82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3174 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3174  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  100 
 
 		 254 aa  496  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.20546  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5239  ectoine utilization protein EutA  59.92 
 
 		 259 aa  266  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.801874 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3696  ectoine utilization protein EutA  57.42 
 
 		 261 aa  265  4e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5518  ectoine utilization protein EutA  59.92 
 
 		 259 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513293 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0284  Asp/Glu racemase  56.85 
 
 		 247 aa  256  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0068  putative isomerase  58.94 
 
 		 259 aa  249  4e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0925133  hitchhiker  0.00725585 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7794  Asp/Glu/hydantoin racemase  38.53 
 
 		 250 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4918  Asp/Glu/hydantoin racemase  36.52 
 
 		 268 aa  159  5e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6640  Asp/Glu racemase  41.36 
 
 		 271 aa  156  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3395  Asp/Glu racemase  40.91 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6238  Asp/Glu/hydantoin racemase  41.36 
 
 		 271 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.834632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6407  Asp/Glu racemase  40.93 
 
 		 227 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.92943  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04928  arylmalonate decarboxylase  35.27 
 
 		 255 aa  150  2e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4472  Asp/Glu racemase  35.11 
 
 		 291 aa  137  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4076  Asp/Glu racemase  28.75 
 
 		 276 aa  122  6e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.722291  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0109  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.75 
 
 		 259 aa  121  9e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2031  Asp/Glu racemase  28.02 
 
 		 263 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.329211  normal  0.0464221 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1830  Asp/Glu racemase  33.18 
 
 		 246 aa  108  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.289477 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2711  Asp/Glu racemase  32.91 
 
 		 252 aa  108  6e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000640  asp/Glu racemase  30.56 
 
 		 258 aa  99.4  5e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0887  Asp/Glu/hydantoin racemase  31.38 
 
 		 239 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7410  arylmalonate decarboxylase  27.66 
 
 		 251 aa  89.7  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0732  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.21 
 
 		 242 aa  87  3e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1750  Asp/Glu racemase  31.4 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3570  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.57 
 
 		 262 aa  84.7  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3580  Asp/Glu racemase  25.54 
 
 		 262 aa  84.3  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0282607  normal  0.268208 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1394  Asp/Glu racemase  27.95 
 
 		 241 aa  80.1  0.00000000000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1822  maleate cis-trans isomerase protein  28.93 
 
 		 252 aa  76.3  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.119562  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1385  Asp/Glu racemase  29.8 
 
 		 264 aa  75.9  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0831  Asp/Glu racemase  27.47 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.59669  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1639  Asp/Glu racemase  29.38 
 
 		 230 aa  72.8  0.000000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.822276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4205  Asp/Glu racemase  27.57 
 
 		 252 aa  70.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.677693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2119  Asp/Glu racemase  26.92 
 
 		 261 aa  70.1  0.00000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296834  normal  0.0170584 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4753  Asp/Glu/hydantoin racemase  30 
 
 		 266 aa  69.7  0.00000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6044  Asp/Glu/hydantoin racemase  25 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.368354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7935  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.6 
 
 		 259 aa  69.3  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.770582  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1296  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.92 
 
 		 252 aa  69.3  0.00000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.587893  normal  0.0817455 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0652  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.32 
 
 		 253 aa  67  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30140  maleate cis-trans isomerase  27.49 
 
 		 249 aa  66.6  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1912  Asp/Glu/hydantoin racemase  30 
 
 		 247 aa  67  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4901  Asp/Glu racemase  28.81 
 
 		 260 aa  66.6  0.0000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3928  Asp/Glu racemase  25 
 
 		 279 aa  66.6  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.45852  decreased coverage  0.00590655 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1852  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.69 
 
 		 262 aa  65.1  0.0000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4067  Asp/Glu racemase  25.79 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1751  Asp/Glu racemase  28.33 
 
 		 242 aa  65.1  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2309  Asp/Glu racemase  24.89 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.723097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1911  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.26 
 
 		 249 aa  63.2  0.000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.959126 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3484  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.17 
 
 		 250 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.883286  hitchhiker  0.00122572 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4041  Asp/Glu racemase  24.17 
 
 		 250 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0733285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4325  Asp/Glu racemase  24.17 
 
 		 250 aa  62  0.000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4548  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.75 
 
 		 250 aa  59.7  0.00000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.383946  normal  0.990165 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1038  Asp/Glu racemase  25.86 
 
 		 256 aa  58.9  0.00000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.800252  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1250  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.87 
 
 		 282 aa  58.5  0.00000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201688  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3781  Asp/Glu racemase  24.8 
 
 		 252 aa  58.2  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3672  maleate cis-trans isomerase  23.65 
 
 		 254 aa  56.6  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4999  Asp/Glu racemase  25.74 
 
 		 249 aa  57  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0155445  normal  0.3591 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3972  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.09 
 
 		 247 aa  56.2  0.0000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0046  Asp/Glu racemase  25.95 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4096  Asp/Glu/hydantoin racemase  29.05 
 
 		 249 aa  55.8  0.0000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0214  putative cis-trans isomerase  23.33 
 
 		 251 aa  55.8  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.018775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2514  Asp/Glu racemase  23.01 
 
 		 250 aa  55.5  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.394743  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3786  Asp/Glu racemase  23.01 
 
 		 250 aa  55.1  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1310  Arylmalonate decarboxylase  27.61 
 
 		 235 aa  55.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4754  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.57 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3050  Asp/Glu racemase  30.17 
 
 		 241 aa  54.3  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3942  maleate cis-trans isomerase  22.08 
 
 		 250 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.783757  normal  0.0790951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2142  Asp/Glu/hydantoin racemase  22.5 
 
 		 250 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.112769 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1895  Asp/Glu racemase  22.08 
 
 		 250 aa  53.5  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.929718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4021  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.06 
 
 		 242 aa  53.1  0.000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4134  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.06 
 
 		 242 aa  53.1  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3577  Asp/Glu/hydantoin racemase  22.08 
 
 		 250 aa  53.1  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.373833 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1552  Asp/Glu/hydantoin racemase  21.31 
 
 		 250 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00579321  normal  0.227664 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3887  hypothetical protein  26.25 
 
 		 242 aa  50.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0550  Asp/Glu racemase  27.54 
 
 		 241 aa  50.4  0.00003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0462  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.48 
 
 		 243 aa  50.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680828  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1881  Asp/Glu/hydantoin racemase  21.31 
 
 		 250 aa  49.3  0.00006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.650539  normal  0.394704 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5483  Asp/Glu racemase  25.64 
 
 		 252 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3132  Asp/Glu racemase  24.19 
 
 		 239 aa  44.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4278  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.1 
 
 		 242 aa  42.7  0.006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0302  Asp/Glu/hydantoin racemase  21.01 
 
 		 250 aa  42.7  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4618  Asp/Glu racemase  22.66 
 
 		 255 aa  42.4  0.007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0631  Asp/Glu racemase  24.6 
 
 		 241 aa  42  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579277  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>