67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4618 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4618  Asp/Glu racemase  100 
 
 		 255 aa  523  1e-147  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4021  Asp/Glu/hydantoin racemase  52.34 
 
 		 242 aa  248  9e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4134  Asp/Glu/hydantoin racemase  52.34 
 
 		 242 aa  248  9e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4278  Asp/Glu/hydantoin racemase  54.08 
 
 		 242 aa  247  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6543  hypothetical protein  54.51 
 
 		 242 aa  244  9.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4991  Asp/Glu/hydantoin racemase  50.21 
 
 		 242 aa  241  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7935  Asp/Glu/hydantoin racemase  53.22 
 
 		 259 aa  241  1e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.770582  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0550  Asp/Glu racemase  56.17 
 
 		 241 aa  239  2e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7135  Asp/Glu/hydantoin racemase  51.04 
 
 		 249 aa  235  6e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.997188 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0631  Asp/Glu racemase  51.49 
 
 		 241 aa  232  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0046  Asp/Glu racemase  52.12 
 
 		 254 aa  229  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3887  hypothetical protein  51.69 
 
 		 242 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0462  Asp/Glu/hydantoin racemase  53.22 
 
 		 243 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0680828  normal  0.0144913 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0733  putative Asp/Glu racemase  47.23 
 
 		 241 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.894763 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4067  Asp/Glu racemase  49.78 
 
 		 242 aa  211  5.999999999999999e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1246  Asp/Glu/hydantoin racemase  54.24 
 
 		 258 aa  208  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0302  Asp/Glu/hydantoin racemase  41.03 
 
 		 250 aa  184  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1639  Asp/Glu racemase  30.4 
 
 		 230 aa  91.3  1e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.822276  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0732  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.67 
 
 		 242 aa  89  6e-17  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6615  Asp/Glu racemase  30.13 
 
 		 247 aa  86.3  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.113909 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3570  Asp/Glu/hydantoin racemase  30.25 
 
 		 262 aa  82.8  0.000000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7410  arylmalonate decarboxylase  30.8 
 
 		 251 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1394  Asp/Glu racemase  29.58 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1911  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.03 
 
 		 249 aa  72.4  0.000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.959126 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7794  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.96 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4918  Asp/Glu/hydantoin racemase  25 
 
 		 268 aa  65.1  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1038  Asp/Glu racemase  23.21 
 
 		 256 aa  65.1  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.800252  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3580  Asp/Glu racemase  24.54 
 
 		 262 aa  63.2  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0282607  normal  0.268208 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3972  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.85 
 
 		 247 aa  62.4  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04928  arylmalonate decarboxylase  26.39 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0887  Asp/Glu/hydantoin racemase  27.19 
 
 		 239 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30140  maleate cis-trans isomerase  27.41 
 
 		 249 aa  57.4  0.0000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0595402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5518  ectoine utilization protein EutA  26.37 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00513293 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2711  Asp/Glu racemase  29.38 
 
 		 252 aa  57  0.0000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3395  Asp/Glu racemase  28.65 
 
 		 271 aa  56.2  0.0000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.55924 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4753  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.11 
 
 		 266 aa  55.5  0.0000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3696  ectoine utilization protein EutA  30.12 
 
 		 261 aa  55.8  0.0000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3050  Asp/Glu racemase  24.43 
 
 		 241 aa  55.8  0.0000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6640  Asp/Glu racemase  28.07 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1912  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.14 
 
 		 247 aa  55.5  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6238  Asp/Glu/hydantoin racemase  28.07 
 
 		 271 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.834632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6407  Asp/Glu racemase  28.07 
 
 		 227 aa  55.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.92943  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1830  Asp/Glu racemase  30.36 
 
 		 246 aa  53.9  0.000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.289477 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3132  Asp/Glu racemase  26.2 
 
 		 239 aa  53.5  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5239  ectoine utilization protein EutA  27.45 
 
 		 259 aa  53.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.801874 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000640  asp/Glu racemase  27.43 
 
 		 258 aa  51.2  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4999  Asp/Glu racemase  24.89 
 
 		 249 aa  50.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0155445  normal  0.3591 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4096  Asp/Glu/hydantoin racemase  24.46 
 
 		 249 aa  49.3  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4472  Asp/Glu racemase  22.7 
 
 		 291 aa  48.1  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1750  Asp/Glu racemase  27.5 
 
 		 255 aa  48.5  0.0001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2601  maleate cis-trans isomerase-like protein  23.15 
 
 		 285 aa  48.1  0.0001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1310  Arylmalonate decarboxylase  22.82 
 
 		 235 aa  47.4  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.65094  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1852  Asp/Glu/hydantoin racemase  25.74 
 
 		 262 aa  47.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0109  Asp/Glu/hydantoin racemase  23.27 
 
 		 259 aa  46.2  0.0005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4076  Asp/Glu racemase  23.12 
 
 		 276 aa  46.2  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.722291  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1250  Asp/Glu/hydantoin racemase  24 
 
 		 282 aa  45.4  0.0009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.201688  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0652  Asp/Glu/hydantoin racemase  26.95 
 
 		 253 aa  44.7  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0284  Asp/Glu racemase  25.3 
 
 		 247 aa  45.4  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6044  Asp/Glu/hydantoin racemase  22.98 
 
 		 250 aa  43.9  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.368354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3716  IgiC, putative  26.8 
 
 		 251 aa  43.9  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1296  Asp/Glu/hydantoin racemase  25 
 
 		 252 aa  43.9  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.587893  normal  0.0817455 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3928  Asp/Glu racemase  25.32 
 
 		 279 aa  43.9  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.45852  decreased coverage  0.00590655 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4086  Maleate cis-trans isomerase-like protein  24.4 
 
 		 252 aa  43.5  0.004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2119  Asp/Glu racemase  24.21 
 
 		 261 aa  42.7  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.296834  normal  0.0170584 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0068  putative isomerase  27.1 
 
 		 259 aa  42.4  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0925133  hitchhiker  0.00725585 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3174  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  22.66 
 
 		 254 aa  42.4  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.20546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3786  Asp/Glu racemase  25.51 
 
 		 250 aa  42  0.01  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>