  decreased coverage  0.00000664271 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0287  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  76.08 
 
 
418 aa  660    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0299  histidine kinase  76.08 
 
 
418 aa  660    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0098  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
419 aa  848    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.00301262  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0294  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  76.08 
 
 
418 aa  660    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4109  histidine kinase  76.56 
 
 
445 aa  668    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0295  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  76.08 
 
 
418 aa  660    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0282  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  74.94 
 
 
411 aa  638    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000209269 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3739  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  74.94 
 
 
411 aa  638    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0303484 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0398  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  76.08 
 
 
418 aa  659    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.675232  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0283  ATPase domain-containing protein  74.7 
 
 
411 aa  637    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143698  hitchhiker  0.000000382002 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0091  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  73.3 
 
 
413 aa  617  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.70693  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3535  sensor histidine kinase  73.92 
 
 
419 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0110  ATP-binding region, ATPase-like protein  71.08 
 
 
415 aa  581  1.0000000000000001e-165  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0050254  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0418  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.02 
 
 
472 aa  234  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3739  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.92 
 
 
492 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0944  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.38 
 
 
477 aa  191  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.283053  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1075  histidine kinase  38.8 
 
 
469 aa  190  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.926478  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1525  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 
472 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0926  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.17 
 
 
469 aa  186  6e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.147036  decreased coverage  0.00245502 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3483  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
502 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0636305  normal  0.224106 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3518  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.57 
 
 
462 aa  182  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00833469  normal  0.492052 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2914  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  39.87 
 
 
533 aa  181  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2237  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.58 
 
 
477 aa  180  4e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128142  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1371  two component sensor kinase  34.51 
 
 
468 aa  179  1e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0945  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.07 
 
 
466 aa  178  2e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.564865  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0612  sensor histidine kinase  37.05 
 
 
467 aa  176  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2013  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 
490 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327957  normal  0.42057 
 
 
-
 
NC_004310  BR0613  sensor histidine kinase  37.05 
 
 
467 aa  176  6e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.639539  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0436  sensor histidine kinase  35.53 
 
 
460 aa  176  6e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1335  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.89 
 
 
480 aa  175  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.179975 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2665  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.07 
 
 
467 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.11798  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3446  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.55 
 
 
488 aa  172  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.406283  normal  0.729768 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3441  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.36 
 
 
489 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.687758  normal  0.0246351 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0903  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.05 
 
 
468 aa  171  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.211263  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9847  two component sensor kinase  36.39 
 
 
457 aa  170  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1447  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 
486 aa  170  4e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1845  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.29 
 
 
486 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.764818 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0784  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 
481 aa  168  2e-40  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3416  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 
456 aa  168  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.57 
 
 
465 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.889875  normal  0.883894 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2408  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.94 
 
 
463 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0406486  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2785  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.26 
 
 
463 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2877  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.26 
 
 
463 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.609757  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0190  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
487 aa  162  1e-38  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.482621 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0375  histidine kinase  34.17 
 
 
476 aa  161  2e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0274  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.21 
 
 
469 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00624927 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2906  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.26 
 
 
463 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.136226  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1806  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  35.23 
 
 
455 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0129  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 
465 aa  160  4e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00105437  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0328  ATPase domain-containing protein  34.77 
 
 
476 aa  160  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5480  histidine kinase  34.54 
 
 
481 aa  160  5e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.814651  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1198  Signal transduction histidine kinase  35.54 
 
 
486 aa  159  6e-38  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.407159  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1971  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
463 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.264302  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0405  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.13 
 
 
476 aa  158  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.152478  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2101  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35 
 
 
463 aa  158  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3970  two component transcriptional regulator  38.15 
 
 
466 aa  156  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.241078  normal  0.103375 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3976  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.53 
 
 
464 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.371255  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0703  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.45 
 
 
465 aa  155  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.110579  normal  0.926009 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3240  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.53 
 
 
464 aa  154  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.399255  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3885  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 
468 aa  154  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.573879  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3085  putative two-component sensor histidine kinase  35.94 
 
 
486 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2951  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 
467 aa  153  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.181714  normal  0.254929 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0451  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 
488 aa  153  7e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2143  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.17 
 
 
482 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.848093  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 
469 aa  152  1e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.029986  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5680  histidine kinase  36.1 
 
 
443 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.534084 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3744  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 
472 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4624  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.82 
 
 
472 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.587522 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0849  Two-component sensor histidine kinase protein  32.3 
 
 
445 aa  150  5e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0452928  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6012  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
463 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2673  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  35.46 
 
 
452 aa  149  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.319226  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2065  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 
463 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.920916  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0663  histidine kinase  31.78 
 
 
499 aa  149  8e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00720978  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2084  histidine kinase  33.93 
 
 
463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0766  histidine kinase  37.11 
 
 
476 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.607957  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0891  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 
499 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00459895  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0918  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
461 aa  146  7.0000000000000006e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3128  sensor histidine kinase  35.23 
 
 
465 aa  146  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.850731  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0015  histidine kinase  31.37 
 
 
468 aa  146  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5712  histidine kinase  35.66 
 
 
483 aa  145  1e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.478101  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3520  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 
464 aa  145  2e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.3772  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4517  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 
448 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.233298  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3298  sensor histidine kinase  34.6 
 
 
465 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.251019  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2156  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 
515 aa  141  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2038  histidine kinase  30.65 
 
 
481 aa  141  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498089  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1242  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.57 
 
 
468 aa  140  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2953  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 
451 aa  139  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.131709 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0279  histidine kinase  30.74 
 
 
461 aa  136  8e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4294  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.19 
 
 
469 aa  136  9e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000408474  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3382  heavy metal sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 
470 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1728  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.4 
 
 
499 aa  134  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.158171  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3082  two component sensor histidine kinase  30.06 
 
 
477 aa  134  3e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0259  histidine kinase  27.83 
 
 
518 aa  132  9e-30  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.10372  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11680  signal transduction histidine kinase  27.67 
 
 
496 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.889149  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0301  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.29 
 
 
458 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.178161  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03340  Signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
468 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0850  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.43 
 
 
438 aa  127  3e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>