159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2412 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012917  PC1_2412  quinol dehydrogenase periplasmic component  100 
 
 
230 aa  466  9.999999999999999e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2716  quinol dehydrogenase periplasmic component  96.52 
 
 
230 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02132  quinol dehydrogenase periplasmic component  75.32 
 
 
231 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.192803  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1454  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  75.32 
 
 
231 aa  366  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3342  quinol dehydrogenase periplasmic component  74.89 
 
 
231 aa  364  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.379134  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02091  hypothetical protein  75.32 
 
 
231 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.181289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2343  quinol dehydrogenase periplasmic component  75.32 
 
 
231 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2504  quinol dehydrogenase periplasmic component  75.32 
 
 
231 aa  366  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1445  quinol dehydrogenase periplasmic component  75.32 
 
 
231 aa  366  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2353  quinol dehydrogenase periplasmic component  75.32 
 
 
231 aa  366  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0736  quinol dehydrogenase periplasmic component  74.89 
 
 
231 aa  363  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2442  quinol dehydrogenase periplasmic component  74.89 
 
 
231 aa  363  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.426735 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2498  quinol dehydrogenase periplasmic component  74.46 
 
 
231 aa  361  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00441878 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2484  quinol dehydrogenase periplasmic component  74.46 
 
 
231 aa  361  5.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2393  quinol dehydrogenase periplasmic component  74.46 
 
 
231 aa  361  5.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2601  quinol dehydrogenase periplasmic component  74.03 
 
 
231 aa  358  6e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.334591 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001237  ferredoxin-type protein NapG (periplasmic nitrate reductase)  69.72 
 
 
256 aa  300  2e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1507  quinol dehydrogenase periplasmic component  66.82 
 
 
250 aa  288  6e-77  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3164  ferredoxin-type protein NapG  65.91 
 
 
270 aa  281  6.000000000000001e-75  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3839  quinol dehydrogenase periplasmic component  60.09 
 
 
290 aa  268  4e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0622  quinol dehydrogenase periplasmic component  59.72 
 
 
244 aa  268  7e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3221  hypothetical protein  65.74 
 
 
263 aa  266  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3207  quinol dehydrogenase periplasmic component  58.02 
 
 
243 aa  261  6e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3958  quinol dehydrogenase periplasmic component  56.77 
 
 
244 aa  259  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0389498 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1590  periplasmic nitrate reductase subunit NapG  61.57 
 
 
256 aa  258  6e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0847  quinol dehydrogenase periplasmic component  60.28 
 
 
244 aa  258  7e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3149  quinol dehydrogenase periplasmic component  60.28 
 
 
244 aa  257  9e-68  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0861746  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3319  quinol dehydrogenase periplasmic component  60.28 
 
 
244 aa  257  1e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0703  quinol dehydrogenase periplasmic component  59.81 
 
 
244 aa  255  4e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3431  quinol dehydrogenase periplasmic component  59.81 
 
 
244 aa  255  5e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1342  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  67.38 
 
 
239 aa  254  7e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.961353 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4008  quinol dehydrogenase periplasmic component  60.68 
 
 
299 aa  254  8e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2984  quinol dehydrogenase periplasmic component  55.09 
 
 
241 aa  244  6e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0439  quinol dehydrogenase periplasmic component  48.71 
 
 
264 aa  222  4e-57  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000708697  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1929  quinol dehydrogenase periplasmic component  51.35 
 
 
255 aa  214  9.999999999999999e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.385843  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0867  quinol dehydrogenase periplasmic component  50.85 
 
 
255 aa  214  9.999999999999999e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0725  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  48.89 
 
 
271 aa  213  1.9999999999999998e-54  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0157367  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0872  quinol dehydrogenase periplasmic component  48.43 
 
 
246 aa  207  1e-52  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0802  quinol dehydrogenase periplasmic component  48.43 
 
 
246 aa  207  2e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.208725  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1017  quinol dehydrogenase periplasmic component  47.49 
 
 
249 aa  206  3e-52  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.963512  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1160  quinol dehydrogenase periplasmic component  53.44 
 
 
250 aa  205  6e-52  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0746915  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1515  quinol dehydrogenase periplasmic component  45.21 
 
 
274 aa  204  1e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.000000000252998  n/a   
 
 
 
NC_011757  Mchl_0557  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  49.55 
 
 
220 aa  204  1e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0554  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  50.94 
 
 
234 aa  202  4e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1057  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  45.87 
 
 
222 aa  195  6e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1717  quinol dehydrogenase periplasmic component  43.67 
 
 
251 aa  193  2e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4737  MauM/NapG family ferredoxin-type protein  52.54 
 
 
224 aa  181  9.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.242853  normal  0.472407 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1738  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.08 
 
 
204 aa  160  1e-38  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.850071  normal  0.0241918 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07580  4Fe-4S protein  47.8 
 
 
221 aa  160  2e-38  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.353777 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1290  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.65 
 
 
470 aa  134  9e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1301  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  33.17 
 
 
246 aa  113  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0121453  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0006  iron-sulfur protein  33.33 
 
 
220 aa  107  1e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  decreased coverage  0.00000466888  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1287  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  34.85 
 
 
192 aa  105  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1566  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  31.03 
 
 
290 aa  97.1  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00608017  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0116  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  39.49 
 
 
247 aa  90.1  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0443  iron-sulfur protein  30.91 
 
 
224 aa  89.4  4e-17  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.442554  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1640  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  42.17 
 
 
524 aa  89.4  4e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0618  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  38.65 
 
 
174 aa  85.9  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2713  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40.35 
 
 
656 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.875426 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1790  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.71 
 
 
229 aa  79  0.00000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0347  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  35.4 
 
 
507 aa  79  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.326177  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3028  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.01 
 
 
221 aa  79  0.00000000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06170  4Fe-4S protein  30.62 
 
 
226 aa  77  0.0000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0492  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.15 
 
 
213 aa  77.4  0.0000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.363621 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2107  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  30.32 
 
 
504 aa  76.6  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3963  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.36 
 
 
528 aa  75.9  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000774467 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3875  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  36.36 
 
 
528 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2681  iron-sulfur cluster-binding protein  34.66 
 
 
518 aa  75.1  0.0000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2987  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  33.15 
 
 
510 aa  70.5  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27410  4Fe-4S protein  30.41 
 
 
206 aa  70.5  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0561  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.67 
 
 
591 aa  70.5  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1161  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.96 
 
 
519 aa  70.1  0.00000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0478  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.25 
 
 
213 aa  68.2  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22790  Fe-S-cluster-containing hydrogenase subunit  33.54 
 
 
219 aa  66.2  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16850  4Fe-4S protein  28.21 
 
 
242 aa  66.2  0.0000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.459268  normal  0.811902 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0610  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  32.89 
 
 
209 aa  64.3  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.260421  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2764  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  31.79 
 
 
211 aa  63.5  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.936882 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2648  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  32.02 
 
 
538 aa  63.9  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.111219  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1663  ferredoxin-type protein NapF  27.95 
 
 
161 aa  60.5  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2610  ferredoxin-type protein NapF  27.95 
 
 
158 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.326175  hitchhiker  0.000000545081 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2677  ferredoxin-type protein NapF  27.95 
 
 
158 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.131835  hitchhiker  0.000399612 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4000  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  35.33 
 
 
159 aa  59.3  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.692634 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2346  ferredoxin-type protein  28.22 
 
 
164 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1442  ferredoxin-type protein  28.22 
 
 
164 aa  58.9  0.00000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2784  ferredoxin-type protein NapF  29.11 
 
 
161 aa  58.5  0.00000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.9279  hitchhiker  0.000480705 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02135  ferredoxin-type protein, predicted role in electron transfer to periplasmic nitrate reductase (NapA)  27.61 
 
 
164 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02094  hypothetical protein  27.61 
 
 
164 aa  57.8  0.0000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1383  ferredoxin-type protein NapF  30.43 
 
 
168 aa  57  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1451  ferredoxin-type protein NapF  27.61 
 
 
164 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3345  ferredoxin-type protein  27.61 
 
 
164 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0931001  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2507  ferredoxin-type protein  27.61 
 
 
164 aa  56.2  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1445  ferredoxin-type protein NapF  28.93 
 
 
159 aa  55.8  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000171683  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2356  ferredoxin-type protein  27.61 
 
 
164 aa  55.5  0.0000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2604  ferredoxin-type protein  30 
 
 
163 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.760741  normal  0.656417 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2445  ferredoxin-type protein  30 
 
 
163 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.399328 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2396  ferredoxin-type protein  30 
 
 
163 aa  54.7  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0733  ferredoxin-type protein  26.99 
 
 
164 aa  54.7  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1518  periplasmic nitrate reductase maturation protein NapF  27.07 
 
 
160 aa  53.9  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000119119  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2713  ferredoxin-type protein NapF  29.35 
 
 
178 aa  54.3  0.000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3224  hypothetical protein  34.67 
 
 
163 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.998418 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>