200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1663 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1663  ferredoxin-type protein NapF  100 
 
 
161 aa  329  1e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2610  ferredoxin-type protein NapF  88.61 
 
 
158 aa  298  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.326175  hitchhiker  0.000000545081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2677  ferredoxin-type protein NapF  88.61 
 
 
158 aa  298  2e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131835  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2784  ferredoxin-type protein NapF  85.71 
 
 
161 aa  296  9e-80  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.9279  hitchhiker  0.000480705 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1481  ferredoxin-type protein NapF  73.75 
 
 
160 aa  255  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000195514  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1476  ferredoxin-type protein NapF  73.12 
 
 
160 aa  253  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000676016  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1512  ferredoxin-type protein NapF  73.12 
 
 
160 aa  252  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0688671  normal  0.812249 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1383  ferredoxin-type protein NapF  72.67 
 
 
168 aa  249  1e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2871  ferredoxin-type protein NapF  72.5 
 
 
160 aa  248  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000173737  hitchhiker  0.000000902156 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1445  ferredoxin-type protein NapF  66.45 
 
 
159 aa  226  1e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000171683  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1432  ferredoxin-type protein NapF  64.33 
 
 
158 aa  221  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00178513  normal  0.390259 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1326  ferredoxin-type protein NapF  62.96 
 
 
161 aa  214  4e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2933  ferredoxin-type protein NapF  61.69 
 
 
162 aa  210  4.9999999999999996e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000053627  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1712  ferredoxin-type protein NapF  62.5 
 
 
163 aa  210  7.999999999999999e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00359598  normal  0.496256 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2598  ferredoxin-type protein NapF  57.41 
 
 
161 aa  192  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2225  ferredoxin-type protein NapF  58.02 
 
 
165 aa  181  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000128219  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000511  nitrate reductase  47.77 
 
 
161 aa  159  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05379  ferredoxin-type protein  47.77 
 
 
161 aa  158  3e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2368  ferredoxin-type protein NapF  45.45 
 
 
172 aa  154  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.957681  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3488  ferredoxin-type protein NapF  46.5 
 
 
165 aa  152  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.104519  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2409  ferredoxin-type protein NapF  45.86 
 
 
178 aa  149  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0615  iron-sulfur cluster-binding protein NapF  46.5 
 
 
168 aa  149  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2176  ferredoxin-type protein NapF  43.4 
 
 
159 aa  148  3e-35  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.455284  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2713  ferredoxin-type protein NapF  45.22 
 
 
178 aa  147  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4000  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  47.13 
 
 
159 aa  147  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.692634 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1385  ferredoxin-type protein NapF  43.21 
 
 
167 aa  146  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.570523  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2793  ferredoxin-type protein NapF  43.21 
 
 
167 aa  146  1.0000000000000001e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.167014 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0733  ferredoxin-type protein  46.2 
 
 
164 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1271  ferredoxin-type protein NapF  43.21 
 
 
167 aa  146  1.0000000000000001e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.853171  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1451  ferredoxin-type protein NapF  43.95 
 
 
164 aa  144  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1442  ferredoxin-type protein  43.95 
 
 
164 aa  144  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3345  ferredoxin-type protein  43.95 
 
 
164 aa  144  6e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0931001  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2346  ferredoxin-type protein  43.95 
 
 
164 aa  144  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2507  ferredoxin-type protein  43.95 
 
 
164 aa  144  6e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02135  ferredoxin-type protein, predicted role in electron transfer to periplasmic nitrate reductase (NapA)  43.95 
 
 
164 aa  143  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02094  hypothetical protein  43.95 
 
 
164 aa  143  8.000000000000001e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2356  ferredoxin-type protein  43.31 
 
 
164 aa  142  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2396  ferredoxin-type protein  41.77 
 
 
163 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2604  ferredoxin-type protein  41.77 
 
 
163 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  normal  0.656417 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2445  ferredoxin-type protein  41.77 
 
 
163 aa  133  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.399328 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2487  ferredoxin-type protein  41.14 
 
 
163 aa  130  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1593  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  41.18 
 
 
187 aa  127  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49220  ferredoxin protein NapF  41.83 
 
 
163 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.36196  hitchhiker  0.00430686 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4203  ferredoxin protein NapF  41.18 
 
 
163 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.197134  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4011  ferredoxin-type protein NapF  43.05 
 
 
188 aa  115  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1059  ferredoxin-type protein NapF  39.51 
 
 
182 aa  114  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3988  hypothetical protein  37.5 
 
 
160 aa  112  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0935811  normal  0.360541 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3167  ferredoxin-type protein napF  35.76 
 
 
170 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4114  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  36.42 
 
 
160 aa  103  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3224  hypothetical protein  37.01 
 
 
163 aa  98.6  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.998418 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5178  ferredoxin-type protein NapF  35.8 
 
 
166 aa  94  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.818564  normal  0.868281 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0728  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.57 
 
 
171 aa  89  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000860866  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1518  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  34.57 
 
 
160 aa  85.9  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000119119  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0442  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.23 
 
 
179 aa  82.8  0.000000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000111137  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02503  ferredoxin  30.91 
 
 
165 aa  75.1  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0618  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.29 
 
 
174 aa  74.3  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2764  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.45 
 
 
211 aa  66.6  0.0000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.936882 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1287  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.01 
 
 
192 aa  64.7  0.0000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0610  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.87 
 
 
209 aa  64.7  0.0000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.260421  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1157  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  28.75 
 
 
156 aa  64.3  0.0000000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0986005  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1720  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  31.29 
 
 
154 aa  64.3  0.0000000007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.774075  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2940  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.28 
 
 
104 aa  63.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27410  4Fe-4S protein  31.97 
 
 
206 aa  62.8  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07580  4Fe-4S protein  28.67 
 
 
221 aa  62.4  0.000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.353777 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1290  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.33 
 
 
470 aa  62.4  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3028  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.92 
 
 
221 aa  62.8  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0622  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.63 
 
 
244 aa  62  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1452  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.61 
 
 
189 aa  62.4  0.000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1738  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30.91 
 
 
204 aa  62  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.850071  normal  0.0241918 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2720  putative ferredoxin-type protein NapF  30.61 
 
 
189 aa  61.2  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1340  putative ferredoxin-type protein NapF  30.61 
 
 
189 aa  61.2  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1929  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.09 
 
 
255 aa  61.2  0.000000006  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.385843  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02132  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.7 
 
 
231 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.192803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1454  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  29.7 
 
 
231 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02091  hypothetical protein  29.7 
 
 
231 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.181289  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2353  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.7 
 
 
231 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2484  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.09 
 
 
231 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1445  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.7 
 
 
231 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1507  quinol dehydrogenase periplasmic component  26.06 
 
 
250 aa  60.5  0.00000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2412  quinol dehydrogenase periplasmic component  27.95 
 
 
230 aa  60.5  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2498  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.09 
 
 
231 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441878 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0478  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  30 
 
 
213 aa  60.1  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2442  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.09 
 
 
231 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.426735 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2393  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.09 
 
 
231 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2343  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.7 
 
 
231 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2504  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.7 
 
 
231 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3875  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  28.14 
 
 
528 aa  59.3  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  29.94 
 
 
524 aa  59.3  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3342  quinol dehydrogenase periplasmic component  28.48 
 
 
231 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.379134  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4008  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.87 
 
 
299 aa  59.7  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2601  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.7 
 
 
231 aa  59.7  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334591 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0736  quinol dehydrogenase periplasmic component  29.7 
 
 
231 aa  58.9  0.00000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001237  ferredoxin-type protein NapG (periplasmic nitrate reductase)  27.17 
 
 
256 aa  58.5  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16850  4Fe-4S protein  28.74 
 
 
242 aa  58.2  0.00000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.459268  normal  0.811902 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0867  quinol dehydrogenase periplasmic component  26.06 
 
 
255 aa  58.2  0.00000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0116  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  24.68 
 
 
247 aa  57.4  0.00000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1017  quinol dehydrogenase periplasmic component  25.29 
 
 
249 aa  57  0.00000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.963512  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3164  ferredoxin-type protein NapG  30.86 
 
 
270 aa  57  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3963  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  27.44 
 
 
528 aa  57  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000774467 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1160  quinol dehydrogenase periplasmic component  26.95 
 
 
250 aa  57  0.0000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0746915  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>