More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_3429 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_3429  TraR/DksA family transcriptional regulator  100 
 
 
139 aa  276  5e-74  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.128853  decreased coverage  0.00561367 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3203  zinc finger, DksA/TraR C4-type  99.28 
 
 
139 aa  275  1e-73  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4002  transcriptional regulator, TraR/DksA family  64.52 
 
 
155 aa  166  9e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.940246  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2300  TraR/DksA family transcriptional regulator  57.5 
 
 
132 aa  130  7.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.330947  hitchhiker  0.00514573 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2148  zinc finger, DksA/TraR C4-type  57.5 
 
 
132 aa  130  9e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.167066  normal  0.282814 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3054  zinc finger, DksA/TraR C4-type  51.38 
 
 
283 aa  108  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.523661  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1082  transcriptional regulator, TraR/DksA family  48.72 
 
 
150 aa  105  3e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.151397  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5737  transcriptional regulator, TraR/DksA family  49.14 
 
 
275 aa  104  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.988125  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1418  TraR/DksA family transcriptional regulator  48 
 
 
133 aa  103  8e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0975581 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22720  DnaK suppressor protein  47.06 
 
 
153 aa  99  2e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.432466  normal  0.0927989 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0910  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.38 
 
 
136 aa  99  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1030  TraR/DksA family transcriptional regulator  48.76 
 
 
527 aa  92.4  2e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00152227  hitchhiker  0.0090317 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3190  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.59 
 
 
159 aa  90.9  6e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1292  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.3 
 
 
157 aa  90.5  6e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.359698  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1603  transcriptional regulator, TraR/DksA family  53.75 
 
 
150 aa  89.7  1e-17  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.455354  normal  0.468865 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0256  TraR/DksA family transcriptional regulator  46.85 
 
 
121 aa  89.4  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000917013  normal  0.0123355 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0280  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.05 
 
 
121 aa  85.9  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.171161  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16480  DnaK suppressor protein  40 
 
 
236 aa  81.3  0.000000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.266038  normal  0.0407735 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1346  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.07 
 
 
126 aa  76.3  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1263  transcriptional regulator, TraR/DksA family  47.95 
 
 
176 aa  75.9  0.0000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.83775  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3596  transcriptional regulator, TraR/DksA family  43.27 
 
 
108 aa  71.2  0.000000000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3752  putative suppressor protein DnaK  44.55 
 
 
110 aa  70.9  0.000000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0866  TraR/DksA family transcriptional regulator  42.25 
 
 
251 aa  68.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1465  dnaK suppressor protein  36.59 
 
 
154 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1181  transcriptional regulator, TraR/DksA family  36.59 
 
 
154 aa  67.8  0.00000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002565  C4-type zinc finger protein, DksA/TraR family  36.13 
 
 
148 aa  67.4  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000015142  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6338  RNA polymerase-binding protein DksA  33.93 
 
 
134 aa  67.4  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09300  transcriptional regulator, TraR/DksA family  46.27 
 
 
228 aa  67  0.00000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000204402  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4024  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.44 
 
 
222 aa  67.4  0.00000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0116599  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2803  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.02 
 
 
253 aa  65.9  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4537  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.09 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73020  DksA/TraR family C4-type zinc finger protein  32.48 
 
 
134 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.450272  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3937  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.65 
 
 
149 aa  64.7  0.0000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.0000000139541  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3468  RNA polymerase-binding transcription factor  33.88 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0312993  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0852  transcriptional regulator, TraR/DksA family  35.65 
 
 
150 aa  64.3  0.0000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3338  RNA polymerase-binding transcription factor  33.88 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000258197  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1126  transcriptional regulator, TraR/DksA family  41.67 
 
 
231 aa  64.3  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00340237  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3985  RNA polymerase-binding transcription factor  36.13 
 
 
151 aa  64.3  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000239354  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0535  DnaK suppressor protein  27.68 
 
 
117 aa  64.3  0.0000000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2611  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.33 
 
 
120 aa  64.3  0.0000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1005  RNA polymerase-binding transcription factor  33.88 
 
 
182 aa  63.9  0.0000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000132792  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03446  hypothetical protein  34.45 
 
 
148 aa  63.5  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0524  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.77 
 
 
145 aa  63.5  0.000000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114279  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0674  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.87 
 
 
146 aa  62.8  0.000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0687  hypothetical protein  31.82 
 
 
134 aa  62.8  0.000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.572586  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22970  RNA polymerase-binding DksA like protein  33.93 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0691  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.71 
 
 
139 aa  62.8  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0872386  normal  0.218793 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3496  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.62 
 
 
243 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000227563  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1032  transcriptional regulator, TraR/DksA family  34.78 
 
 
151 aa  61.6  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.955703  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1351  TraR/DksA family transcriptional regulator  45.07 
 
 
212 aa  62  0.000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0584  RNA polymerase-binding dnaK suppressor protein DksA  33.33 
 
 
148 aa  61.6  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00144  DNA-binding transcriptional regulator of rRNA transcription, DnaK suppressor protein  33.06 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000255742  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3457  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.06 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000224053  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00143  hypothetical protein  33.06 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000224196  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03545  putative DnaK suppressor protein  33.33 
 
 
152 aa  61.2  0.000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0000789924  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0149  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000131318  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0136  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000300013  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3514  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000935377  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0154  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0031107  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0156  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000187582  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0148  RNA polymerase-binding transcription factor  33.06 
 
 
151 aa  61.2  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000273463  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5439  suppressor protein DksA  31.39 
 
 
148 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62490  suppressor protein DksA  31.39 
 
 
148 aa  60.8  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0517  DnaK suppressor protein  34.71 
 
 
143 aa  60.8  0.000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0127  dnaK suppressor protein  32.77 
 
 
148 aa  60.8  0.000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000295735  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0741  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.39 
 
 
147 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000053151 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0096  transcriptional regulator, TraR/DksA family  33.01 
 
 
207 aa  60.8  0.000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0220  RNA polymerase-binding transcription factor  32.23 
 
 
151 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000337551  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1032  RNA polymerase-binding transcription factor  33.61 
 
 
151 aa  60.8  0.000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0218805  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1527  TraR/DksA family transcriptional regulator  36.28 
 
 
139 aa  60.5  0.000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.143324  normal  0.735678 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0203  RNA polymerase-binding transcription factor  32.23 
 
 
151 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0202  RNA polymerase-binding transcription factor  32.23 
 
 
151 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.210967  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0214  RNA polymerase-binding transcription factor  32.23 
 
 
151 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.748319  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0218  RNA polymerase-binding transcription factor  32.23 
 
 
151 aa  60.5  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.236664  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1363  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.51 
 
 
205 aa  60.5  0.000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.0000000285999  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0995  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.45 
 
 
144 aa  60.8  0.000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2819  RNA polymerase-binding transcription factor  32.77 
 
 
151 aa  60.1  0.000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.02941  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4691  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.82 
 
 
147 aa  60.1  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000577976 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0685  RNA polymerase-binding transcription factor  32.23 
 
 
151 aa  60.1  0.000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0013378  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0780  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.74 
 
 
147 aa  60.1  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00166659  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0284  dnaK suppressor protein  31.9 
 
 
118 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000202655  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2286  hypothetical protein  36.89 
 
 
143 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2259  hypothetical protein  36.89 
 
 
143 aa  59.7  0.00000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3491  putative DNA-binding protein  35.92 
 
 
122 aa  59.7  0.00000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0750942  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2605  DnaK suppressor protein  31.11 
 
 
156 aa  59.7  0.00000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.422006  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0227  DnaK suppressor protein DksA  33.59 
 
 
151 aa  59.7  0.00000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.143062  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3899  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.09 
 
 
147 aa  59.7  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000283088  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1990  TraR/DksA family transcriptional regulator  30 
 
 
144 aa  60.1  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.4478  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1708  transcriptional regulator, TraR/DksA family  31.25 
 
 
146 aa  59.3  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000000000577167  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0120  dnaK suppressor protein, putative  26.09 
 
 
120 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0934145  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1413  transcriptional regulator, TraR/DksA family  45.07 
 
 
112 aa  59.3  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.218232 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3278  TraR/DksA family transcriptional regulator  32.48 
 
 
118 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000778936  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2552  TraR/DksA family transcriptional regulator  34.13 
 
 
140 aa  58.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0402144  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1884  putative DnaK suppressor protein  33.09 
 
 
157 aa  58.9  0.00000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0456991  normal  0.261909 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42640  RNA polymerase binding protein DksA  30.83 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.105027  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0160  dnaK suppressor protein, putative  26.09 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.532233  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4329  transcriptional regulator, TraR/DksA family  39.25 
 
 
117 aa  58.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.92957  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0276  TraR/DksA family transcriptional regulator  33.61 
 
 
143 aa  58.9  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0138  putative dnaK suppressor protein  26.09 
 
 
120 aa  59.3  0.00000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.531735  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3404  TraR/DksA family transcriptional regulator  31.93 
 
 
147 aa  59.3  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000437132  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>