223 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0725 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0725  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  100 
 
 
455 aa  934    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04990  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.71 
 
 
466 aa  430  1e-119  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3500  DNA photolyase FAD-binding protein  48.57 
 
 
453 aa  427  1e-118  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0663  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.78 
 
 
464 aa  400  9.999999999999999e-111  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2139  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.7 
 
 
456 aa  370  1e-101  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3129  DNA photolyase, FAD-binding  41.46 
 
 
468 aa  365  1e-99  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3221  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.53 
 
 
448 aa  354  2e-96  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.147791  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3762  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.35 
 
 
462 aa  351  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12101  normal  0.44256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0155  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.44 
 
 
476 aa  346  5e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0527  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.15 
 
 
462 aa  345  1e-93  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0876  DNA photolyase, class 2  39.56 
 
 
459 aa  342  8e-93  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1961  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  41.42 
 
 
468 aa  341  2e-92  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.351083  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2012  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.27 
 
 
450 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2754  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.13 
 
 
467 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.853539 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2531  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.48 
 
 
467 aa  333  3e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.695435  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0767  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.35 
 
 
451 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.268516 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2829  deoxyribodipyrimidine photolyase, putative  38.41 
 
 
461 aa  320  3.9999999999999996e-86  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.242896  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_45715  predicted protein  37.53 
 
 
467 aa  320  3.9999999999999996e-86  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.380145  normal  0.059566 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6363  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.89 
 
 
465 aa  317  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.111638 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0179  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  38.22 
 
 
487 aa  313  5.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4497  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  37.93 
 
 
446 aa  311  2e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.112755  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2459  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.83 
 
 
467 aa  309  5e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.343521 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1775  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.91 
 
 
447 aa  308  9e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00154316  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1321  deoxyribodipyrimidine photolyase  37.21 
 
 
469 aa  303  3.0000000000000004e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.533615  normal  0.0703748 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0522  DNA photolyase, class 2  34.29 
 
 
495 aa  300  4e-80  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.372488 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1430  DNA photolyase FAD-binding protein  33.54 
 
 
493 aa  297  3e-79  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2693  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.07 
 
 
449 aa  291  1e-77  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0415  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.28 
 
 
452 aa  284  2.0000000000000002e-75  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4973  DNA photolyase FAD-binding protein  31.38 
 
 
496 aa  281  2e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.179925 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2851  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  33.86 
 
 
473 aa  280  4e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30886  predicted protein  35.91 
 
 
506 aa  269  8.999999999999999e-71  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.25268 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3007  DNA photolyase FAD-binding  30.52 
 
 
493 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.742505 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41733  predicted protein  34.6 
 
 
477 aa  266  8e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.908244  normal  0.188048 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_36787  predicted protein  34.6 
 
 
477 aa  266  8e-70  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00684152  hitchhiker  0.00249943 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3226  DNA photolyase FAD-binding  30.9 
 
 
486 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.575372  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1936  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  34.46 
 
 
494 aa  261  1e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2716  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.77 
 
 
490 aa  261  2e-68  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3125  DNA photolyase FAD-binding  30.27 
 
 
486 aa  259  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.848481  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3028  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type II  30.42 
 
 
490 aa  253  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_51952  class II CPD photolyase  32.4 
 
 
511 aa  243  5e-63  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0288  DNA photolyase FAD-binding protein  30.04 
 
 
843 aa  212  1e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04795  photolyase  22.54 
 
 
472 aa  76.3  0.000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.722935  n/a   
 
 
-
 
NC_011689  PHATRDRAFT_49165  predicted protein  29.31 
 
 
495 aa  76.3  0.000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.69324  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.95 
 
 
483 aa  73.9  0.000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2179  deoxyribodipyrimidine photolyase  25 
 
 
481 aa  73.2  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  29.29 
 
 
474 aa  70.1  0.00000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  25.55 
 
 
452 aa  70.1  0.00000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1215  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.5 
 
 
477 aa  69.7  0.0000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.300983  hitchhiker  0.000693547 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3054  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.36 
 
 
505 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.746759  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.98 
 
 
493 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  20.49 
 
 
479 aa  68.6  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.76 
 
 
499 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3384  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.22 
 
 
512 aa  68.2  0.0000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.17 
 
 
468 aa  67.8  0.0000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3211  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.76 
 
 
499 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.941968 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  30.06 
 
 
500 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1562  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  20.35 
 
 
471 aa  67  0.0000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.51951  normal  0.490223 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  31.36 
 
 
493 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  28.99 
 
 
469 aa  65.9  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  28.16 
 
 
481 aa  65.5  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2747  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  26.35 
 
 
474 aa  64.3  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00995843  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1604  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  21.45 
 
 
486 aa  64.3  0.000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  30.2 
 
 
468 aa  63.9  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1759  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  29.33 
 
 
454 aa  64.3  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0257219  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1134  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.45 
 
 
477 aa  63.5  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.172014  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2469  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.92 
 
 
475 aa  63.2  0.000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000205711 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.34 
 
 
471 aa  62.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.81 
 
 
478 aa  63.2  0.00000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2924  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.39 
 
 
476 aa  62.8  0.00000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1165  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.3 
 
 
493 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  30.3 
 
 
493 aa  63.2  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0339  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  24.04 
 
 
484 aa  62.8  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3356  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.87 
 
 
483 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.617341  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1441  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  21.24 
 
 
474 aa  61.2  0.00000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511514  normal  0.115222 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  22.56 
 
 
471 aa  61.6  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2256  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  27.04 
 
 
479 aa  60.8  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.786952  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  29.51 
 
 
453 aa  61.2  0.00000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1212  deoxyribodipyrimidine photolyase  22.31 
 
 
470 aa  61.2  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.821476  normal  0.0350184 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1613  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  25.73 
 
 
425 aa  60.8  0.00000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  28.84 
 
 
471 aa  60.5  0.00000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3586  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.78 
 
 
487 aa  60.1  0.00000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1112  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.78 
 
 
487 aa  60.1  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.196695  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1163  deoxyribodipyrimidine photolyase  27.78 
 
 
487 aa  60.1  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3038  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.42 
 
 
477 aa  60.1  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  21.47 
 
 
476 aa  59.3  0.0000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  29.66 
 
 
471 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2677  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.26 
 
 
486 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0636  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.26 
 
 
497 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  28.37 
 
 
471 aa  58.9  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2800  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.26 
 
 
486 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  31.33 
 
 
469 aa  58.9  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2838  deoxyribodipyrimidine photolyase  30.13 
 
 
497 aa  58.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.182548  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  28.29 
 
 
477 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0811  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  27.38 
 
 
475 aa  58.9  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2376  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.26 
 
 
486 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2911  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.26 
 
 
534 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152719  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2734  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.26 
 
 
486 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.913993  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1691  deoxyribodipyrimidine photolyase  24.26 
 
 
486 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.647987  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2125  deoxyribodipyrimidine photolyase  26.91 
 
 
479 aa  58.2  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  26.19 
 
 
511 aa  57.4  0.0000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>